Бронхолегочная система и прежде всего верхние дыхательные пути содержат сообщество микроорганизмов с
высоким разнообразием. Значительная их доля является по отношению к животным комменсалистами, однако ши-
рокий спектр бактерий и вирусов, находящихся постоянно или попадающих в респираторный тракт из окружающей
среды, являются патогенными и условно-патогенными. Известно, что верхние дыхательные пути являются основ-
ным местом инвазии инфекции в организм крупного рогатого скота, и, согласно ветеринарной статистике, наиболее
часто регистрируемыми инфекционными заболеваниями являются именно вирусные и бактериальные инфекции
респираторного тракта. Основными бактериальными агентами, находящимися в бронхолегочном тракте, являются
такие бактерии, как стрептококки, стафилококки, пастерелла, сальмонелла. При этом колонизация слизистых верх-
них дыхательных путей этими условно-патогенными и патогенными бактериями, как правило, увеличивает риск
возникновения пневмоний. Механизмы такого взаимодействия микроорганизмов в настоящее время неизвестны.
Среди патогенных вирусов наиболее известным являются вирусы инфекционного ринотрахеита и вирусной диареи
– болезни слизистых, вызывая регулярные эпизоотии. Один из важнейших объектов изучения метагеномики – сим-
биотический микробиом животного. Он представляет собой не просто совокупность микроорганизмов, обитающих
в теле животного и на его поверхности, а сложную и многокомпонентную систему с внутренней структурой, дина-
микой, активно взаимодействующую по ряду аспектов с организмом хозяина. Патогенез множества заболеваний и
одновременно способы их лечения прямо или косвенно связаны с ферментативной и биохимической активностью
микрофлоры и ее влиянием на организм животного. Все это и объясняет возрастающий интерес к метагеномным
исследованиям. Поэтому изучение метагеномов респираторного тракта является одной из важнейших задач совре-
менной ветеринарной медицины.
