microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Главные новости

slider-image

Классика идентификации: стрипы API®

Каждую минуту в мире используется 10 стрипов API®.    С момента своего выпуска компанией bioMerieux системы API® произвели революцию в области бактериологии. API® объединяют высокое качество и простоту использования стандартных миниатюрных биохимических тестов-стрипов и комплексных баз идентификационных данных. Системы API® обеспечивают простую, быструю и достоверную идентификацию бактерий и грибов и благодаря своим прекрасные рабочим характеристикам и простоте в использовании, являются референсным методом идентификации во всем мире.    Тесты API® считаются «золотым стандартом»: сразу несколько биохимических реакций в ограниченном числе лунок и программное обеспечение APIWEB™ делают идентификацию микроорганизмов с помощью набора API® надежной и точной. API® просты в использовании и установке как для повседневной практики, так и в качестве дополнительного метода в лабораториях, в которых преимущественно используются автоматизированные методы. Линейка стрипов API®: API 20 Е Идентификация Enterobacteriaceae spp. и других грамотрицательных палочек за 18–24 ч (более 100 таксонов) • База данных включает практически все встречающиеся в клинической практике виды• Референсный метод для оценки характеристик других систем для идентификации (600 публикаций)• Быстрота и простота в использовании: нужна одна колония, инструкции по заполнению стрипа указаны прямо на стрипе, стрипы запечатаны в пакеты, цвета реакций четко различимы, специальное программное обеспечение для интерпретации результатов• Длительный срок хранения API 10 S Идентификация Enterobacteriaceae spp. и других грамотрицательных палочек за 18–24 ч (46 таксонов) • Упрощенный вариант стрипа API 20 E (10 тестов вместо 20)• Высокая надежность• Быстрота и простота в использовании: нужна одна колония, инструкции по заполнению стрипа указаны прямо на стрипе, стрипы запечатаны в пакеты, цвета реакций четко различимы RapiD 20 E Идентификация Enterobacteriaceae spp. за 4 ч (75 таксонов) • База данных включает практически все встречающиеся в клинической практике виды• Система адаптирована для критических ситуаций: быстрое назначение терапии, упрощенный режим работы лаборатории• Достоверный результат: используется стандартизованная суспензия низкой плотности (0.5 единиц МакФарланда), что позволяет избежать пересева и смешанных культур• Простота в использовании• Длительный срок хранения API 20 NE Идентификация неприхотливых грамотрицательных аэробных/микроаэрофильных палочек (родов Pseudomonas, Acinetobacter, Flavobacterium, Moraxella, Vibrio, Aeromonas и др.) (более 60 таксонов) • Система выбора для идентификации бактерий-оппортунистов, являющихся частымивозбудителями внутрибольничных инфекций (поскольку эти бактерии становятся все более и более устойчивыми к антибиотикам, точная идентификация необходима)• Тесты для определения ферментативной активности и способности утилизировать углеводы, адаптированные для не ферментирующих бактерий: референсная система в идентификации не ферментирующих бактерий• Достоверный результат: используется стандартизованная суспензия низкой плотности (0.5 единиц МакФарланда), что позволяет избежать пересева и смешанных культур API Staph Идентификация стафилококков, микрококков и родственных микроорганизмов • Стандартные биохимические тесты и ферментационные тесты = референсные тесты в идентификации стафилококков• Достоверный результат: используется стандартизованная суспензия низкой плотности (0.5 единиц МакФарланда), что позволяет избежать пересева и смешанных культур• Очень простой метод: приготовление суспензии осуществляется прямо в питательной среде API Staph API 20 Strep Идентификация Streptococcaceae, Enterococcus spp. и родственных родов (более 40 таксонов) • Точная идентификация до вида (что важно для эпидемиологии и антибиотикотерапии, поскольку патогенный потенциал и другие свойства различных видов могут сильно варьировать в пределах одной серологической группы)• Простота в использовании и достоверный результат: идентификация родственных бактерий, которые иногда трудно определить в окрашенном по Граму мазке и дифференцировать от стрептококков API 20 С AUX Идентификация клинически значимых дрожжей (бопее 40 таксонов) • Тесты для определения способности утилизировать углеводы = референсные тесты в идентификации дрожжей• Простота в использовании: наличие положительного и отрицательного контроля для облегчения учета результата, не нужно дополнительных реактивов• Расширенная база данных, включающая практически все виды, встречающиеся в клинической и ветеринарной практике API Candida Идентификация клинически значимых дрожжей (15 таксонов) • Эффективность: 12 биохимических тестов для идентификации дрожжей• Система адаптирована к современным потребностям: идентификация 14 наиболее часто встречаемых в клинической практике видов дрожжей• Простота в использовании: спонтанное изменение цвета реакции, цвета четко различимы, интерпретация при помощи короткого списка профилей• Готовый к использованию продукт, не нужно дополнительных реактивов (среды для приготовления суспензии включены в набор) API 20 A Идентификация анаэробов (79 таксонов) • Ферментационные тесты = референсные тесты в идентификации анаэробов• Простота в использовании: приготовление суспензии осуществляется прямо в питательной среде API 20 A• Многопараметрическая система для идентификации всех анаэробных бактерий, грамположительных и грамотрицательных API NH Идентификация Neisseria spp., Haemophilus spp. и Branhamella catarrhalis (Moraxella catarrhalis). Биотипирование Haemophilus influenzae и Haemophilus parainfluenzae • Одновременная идентификация (Neisseria spp., Haemophilus spp. и Moraxella catarrhalis), биотипирование (H. influenzae, H. parainfluenzae) и определение пенициллиназы• Быстрое получение результата (2 часа)• Простота в использовании• Упаковка содержит 10 тестов, что удобно, поскольку эти бактерии не часто встречаются в клинической практике API Listeria Идентификация Listeria spp. • Единственная система для идентификации всех видов рода Listeria, в том числе Listeria monocytogenes, без CAMP-теста, с использованием оригинального запатентованного биохимического теста (DIM)• Достоверный результат: в стрип включены специфические тесты для дифференциации рода Listeria от других родов со сходной морфологией; используется стандартизованная суспензия низкой плотности (0.5 единиц МакФарланда), что позволяет избежать пересева и смешанных культур• Простота в использовании: приготовление суспензии осуществляется прямо в питательной среде API Campy Идентификация Campylobacter spp. (16 таксонов) • Единственная система для идентификации кампилобактерий• Достоверный результат: стандартизованный метод, сочетающий референсные тесты и оптимальные условия для роста бактерий этой группы• Простота в использовании и эффективность: один этап для идентификации и прогноза чувствительности к антибиотикам (эритромицин)• Упаковка содержит 12 тестов, что удобно, поскольку кампилобактерии не часто встречаются в клинической практике API Coryne Идентификация коринеформных бактерий (65 таксонов) • Система выбора для идентификации бактерий-оппортунистов, являющихся частыми возбудителями внутрибольничных инфекций• Единственная система для идентификации коринебактерий• Простая, достоверная идентификация коринеформных бактерий, которых трудно охарактеризовать в окрашенном по Граму мазке• Стандартные биохимические тесты и ферментационные тесты = референсные тесты в идентификации коринебактерий• Упаковка содержит 12 тестов, что удобно, поскольку коринебактерии не часто встречаются в клинической практике API 50 СН Идентификация Lactobacillus spp. (со средой API 50 CHL) (39 таксонов), а также Bacillus spp. и Enterobacteriaceae, Vibrionaceae (со средой API 50 CHB/E) (19 таксонов). Изучение углеводного метаболизма микроорганизмов • Идентификации бактерий рода Bacillus в сочетании со средой API 50 CHB, приблизительно за 48 часов• Идентификации бактерий рода Lactobacillus в сочетании со средой API 50 CHL за 48 часов• Идентификации и биотипирования Enterobacteriaceae в сочетании со средой API 50 CHE за 48 часов• Других научно-исследовательских применений, требующих изучения метаболизма углеводов С системами API® Ваша лаборатория будет на передовой идентификации микроорганизмов. Присылайте ваши запросы на info@microbius.ru
slider-image

E-тесты для определения чувствительности микроорганизмов к антибиотикам

Е-тест (ETEST®) — хорошо продуманный метод для определения антибиотикочувствительности.    Признанные во всем мире благодаря своей доказанной эффективности, готовые к использованию индикаторные полоски ETEST® определяют МИК количественным диффузионным методом. ETEST® представляет собой пластиковую полоску с заранее заданным стабильным градиентом из 15 концентраций антимикробного препарата. Это простой и экономичный метод, дающий подчас более точные результаты, чем автоматизированные анализаторы определения чувствительности к антибиотикам или метод Кирби-Бауэра. - Определение МИК для прихотливых, медленно растущих или испытывающих дефицит питания микроорганизмов- Подтверждение или определение низких уровней резистентности или новых механизмов резистентности- Тестирование новых/не применяемых в повседневной практике антимикробных препаратов- Точный подбор антибактериальной терапии Е-тест — уникальная запатентованная методика, принцип которой состоит в том, что на пластиковую тест-полоску нанесены последовательные разведения антибиотика от меньшего к большему. Процедура проведения теста проста: - положите полоску на инокулированную чашку с агаром и инкубируйте.- после инкубации появится эллипс, который пересекает шкалу значений МИК (в мкг/мл) в том месте, где концентрация тестируемого антибиотика подавляет рост микроорганизмов.- полученное значение соответствует МИК, которая может быть использована для выбора оптимальной схемы лечения пациента.ETEST® дает полный спектр МИК, охватывающий 15 двойных разведений для концентраций, которые идеально подходят для уточнения тактики лечения пациентов в тех случаях, когда обычные методы AST имеют одно из следующих ограничений: - представлены результаты только категории S, I или R- результаты определения МИК выходят за пределы шкалы (например, «<» или «>») и дают недостаточно данных для выбора дозы препарата с учетом показателей фармакокинетики/фармакодинамики Е-тесты это: Свыше 100 антимикробных препаратов следующих категорий: антибиотики, противогрибковые, противотуберкулезные препараты и определение антимикробной резистентности.Стабильный градиент концентраций антимикробного препарата сопряжен с длительным сроком годности (до 5 лет), поэтому в лабораториях можно иметь под рукой редко запрашиваемые препараты для быстрого тестирования.Простота использования в большинстве клинических лабораторий.Установленная чувствительность метода с половинным разведением.Возможность для лабораторий получать данные по чувствительности большинства прихотливых микроорганизмов, которые не могут быть получены с помощью систем на основе микроразведений в бульоне. Универсальность – лучшее дополнение к основной системе определения чувствительности к антибиотикамВ большинстве клинических лабораторий используют коммерческие автоматизированные системы или диско-диффузионный метод. Часто этого достаточно, поскольку большинство основных систем AST покрывают около 90% потребностей в таких тестах. ETEST® — лучший дополнительный метод для удовлетворения оставшихся ~10% потребностей в тестировании. Этот метод прост и экономичен; полоски со стабильным градиентом концентраций антимикробного препарата имеют длительный срок годности (до 5 лет), что позволяет иметь под рукой редко запрашиваемые препараты для быстрого анализа.Тестирование новых препаратов- Тестирование сложных микроорганизмов, которые нельзя тестировать с помощью основных методов AST (например, прихотливые, анаэробные микроорганизмы, ограничения основного метода AST и др.)- Определение низких уровней резистентности, гетерорезистентности- Определение или подтверждение фенотипов антимикробной устойчивости, таких как БЛРС, МБЛ*, AmpC** или GISA/hGISA**- Определение широкого спектра МИК (за пределами пограничных значений) для выбора и оптимизации лечения тяжелобольных пациентов (например, инфекции с множественной лекарственной устойчивостью).Варианты размещения полосок на питательную среду в чашке Присылайте ваши запросы на info@microbius.ru

Популярные новости

Классика идентификации: стрипы API®

Каждую минуту в мире используется 10 стрипов API®.

   С момента своего выпуска компанией bioMerieux системы API® произвели революцию в области бактериологии. API® объединяют высокое качество и простоту использования стандартных миниатюрных биохимических тестов-стрипов и комплексных баз идентификационных данных. Системы API® обеспечивают простую, быструю и достоверную идентификацию бактерий и грибов и благодаря своим прекрасные рабочим характеристикам и простоте в использовании, являются референсным методом идентификации во всем мире.

   Тесты API® считаются «золотым стандартом»: сразу несколько биохимических реакций в ограниченном числе лунок и программное обеспечение APIWEB™ делают идентификацию микроорганизмов с помощью набора API® надежной и точной. API® просты в использовании и установке как для повседневной практики, так и в качестве дополнительного метода в лабораториях, в которых преимущественно используются автоматизированные методы.

Линейка стрипов API®:

API 20 Е Идентификация Enterobacteriaceae spp. и других грамотрицательных палочек за 18–24 ч (более 100 таксонов)

• База данных включает практически все встречающиеся в клинической практике виды
• Референсный метод для оценки характеристик других систем для идентификации (600 публикаций)
• Быстрота и простота в использовании: нужна одна колония, инструкции по заполнению стрипа указаны прямо на стрипе, стрипы запечатаны в пакеты, цвета реакций четко различимы, специальное программное обеспечение для интерпретации результатов
• Длительный срок хранения

API 10 S Идентификация Enterobacteriaceae spp. и других грамотрицательных палочек за 18–24 ч (46 таксонов)

• Упрощенный вариант стрипа API 20 E (10 тестов вместо 20)
• Высокая надежность
• Быстрота и простота в использовании: нужна одна колония, инструкции по заполнению стрипа указаны прямо на стрипе, стрипы запечатаны в пакеты, цвета реакций четко различимы

RapiD 20 E Идентификация Enterobacteriaceae spp. за 4 ч (75 таксонов)

• База данных включает практически все встречающиеся в клинической практике виды
• Система адаптирована для критических ситуаций: быстрое назначение терапии, упрощенный режим работы лаборатории
• Достоверный результат: используется стандартизованная суспензия низкой плотности (0.5 единиц МакФарланда), что позволяет избежать пересева и смешанных культур
• Простота в использовании
• Длительный срок хранения

API 20 NE Идентификация неприхотливых грамотрицательных аэробных/микроаэрофильных палочек (родов Pseudomonas, Acinetobacter, Flavobacterium, Moraxella, Vibrio, Aeromonas и др.) (более 60 таксонов)

• Система выбора для идентификации бактерий-оппортунистов, являющихся частыми
возбудителями внутрибольничных инфекций (поскольку эти бактерии становятся все более и более устойчивыми к антибиотикам, точная идентификация необходима)
• Тесты для определения ферментативной активности и способности утилизировать углеводы, адаптированные для не ферментирующих бактерий: референсная система в идентификации не ферментирующих бактерий
• Достоверный результат: используется стандартизованная суспензия низкой плотности (0.5 единиц МакФарланда), что позволяет избежать пересева и смешанных культур

API Staph Идентификация стафилококков, микрококков и родственных микроорганизмов

• Стандартные биохимические тесты и ферментационные тесты = референсные тесты в идентификации стафилококков
• Достоверный результат: используется стандартизованная суспензия низкой плотности (0.5 единиц МакФарланда), что позволяет избежать пересева и смешанных культур
• Очень простой метод: приготовление суспензии осуществляется прямо в питательной среде API Staph

API 20 Strep Идентификация Streptococcaceae, Enterococcus spp. и родственных родов (более 40 таксонов)

• Точная идентификация до вида (что важно для эпидемиологии и антибиотикотерапии, поскольку патогенный потенциал и другие свойства различных видов могут сильно варьировать в пределах одной серологической группы)
• Простота в использовании и достоверный результат: идентификация родственных бактерий, которые иногда трудно определить в окрашенном по Граму мазке и дифференцировать от стрептококков

API 20 С AUX Идентификация клинически значимых дрожжей (бопее 40 таксонов)

• Тесты для определения способности утилизировать углеводы = референсные тесты в идентификации дрожжей
• Простота в использовании: наличие положительного и отрицательного контроля для облегчения учета результата, не нужно дополнительных реактивов
• Расширенная база данных, включающая практически все виды, встречающиеся в клинической и ветеринарной практике

API Candida Идентификация клинически значимых дрожжей (15 таксонов)

• Эффективность: 12 биохимических тестов для идентификации дрожжей
• Система адаптирована к современным потребностям: идентификация 14 наиболее часто встречаемых в клинической практике видов дрожжей
• Простота в использовании: спонтанное изменение цвета реакции, цвета четко различимы, интерпретация при помощи короткого списка профилей
• Готовый к использованию продукт, не нужно дополнительных реактивов (среды для приготовления суспензии включены в набор)

API 20 A Идентификация анаэробов (79 таксонов)

• Ферментационные тесты = референсные тесты в идентификации анаэробов
• Простота в использовании: приготовление суспензии осуществляется прямо в питательной среде API 20 A
• Многопараметрическая система для идентификации всех анаэробных бактерий, грамположительных и грамотрицательных

API NH Идентификация Neisseria spp., Haemophilus spp. и Branhamella catarrhalis (Moraxella catarrhalis). Биотипирование Haemophilus influenzae и Haemophilus parainfluenzae

• Одновременная идентификация (Neisseria spp., Haemophilus spp. и Moraxella catarrhalis), биотипирование (H. influenzae, H. parainfluenzae) и определение пенициллиназы
• Быстрое получение результата (2 часа)
• Простота в использовании
• Упаковка содержит 10 тестов, что удобно, поскольку эти бактерии не часто встречаются в клинической практике

API Listeria Идентификация Listeria spp.

• Единственная система для идентификации всех видов рода Listeria, в том числе Listeria monocytogenes, без CAMP-теста, с использованием оригинального запатентованного биохимического теста (DIM)
• Достоверный результат: в стрип включены специфические тесты для дифференциации рода Listeria от других родов со сходной морфологией; используется стандартизованная суспензия низкой плотности (0.5 единиц МакФарланда), что позволяет избежать пересева и смешанных культур
• Простота в использовании: приготовление суспензии осуществляется прямо в питательной среде

API Campy Идентификация Campylobacter spp. (16 таксонов)

• Единственная система для идентификации кампилобактерий
• Достоверный результат: стандартизованный метод, сочетающий референсные тесты и оптимальные условия для роста бактерий этой группы
• Простота в использовании и эффективность: один этап для идентификации и прогноза чувствительности к антибиотикам (эритромицин)
• Упаковка содержит 12 тестов, что удобно, поскольку кампилобактерии не часто встречаются в клинической практике

API Coryne Идентификация коринеформных бактерий (65 таксонов)

• Система выбора для идентификации бактерий-оппортунистов, являющихся частыми возбудителями внутрибольничных инфекций
• Единственная система для идентификации коринебактерий
• Простая, достоверная идентификация коринеформных бактерий, которых трудно охарактеризовать в окрашенном по Граму мазке
• Стандартные биохимические тесты и ферментационные тесты = референсные тесты в идентификации коринебактерий
• Упаковка содержит 12 тестов, что удобно, поскольку коринебактерии не часто встречаются в клинической практике

API 50 СН Идентификация Lactobacillus spp. (со средой API 50 CHL) (39 таксонов), а также Bacillus spp. и Enterobacteriaceae, Vibrionaceae (со средой API 50 CHB/E) (19 таксонов). Изучение углеводного метаболизма микроорганизмов

• Идентификации бактерий рода Bacillus в сочетании со средой API 50 CHB, приблизительно за 48 часов
• Идентификации бактерий рода Lactobacillus в сочетании со средой API 50 CHL за 48 часов
• Идентификации и биотипирования Enterobacteriaceae в сочетании со средой API 50 CHE за 48 часов
• Других научно-исследовательских применений, требующих изучения метаболизма углеводов

С системами API® Ваша лаборатория будет на передовой идентификации микроорганизмов.

Присылайте ваши запросы на info@microbius.ru

E-тесты для определения чувствительности микроорганизмов к антибиотикам

Е-тест (ETEST®) — хорошо продуманный метод для определения антибиотикочувствительности.

   Признанные во всем мире благодаря своей доказанной эффективности, готовые к использованию индикаторные полоски ETEST® определяют МИК количественным диффузионным методом. ETEST® представляет собой пластиковую полоску с заранее заданным стабильным градиентом из 15 концентраций антимикробного препарата. Это простой и экономичный метод, дающий подчас более точные результаты, чем автоматизированные анализаторы определения чувствительности к антибиотикам или метод Кирби-Бауэра.

- Определение МИК для прихотливых, медленно растущих или испытывающих дефицит питания микроорганизмов
- Подтверждение или определение низких уровней резистентности или новых механизмов резистентности
- Тестирование новых/не применяемых в повседневной практике антимикробных препаратов
- Точный подбор антибактериальной терапии 

Е-тест — уникальная запатентованная методика, принцип которой состоит в том, что на пластиковую тест-полоску нанесены последовательные разведения антибиотика от меньшего к большему.

Процедура проведения теста проста:

- положите полоску на инокулированную чашку с агаром и инкубируйте.
- после инкубации появится эллипс, который пересекает шкалу значений МИК (в мкг/мл) в том месте, где концентрация тестируемого антибиотика подавляет рост микроорганизмов.
- полученное значение соответствует МИК, которая может быть использована для выбора оптимальной схемы лечения пациента.

ETEST® дает полный спектр МИК, охватывающий 15 двойных разведений для концентраций, которые идеально подходят для уточнения тактики лечения пациентов в тех случаях, когда обычные методы AST имеют одно из следующих ограничений:

- представлены результаты только категории S, I или R
- результаты определения МИК выходят за пределы шкалы (например, «<» или «>») и дают недостаточно данных для выбора дозы препарата с учетом показателей фармакокинетики/фармакодинамики

Е-тесты это:

  • Свыше 100 антимикробных препаратов следующих категорий: антибиотики, противогрибковые, противотуберкулезные препараты и определение антимикробной резистентности.
  • Стабильный градиент концентраций антимикробного препарата сопряжен с длительным сроком годности (до 5 лет), поэтому в лабораториях можно иметь под рукой редко запрашиваемые препараты для быстрого тестирования.
  • Простота использования в большинстве клинических лабораторий.
  • Установленная чувствительность метода с половинным разведением.
  • Возможность для лабораторий получать данные по чувствительности большинства прихотливых микроорганизмов, которые не могут быть получены с помощью систем на основе микроразведений в бульоне.

Универсальность – лучшее дополнение к основной системе определения чувствительности к антибиотикам

В большинстве клинических лабораторий используют коммерческие автоматизированные системы или диско-диффузионный метод. Часто этого достаточно, поскольку большинство основных систем AST покрывают около 90% потребностей в таких тестах. ETEST® — лучший дополнительный метод для удовлетворения оставшихся ~10% потребностей в тестировании. Этот метод прост и экономичен; полоски со стабильным градиентом концентраций антимикробного препарата имеют длительный срок годности (до 5 лет), что позволяет иметь под рукой редко запрашиваемые препараты для быстрого анализа.

Тестирование новых препаратов

- Тестирование сложных микроорганизмов, которые нельзя тестировать с помощью основных методов AST (например, прихотливые, анаэробные микроорганизмы, ограничения основного метода AST и др.)
- Определение низких уровней резистентности, гетерорезистентности
- Определение или подтверждение фенотипов антимикробной устойчивости, таких как БЛРС, МБЛ*, AmpC** или GISA/hGISA**
- Определение широкого спектра МИК (за пределами пограничных значений) для выбора и оптимизации лечения тяжелобольных пациентов (например, инфекции с множественной лекарственной устойчивостью).

Варианты размещения полосок на питательную среду в чашке

Присылайте ваши запросы на info@microbius.ru

Новости
В продуктах питания обнаружены не идентифицированные ранее виды микроорганизмов
#вагинальный микробиом #метагеномика #пищевые патогены #пищевые продукты
Новая база данных, содержащая более 2500 метагеномов пищевых продуктов, позволяет ученым взглянуть на все микробное разнообразие человеческого рациона.    Простой салат из хрустящего салата и лука, увенчанный сочными помидорами, делит тарелку с армией невидимых человеческому глазу ингредиентов - процветающим миром микроскопической жизни. В то время как исследователи описывали микробы в таких продуктах, как йогурт, сыр и мясо, сообщества микробов в других разнообразных продуктах питания оставались неописанными.И вот недавно группа исследователей собрала крупнейшую в истории базу данных микроорганизмов из более чем 2 500 различных продуктов питания. Коллекция, опубликованная в журнале Cell, включает более 500 новых видов микроорганизмов и предоставляет исследователям ресурс для изучения того, как микроорганизмы, связанные с пищей, влияют на здоровье человека.    Микробы участвуют в жизненном цикле продуктов питания повсеместно: от улучшения вкуса и продления срока годности до предотвращения порчи. «Пищевые микробиологи изучают микробы в продуктах питания уже сотни лет», - говорит Никола Сегата, микробиолог из Университета Тренто (Италия) и соавтор исследования. «Но с помощью современных методов появилась возможность исследовать не только те микроорганизмы, которые легче выращивать, но и все остальные, а также проверить, какие микробы присутствуют в менее изученных продуктах».    Используя метагеномику - один из современных методов секвенирования всего генетического материала в образце, - группа Сегаты проанализировала микробную ДНК из продуктов питания из 50 стран. Они объединили полученные данные с существующими данными секвенирования, чтобы создать базу данных микробиома продуктов питания. Используя вычислительные методы для сборки метагеномов на основе данных секвенирования, исследователи реконструировали более 10 000 геномов микробов, связанных с пищевыми продуктами, которые они разделили на более чем 1100 видов.     Сегата обнаружил, что около половины этих видов были ранее неизвестны. Хотя большинство новых микробов было обнаружено в экзотических продуктах - алкогольном напитке под названием мексиканский пульке, африканском пальмовом вине и корейской ферментированной рыбе, - в обычных продуктах, таких как овощи и кофе, также были обнаружены новые виды. Когда Сегата и его коллеги сравнили геномы этих новых идентифицированных микробов с геномами других неизвестных видов, обнаруженных в животных, почве, воде и растениях, они убедились, что почти половина неизвестных видов, связанных с пищей, не встречается ни в какой другой среде.    Исследователи также выявили менее полезные виды в некоторых образцах пищи, продемонстрировав, что метагеномные исследования могут помочь в изучении безопасности продуктов питания. В то время как известные микробы, вызывающие заболевания, такие как Listeria monocytogenes и Clostridium perfringens, редко встречались в образцах, другие потенциально патогенные штаммы микробов, такие как Staphylococcus aureus, были более распространены. Кроме того, в некоторых образцах были обнаружены микробы, вызывающие порчу.    «Теперь у нас есть представление о том, какие микроорганизмы следует ожидать найти в той или иной пище», - отметил Сегата, добавив, что это дает основу для проверки продуктов на потенциальную порчу и контроля качества. «Чем больше мы знаем о хороших бактериях, тем больше мы можем контролировать плохие бактерии», - считает Джозефина Уи, пищевой микробиолог из Университета Пенсильвании. По ее словам, эти знания также могут иметь значение для увеличения сроков хранения продуктов, чтобы избежать потерь, благодаря пониманию микробов, ответственных за порчу.    Далее исследователи изучили, встречаются ли эти микробы, связанные с пищей, в микробиоме человека, сравнив новую базу данных с ранее секвенированными метагеномами человека. У взрослых людей они обнаружили совпадение в отношении 3% видов микроорганизмов. Однако Сегата предупреждает, что это не обязательно означает, что микробы в кишечнике человека происходят из пищи. «Возможно, в какой-то момент истории человечества некоторые микробы из пищи колонизировали наш кишечник, а затем адаптировались к нему», - пояснил он. «А затем эти микробы попали к нам в результате прямого контакта между людьми, как патогены, а не непосредственно из пищи». Уи соглашается. «Но потенциальная связь действительно интересна, потому что это означает, что мы можем защитить себя от определенных вещей», - сказала она. «Мы можем [потенциально] формировать микробиом человека только благодаря нашим пищевым привычкам».    «Хотя сильной стороной исследования являются 2500 продуктов питания, я думаю, что большим ограничением является разнообразие [источников пищи], - сказала она и отметила, что большинство исследованных продуктов имеют европейское происхождение. Она предполагает, что ферментированные продукты из более древних цивилизаций, таких как Азия и Ближний Восток, могут иметь более высокое биоразнообразие, чем продукты из Европы и Америки.    «Нам нужно изучить больше разных стран, континентов и местных сообществ», - говорит Сегата. «Они содержат огромное разнообразие пищевых микробов, которые очень важны для исследования».
Усовершенствованный подход к геномике отдельных клеток позволяет картировать резистентность к антибиотикам
#arg #гены резистентности #метагеномика #микробиом #мобильные генетические элементы #новые технологии #одиночные амплифицированные геномы (sag) #mag
Микробиом человека играет важнейшую роль в нашем здоровье, влияя на все - от развития заболеваний до реакции на лечение. Эта связь привлекла внимание ученых всего мира, стремящихся раскрыть ее секреты.    Несмотря на то что традиционная метагеномика позволяет получить ценные сведения, она не позволяет определить микробное разнообразие на уровне штаммов и точно профилировать гены, участвующие в формировании резистентности к антибиотикам. Эти недостатки подчеркивают необходимость применения более совершенных подходов. Чтобы решить эту проблему, группа исследователей под руководством Масахито Хосокавы из Университета Васэда (Япония) разработала подход к изучению генома одиночных клеток. Исследование, опубликованное в журнале Microbiome 2 октября 2024 года, посвящено изучению микробного разнообразия и генетических особенностей с помощью геномного анализа единичных клеток.    Рост числа геномов, собранных с помощью метагеномов (MAGs), расширил наше понимание функциональной характеристики и таксономической принадлежности микробиома человека. Однако MAGs, как популяционные консенсус-геномы, часто обобщают гетерогенность между видами и штаммами, тем самым скрывая точные взаимоотношения между микробными хозяевами и мобильными генетическими элементами (МГЭ). «Ограниченность метагеномики вдохновила нас на разработку нового подхода к изучению микробиома человека на уровне одной клетки. Этот подход может расширить наше понимание того, как бактерии взаимодействуют и обмениваются генетическим материалом, включая гены устойчивости к антибиотикам, что позволит глубже понять здоровье и болезни человека», - говорит Хосокава.    Исследователи провели масштабный индивидуальный анализ микробного разнообразия в организме человека. Для этого они набрали 51 участника и собрали у них образцы слюны и кала. Затем они применили новый метод анализа генома отдельных клеток, названный SAG-гелевой технологией. В этом методе отдельные бактерии помещались в гель, их геномы амплифицировались и анализировались по отдельности. Одиночные амплифицированные геномы (SAGs), полученные с помощью секвенирования генома отдельных клеток, могут отражать индивидуальный геномный контент, включая МГЭ.    С помощью этой новой методики исследователи обнаружили геномы 300 видов бактерий, которые были пропущены обычным методом. Кроме того, новая методика позволила глубже понять гены резистентности к антибиотикам (ARG), сети обмена генами, взаимодействие бактерий и их разнообразие. "В нашем исследовании проанализировано 30 000 индивидуальных геномов бактерий полости рта и кишечника, что является крупнейшей в мире геномной базой данных, демонстрирующей возможности геномики единичных клеток в изучении микробного разнообразия и взаимодействий", - подчеркивает Хосокава. Более того, в SAGs на клеточном уровне были обнаружены доказательства транслокации бактерий из полости рта в кишечник. Авторы также выявили МГЭ широкого спектра действия, содержащие ARG, которые не были обнаружены в MAGs.    Разница в таксономическом составе между SAGs и MAGs указывает на то, что объединение обоих методов будет эффективным для расширения каталога геномов. Соединяя мобиломы и резистомы в отдельных образцах, SAG могут тщательно проследить динамическую сеть ARG в МГЭ, выявить потенциальные резервуары ARG и закономерности их распространения в микробном сообществе. Результаты этого исследования имеют несколько потенциальных применений. В здравоохранении детальное профилирование генов устойчивости к антибиотикам может помочь разработать более целенаправленные и эффективные стратегии лечения. При мониторинге окружающей среды геномика единичных клеток позволяет отслеживать генетические сдвиги в экосистемах, чтобы управлять и предотвращать распространение резистентности к антибиотикам. В сельскохозяйственном секторе понимание динамики генов резистентности к антибиотикам может стать руководством к действию для минимизации распространения резистентности через почву, воду и домашний скот.    Исследование подчеркивает трансформационный потенциал геномики отдельных клеток в исследованиях микробиома, позволяя получить более детальное и тонкое представление о микробных сообществах. «Наш подход позволяет лучше понять, как распространяется устойчивость к антибиотикам среди бактерий и имеет потенциал для будущего применения в медицине и здравоохранении», - считает Хосокава.
События
Каталог
Библиотека
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up