Новая модификация ПЦР-теста на КОВИД-19
Одним из основных препятствий для широкомасштабного тестирования на коронавирусную инфекцию в развивающихся странах является нехватка ключевых реагентов, необходимых для тестирования, в частности тех, которые используются для извлечения РНК.
Группа ученых из Университета Вермонта, работающая в партнерстве с группой из Вашингтонского университета, разработала метод тестирования на вирус КОВИД-19, который не использует эти реагенты, но все же дает точный результат, прокладывая путь к недорогому, широко доступному тестированию как в развивающихся странах, так и в промышленно развитых странах, таких как США, где поставки реагентов опять же ограничены.
Метод, опубликованный 2 октября в PLOS Biology, исключает шаг в широко используемом тесте RT-PCR.
Точность нового теста была оценена группой исследователей с использованием 215 образцов КОВИД-19, которые показали положительные результаты RT-PCR тестов, с диапазоном вирусных нагрузок, и 30 образов, которые были отрицательными. Тест правильно определил 92% положительных образцов и 100% отрицательных. Положительные образцы, которые новый тест не смог определить, имели очень низкий уровень вируса. Тем не менее, эксперты в области общественного здравоохранения все больше полагают, что сверхчувствительные тесты, которые выявляют людей даже с наименьшей вирусной нагрузкой, не нужны.
"Стандартный тест ПЦР состоит из трех этапов, в то время как эта более простая версия стандартного теста имеет только два", - говорит Джейсон Боттен, старший автор исследования.
"На первом этапе RT-PCR вы берете мазок из носа и помещаете во флакон с жидкостью или средой. Любой вирус, содержащийся в мазке, переносится из мазка в среду. На этапе 2 вы берете небольшое количество вирусосодержащей среды и используете реагенты (которых часто не хватает) для экстракции вирусной РНК. На этапе 3 вы используете другие химические вещества, чтобы амплифицировать любой вирусный генетический материал, который может быть там. Если вирус присутствует, вы получите положительный результат",- рассказывает Боттен.
Новый тест пропускает второй этап. Берется образец среды в которую помещен носовой мазок, и переходят непосредственно к третьему, этапу амплификации, устраняя необходимость в дефицитных реагентах для экстракции РНК, а также значительно сокращая время, трудозатраты и расходы, необходимые для извлечения вирусной РНК из среды на этапе 2.
По словам Боттена, тест идеально подходит для скрининговых программ как в развитых, так и в развивающихся странах, так как он недорогой, требует гораздо меньше времени на обработку и надежно идентифицирует тех, кто, скорее всего, распространит болезнь. Его низкая стоимость и эффективность могли бы расширить возможности тестирования для групп, которые в настоящее время не проходят тестирование, в том числе бессимптомных, лиц, проживающих в домах престарелых и школьников. Стандартный тест RT-PCR может применяться для таких групп как медицинские работники где необходима точность близкая к 100%.
Двухступенчатый тест, разработанный командой Вермонтского университета, впервые привлек внимание научного сообщества в марте, когда были получены предварительные результаты, которые точно определили 6 положительных и 3 отрицательных образца. Результаты были опубликованы в качестве препринта в bioRxiv. Препринт был скачан 18 000 раз - за первую неделю он занял 17-е место среди 15 миллионов опубликованных на сайте статей, а реферат был просмотрен 40 000 раз.
Боттен получил отклики от лабораторий по всему миру, которые видели препринт и хотели бы узнать больше о новом тесте. В результате была разработана новая программа под названием PROPAGATE. Каждая из лабораторий сети PROPAGATE будет испытывать двухступенчатый тест на серии положительных и отрицательных образцов, отправленных им Вашингтонским университетом, чтобы посмотреть смогут ли они повторить результаты, полученные университетом. Исследование уже показало многообещающие результаты. Одна из лабораторий в Чили также использовала тест на собственных образцах, полученных от сообщества, и получила точные результаты.
Предполагая, что все пройдет хорошо, ученые из Вермонтского и Вашингтонского университетов, а также специалисты из 10 партнерских лабораторий планируют опубликовать результаты.
Оригинальная статья: https://journals.plos.org/plos...
