microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

Главные новости

slider-image

Как ослабление ограничений против COVID-19 может проложить путь к резистентности к вакцинам

По мнению исследователей из Университета Восточной Англии и Эрлхэмского института, ослабление ковидных ограничений может открыть путь для новых мутаций вируса, устойчивых к вакцинам.    Статья предостерегает от преждевременного ослабления ограничений. В ней описывается, что мы находимся в "гонке вооружений" с этим вирусом, и что рост числа случаев заболевания может дать ему возможность эволюционировать в еще более трансмиссивные варианты. Исследователи опасаются, что любые новые варианты могут быть более вирулентными, более устойчивыми к вакцинам и более опасными для детей и уязвимых групп, например, пациентов, перенесших трансплантацию.   Ведущий автор и главный редактор журнала Virulence, профессор Кевин Тайлер из Норвичской медицинской школы UEA, сказал в интервью Science daily:    "Хотя вакцины ослабили связь между инфекцией и смертностью, их не следует использовать в качестве аргумента для оправдания масштабных изменений в политике стран, переживающих экспоненциальный рост числа инфекций. Это связано с тем, что большая часть населения мира все еще невакцинирована, и даже в странах с эффективными программами вакцинации значительная часть общества, особенно дети, остаются незащищенными. Ослабление ограничений усиливает распространение и позволяет популяции вируса расширяться, что повышает его адаптивный эволюционный потенциал и увеличивает риск появления вакциноустойчивых штаммов в результате процесса, известного как антигенный дрейф".   "Проще говоря, ограничение распространения Covid-19 в максимально возможной степени ограничивает количество будущих смертей, ограничивая скорость появления новых вариантов. Замедление темпов появления новых вариантов требует от нас быстрых и решительных действий, сокращения числа инфицированных людей, включая детей, с помощью вакцин и в сочетании с другими мерами общественного здравоохранения. В большинстве случаев детей не вакцинируют против Covid-19, поскольку риск того, что они серьезно заболеют, очень низок. Но могут появиться новые штаммы с более высокой трансмиссивностью у детей, и вакцинация детей может стать необходимой для контроля появления новых вариантов. Другими словами, политика ослабления ограничений, пока дети не привиты, рискует непреднамеренно выбрать вирулентные варианты, которые лучше способны инфицировать детей, а также более проблематичны для уязвимых групп населения". "Дети могут быть особенно подвержены риску, потому что они - единственная группа, которая остается невакцинированной. Но нет никакой гарантии, что вирус не разовьет способность инфицировать и детей, и данные показывают, что новые варианты относительно чаще встречаются в младших возрастных группах".    Когда мы взвешиваем преимущества и риски вакцинации молодых людей, мы должны учитывать и влияние на общество в целом. Нынешний подход к защите молодых людей, похоже, заключается в том, чтобы позволить им достичь коллективного иммунитета через инфицирование. Каждый день, когда такой подход сохраняется, мы даем вирусу преимущество и продлеваем пандемию, увеличивая нагрузку на системы здравоохранения и экономику".     "Только когда большая часть населения мира будет вакцинирована или приобретет иммунитет против инфекции, мы сможем ослабить социальные меры. Маловероятно, что мы вырвемся вперед в этой гонке вооружений, если не сможем значительно сократить численность популяции вируса. Но учитывая, что уровень инфицирования сейчас примерно такой же, как и во время первой волны, мы практически "в расчете" с этим вирусом".   "Как во многих других коэволюционных гонках вооружений, здесь нет победителей. Именно это имеют в виду эволюционные биологи, когда говорят, что коэволюция - это "игра с нулевой суммой". Но чего нельзя делать, так это внезапно терять бдительность в середине гонки вооружений. Это даст вашему противнику - вирусу - реальное преимущество. Поэтому мы должны продолжать делать то, что делали последние 18 месяцев, особенно в странах, где число инфицированных растет. Возложение мер по охране общественного здоровья на личную ответственность - это подход невмешательства, которого придерживаются сейчас многие правительства в отношении управления Covid-19. Во время экспоненциальной передачи вируса нам необходима постоянная, обязательная политика общественного здравоохранения, включающая социальное дистанцирование и обязательное ношение защитных масок в людных закрытых помещениях, таких как магазины и общественный транспорт".    
slider-image

ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора предложили новый способ отслеживания мутаций COVID-19

Специалисты предложили новый подход к отслеживанию мутации коронавируса.     Речь идет о расшифровке не всего его генома, а только той части, мутации в которой оказывают влияние на важные эпидемиологические свойства. Об этом РИА «Новости» сообщил руководитель научной группы разработки новых методов диагностики заболеваний человека ЦНИИ эпидемиологии Камиль Хафизов.    «Метод целевого секвенирования отдельных фрагментов гена S-белка позволяет сократить расходы на пробоподготовку и секвенирование примерно в десять раз, если сравнить с полногеномным секвенированием коронавирусной инфекции. Также вдвое увеличивается скорость исследований, в том числе за счет намного меньшей «выбраковки» биологического материала в таргетном секвенировании. То есть больший процент проб проходит все стадии исследования и доходит до получения непосредственно самой геномной последовательности», – пояснил Камиль Хафизов.    Он также отметил, что полное секвенирование генома остается наиболее надежным и точным методом, но оно требует как больших финансовых, так и временных затрат.По его словам, мутации вируса происходят постоянно, но к изменению свойств приводят не все. Значимые мутации коронавируса сосредоточены преимущественно в одном участке генома, их и предлагается расшифровывать, пояснил Хафизов.    В «Векторе» ранее заявили об эффективности «ЭпиВакКороны» против мутаций COVID-19.  
slider-image

CDC обновляет рекомендации по лечению ИППП впервые с 2015 года

CDC опубликовал обновленные клинические рекомендации по лечению ИППП на фоне устойчивого роста числа случаев хламидиоза, гонореи и сифилиса в стране.    Руководство, обновленное впервые с 2015 года, также включает стратегии профилактики и рекомендации по диагностике.    "Есть несколько важных обновлений, но я бы выделила обновления, которые основываются на корректировках лечения гонореи, внесенных в декабре 2020 года для обеспечения эффективного лечения и минимизации угрозы резистентности к лекарствам", - сказала в интервью Healio Кимберли А. Ворковски, медицинский сотрудник отдела профилактики венерических заболеваний CDC. "Эффективное лечение гонореи остается приоритетом общественного здравоохранения".    Гонорея, которая постоянно развивает резистентность к антибиотикам, используемым для ее лечения, является второй наиболее часто регистрируемой бактериальной ИППП в США, причем с 2015 по 2019 год число случаев увеличилось на 56% и превысило 1 миллион диагностированных и недиагностированных инфекций в год, по данным Ворковски.    В настоящее время CDC рекомендует лечить гонорею однократным введением 500 мг цефтриаксона. Если анализ на хламидии не проводился, рекомендуется также доксициклин 100 мг перорально дважды в день в течение 7 дней.    Ворковски отметила дополнительные обновления в рекомендациях по лечению гонореи, в том числе то, что проверка эффективности лечения не требуется пациентам с диагнозом неосложненной урогенитальной или ректальной гонореи, если симптомы не продолжаются. Пациентам с фарингеальной гонореей рекомендуется проводить тест на излечение культуральным методом или ПЦР через 7-14 дней после первоначального лечения, независимо от схемы лечения, отметила Ворковски. По ее словам, пациенты, прошедшие лечение от гонореи, должны пройти повторное тестирование через 3 месяца после лечения, чтобы убедиться в отсутствии реинфекции. Если повторное тестирование через 3 месяца невозможно, пациенты должны пройти повторное тестирование в течение 12 месяцев после первоначального лечения.    В новых рекомендациях отмечается, что теперь существуют одобренные FDA ректальные и оральные тесты для диагностики хламидиоза и гонореи, которые были утверждены для клинического использования, что является важным событием, "поскольку инфекция в этих локализациях часто протекает без симптомов", - отмечает Ворковски.   В рекомендации также включены обновления, касающиеся тестирования на вирус гепатита С и вакцинации против HPV (вирус папилломы человека). CDC рекомендует всем взрослым в возрасте 18 лет и старше проходить скрининг на HCV хотя бы раз в жизни, а всем женщинам проходить скрининг во время беременности - рекомендации, которые не действуют в условиях, когда распространенность HCV-инфекций ниже 0,1%. Новые рекомендации соответствуют последним рекомендациям Консультативного комитета по практике иммунизации в отношении вакцинации против HPV, который повысил верхний возраст для вакцинации мужчин до 26 лет, что совпадает с рекомендациями для женщин, и сказал, что невакцинированные пациенты в возрасте от 27 до 45 лет должны поговорить со своими врачами о необходимости вакцинации.    Как и ожидалось, руководство теперь рекомендует 100 мг перорального доксициклина в качестве первой линии лечения хламидиоза любой локализации, основываясь на исследованиях, демонстрирующих его преимущества перед азитромицином. В руководстве обновлены рекомендации по другим инфекциям, включая трихомониаз и воспалительные заболевания органов малого таза, а также по неосложненной гонорейной инфекции у новорожденных, детей и в других клинических ситуациях, включая проктит, эпидидимит и случаи сексуального насилия.    Ворковски заявила, что, поскольку ежегодно регистрируется 26 миллионов новых случаев ИППП, что в общей сложности составляет почти 16 миллиардов долларов США медицинских расходов, "рекомендации по профилактике, диагностике и лечению, основанные на фактических данных, имеют решающее значение для остановки продолжающегося роста".
slider-image

Прорыв в обнаружении разновидностей SARS-CoV-2 в сточных водах

Исследователи разработали инновационный метод обнаружения и количественного определения варианта B.1.1.7 (Альфа), на основе эпидемиологического исследования сточных вод.    Исследователи из Междисциплинарной исследовательской группы по резистентности к противомикробным препаратам (AMR) Альянса Сингапур-МИТ по исследованиям и технологиям (SMART), совместно с сотрудниками из Biobot Analytics, Наньянского технологического университета (NTU) и Массачусетского технологического института (MIT) успешно разработали инновационный молекулярный метод, который способен обнаружить и количественно определить вариант B.1.1.7 (Альфа) вируса SARS-CoV-2. Это открытие открывает путь к быстрому и недорогому мониторингу других вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах.    В то время как мир продолжает бороться с COVID-19 и сдерживать его распространение, недавнее выявление вариантов SARS-CoV-2 с более высокой трансмиссивностью и повышенной тяжестью заболевания сделало необходимым разработку удобных методов отслеживания вариантов. Эпиднадзор за сточными водами стал важнейшим инструментом общественного здравоохранения для безопасного и эффективного отслеживания эпидемии SARS-CoV-2 неинтрузивным способом, предоставляя дополнительную информацию, которая позволяет органам здравоохранения получать действенную информацию на уровне отдельных сообществ. Совсем недавно фрагменты вируса SARS-CoV-2 были обнаружены в жилых кварталах Сингапура в рамках проактивной программы наблюдения за сточными водами. Эта информация, а также результаты контрольного тестирования позволили Министерству здравоохранения Сингапура оперативно отреагировать, изолировать население и провести анализы мазков в рамках профилактических мер.    Тем не менее выявление вариантов с помощью мониторинга сточных вод менее распространено из-за проблем, связанных с существующими технологиями. Секвенирование нового поколения (NGS) для мониторинга сточных вод требует много времени и больших затрат. Кроме того, эти методы не обладают достаточной чувствительностью для выявления низкого количества вируса в разбавленных и перемешанных образцах сточных вод из-за непоследовательного и/или низкого охвата секвенированием.    Метод, разработанный исследователями, является уникальным для решения этих проблем и расширяет возможности эпиднадзора за сточными водами, не ограничиваясь тестированием на SARS-CoV-2, но также отслеживая распространение вызывающих опасения вариантов SARS-CoV-2. Вей Лин Ли, научный сотрудник SMART AMR и первый автор статьи, заявил в интервью Science Daily: "Это особенно важно для стран, где идет борьба с вариантами SARS-CoV-2. Наблюдение за сточными водами поможет выяснить истинную долю и распространение вариантов в местных сообществах. Наш метод достаточно чувствителен для выявления вариантов при сильно разбавленных концентрациях SARS-CoV-2, которые обычно наблюдаются в образцах сточных вод, и дает надежные результаты даже для образцов, содержащих несколько вариантов SARS-CoV-2".    Исследование было опубликовано в журнале Environmental Science & Technology Letters. В статье описывается инновационный метод молекулярной детекции на основе аллель-специфической RT-qPCR, который позволяет обнаружить и количественно определить вариант B.1.1.7 (Альфа). Разработанный метод, протестированный и проверенный на образцах сточных вод в 19 населенных пунктах США, способен надежно обнаруживать и количественно определять низкие уровни варианта B.1.1.7 с низкой перекрестной реактивностью и при доли варианта до 1% в смеси вариантов SARS-CoV-2.    Метод, направленный на мутации белка шипа, которые являются высокопрогнозируемыми для варианта B.1.1.7 (Альфа), может быть реализован с использованием коммерчески доступных протоколов RT-qPCR. В отличие от других коммерческих продуктов, использующих запатентованные праймеры и зонды для эпиднадзора за сточными водами, в статье подробно описывается метод и его разработка, который может свободно использоваться другими организациями и исследовательскими институтами для работы по эпиднадзору за сточными водами на предмет SARS-CoV-2 и его вариантов.    Исследователи SMART AMR также в настоящее время разрабатывает специальные тесты, которые смогут обнаруживать и количественно определять вариант B.1.617.2 (Delta), который недавно был определен Всемирной организацией здравоохранения как вариант, вызывающий беспокойство. "Этот метод может быть быстро адаптирован для обнаружения новых проблемных вариантов, отличных от B.1.1.7",  - сказал соавтор исследования профессор Эрик Альм из Массачусетского технологического института и главный исследователь SMART AMR. "Это позволит перевести наши исследования в реальный мир за пределы Сингапура и помочь в обнаружении COVID-19 и его вариантов, в качестве системы раннего предупреждения и руководством для политиков при отслеживании вспышек инфекции и принятия соответствующих мер в области общественного здравоохранения". Wei Lin Lee et al. Количественное отслеживание альфа-варианта B.1.1.7 SARS-CoV-2 в сточных водах с помощью аллель-специфичной RT-qPCR (аннотация).    Критическая потребность в наблюдении за вызывающими беспокойство вариантами SARS-CoV-2 побудила разработать методы, позволяющие отслеживать варианты в сточных водах. В данном исследовании мы разработали и представили метод на основе аллель-специфической RT-qPCR (AS RT-qPCR), который обнаруживает и количественно определяет вариант B.1.1.7, нацеливаясь на мутации белка шипа в трех независимых геномных локусах, которые высоко прогнозируют B.1.1.7 (HV69/70del, Y144del и A570D). Наши методы анализа позволяют надежно обнаруживать и количественно определять низкие уровни B.1.1.7 с низкой перекрестной реактивностью и при доле варианта до 1% на фоне смешанного SARS-CoV-2.    Применив наш метод к образцам сточных вод из США, мы проследили появление B.1.1.7 с течением времени в 19 населенных пунктах. Результаты AS RT-qPCR совпадают с клиническими тенденциями, а суммарное количество последовательностей B.1.1.7 и дикого типа, определенных с помощью нашего анализа, соответствует уровням SARS-CoV-2, указанным в анализах N1 и N2 CDC США. Данная работа прокладывает путь для AS RT-qPCR как метода быстрого и недорогого наблюдения за вариантами SARS-CoV-2 в сточных водах.

Популярные новости

Как ослабление ограничений против COVID-19 может проложить путь к резистентности к вакцинам

По мнению исследователей из Университета Восточной Англии и Эрлхэмского института, ослабление ковидных ограничений может открыть путь для новых мутаций вируса, устойчивых к вакцинам.

   Статья предостерегает от преждевременного ослабления ограничений. В ней описывается, что мы находимся в "гонке вооружений" с этим вирусом, и что рост числа случаев заболевания может дать ему возможность эволюционировать в еще более трансмиссивные варианты. Исследователи опасаются, что любые новые варианты могут быть более вирулентными, более устойчивыми к вакцинам и более опасными для детей и уязвимых групп, например, пациентов, перенесших трансплантацию.

   Ведущий автор и главный редактор журнала Virulence, профессор Кевин Тайлер из Норвичской медицинской школы UEA, сказал в интервью Science daily: 

   "Хотя вакцины ослабили связь между инфекцией и смертностью, их не следует использовать в качестве аргумента для оправдания масштабных изменений в политике стран, переживающих экспоненциальный рост числа инфекций. Это связано с тем, что большая часть населения мира все еще невакцинирована, и даже в странах с эффективными программами вакцинации значительная часть общества, особенно дети, остаются незащищенными. Ослабление ограничений усиливает распространение и позволяет популяции вируса расширяться, что повышает его адаптивный эволюционный потенциал и увеличивает риск появления вакциноустойчивых штаммов в результате процесса, известного как антигенный дрейф".

   "Проще говоря, ограничение распространения Covid-19 в максимально возможной степени ограничивает количество будущих смертей, ограничивая скорость появления новых вариантов. Замедление темпов появления новых вариантов требует от нас быстрых и решительных действий, сокращения числа инфицированных людей, включая детей, с помощью вакцин и в сочетании с другими мерами общественного здравоохранения. В большинстве случаев детей не вакцинируют против Covid-19, поскольку риск того, что они серьезно заболеют, очень низок. Но могут появиться новые штаммы с более высокой трансмиссивностью у детей, и вакцинация детей может стать необходимой для контроля появления новых вариантов. Другими словами, политика ослабления ограничений, пока дети не привиты, рискует непреднамеренно выбрать вирулентные варианты, которые лучше способны инфицировать детей, а также более проблематичны для уязвимых групп населения".

"Дети могут быть особенно подвержены риску, потому что они - единственная группа, которая остается невакцинированной. Но нет никакой гарантии, что вирус не разовьет способность инфицировать и детей, и данные показывают, что новые варианты относительно чаще встречаются в младших возрастных группах".

    Когда мы взвешиваем преимущества и риски вакцинации молодых людей, мы должны учитывать и влияние на общество в целом. Нынешний подход к защите молодых людей, похоже, заключается в том, чтобы позволить им достичь коллективного иммунитета через инфицирование. Каждый день, когда такой подход сохраняется, мы даем вирусу преимущество и продлеваем пандемию, увеличивая нагрузку на системы здравоохранения и экономику".

    "Только когда большая часть населения мира будет вакцинирована или приобретет иммунитет против инфекции, мы сможем ослабить социальные меры. Маловероятно, что мы вырвемся вперед в этой гонке вооружений, если не сможем значительно сократить численность популяции вируса. Но учитывая, что уровень инфицирования сейчас примерно такой же, как и во время первой волны, мы практически "в расчете" с этим вирусом".

   "Как во многих других коэволюционных гонках вооружений, здесь нет победителей. Именно это имеют в виду эволюционные биологи, когда говорят, что коэволюция - это "игра с нулевой суммой". Но чего нельзя делать, так это внезапно терять бдительность в середине гонки вооружений. Это даст вашему противнику - вирусу - реальное преимущество. Поэтому мы должны продолжать делать то, что делали последние 18 месяцев, особенно в странах, где число инфицированных растет. Возложение мер по охране общественного здоровья на личную ответственность - это подход невмешательства, которого придерживаются сейчас многие правительства в отношении управления Covid-19. Во время экспоненциальной передачи вируса нам необходима постоянная, обязательная политика общественного здравоохранения, включающая социальное дистанцирование и обязательное ношение защитных масок в людных закрытых помещениях, таких как магазины и общественный транспорт".

   

ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора предложили новый способ отслеживания мутаций COVID-19

Специалисты предложили новый подход к отслеживанию мутации коронавируса. 

   Речь идет о расшифровке не всего его генома, а только той части, мутации в которой оказывают влияние на важные эпидемиологические свойства. Об этом РИА «Новости» сообщил руководитель научной группы разработки новых методов диагностики заболеваний человека ЦНИИ эпидемиологии Камиль Хафизов.

   «Метод целевого секвенирования отдельных фрагментов гена S-белка позволяет сократить расходы на пробоподготовку и секвенирование примерно в десять раз, если сравнить с полногеномным секвенированием коронавирусной инфекции. Также вдвое увеличивается скорость исследований, в том числе за счет намного меньшей «выбраковки» биологического материала в таргетном секвенировании. То есть больший процент проб проходит все стадии исследования и доходит до получения непосредственно самой геномной последовательности», – пояснил Камиль Хафизов.

   Он также отметил, что полное секвенирование генома остается наиболее надежным и точным методом, но оно требует как больших финансовых, так и временных затрат.По его словам, мутации вируса происходят постоянно, но к изменению свойств приводят не все. Значимые мутации коронавируса сосредоточены преимущественно в одном участке генома, их и предлагается расшифровывать, пояснил Хафизов.

   В «Векторе» ранее заявили об эффективности «ЭпиВакКороны» против мутаций COVID-19.

 

CDC обновляет рекомендации по лечению ИППП впервые с 2015 года

CDC опубликовал обновленные клинические рекомендации по лечению ИППП на фоне устойчивого роста числа случаев хламидиоза, гонореи и сифилиса в стране.

   Руководство, обновленное впервые с 2015 года, также включает стратегии профилактики и рекомендации по диагностике.

   "Есть несколько важных обновлений, но я бы выделила обновления, которые основываются на корректировках лечения гонореи, внесенных в декабре 2020 года для обеспечения эффективного лечения и минимизации угрозы резистентности к лекарствам", - сказала в интервью Healio Кимберли А. Ворковски, медицинский сотрудник отдела профилактики венерических заболеваний CDC. "Эффективное лечение гонореи остается приоритетом общественного здравоохранения".

   Гонорея, которая постоянно развивает резистентность к антибиотикам, используемым для ее лечения, является второй наиболее часто регистрируемой бактериальной ИППП в США, причем с 2015 по 2019 год число случаев увеличилось на 56% и превысило 1 миллион диагностированных и недиагностированных инфекций в год, по данным Ворковски. 

   В настоящее время CDC рекомендует лечить гонорею однократным введением 500 мг цефтриаксона. Если анализ на хламидии не проводился, рекомендуется также доксициклин 100 мг перорально дважды в день в течение 7 дней.

   Ворковски отметила дополнительные обновления в рекомендациях по лечению гонореи, в том числе то, что проверка эффективности лечения не требуется пациентам с диагнозом неосложненной урогенитальной или ректальной гонореи, если симптомы не продолжаются. Пациентам с фарингеальной гонореей рекомендуется проводить тест на излечение культуральным методом или ПЦР через 7-14 дней после первоначального лечения, независимо от схемы лечения, отметила Ворковски. По ее словам, пациенты, прошедшие лечение от гонореи, должны пройти повторное тестирование через 3 месяца после лечения, чтобы убедиться в отсутствии реинфекции. Если повторное тестирование через 3 месяца невозможно, пациенты должны пройти повторное тестирование в течение 12 месяцев после первоначального лечения.

   В новых рекомендациях отмечается, что теперь существуют одобренные FDA ректальные и оральные тесты для диагностики хламидиоза и гонореи, которые были утверждены для клинического использования, что является важным событием, "поскольку инфекция в этих локализациях часто протекает без симптомов", - отмечает Ворковски.

   В рекомендации также включены обновления, касающиеся тестирования на вирус гепатита С и вакцинации против HPV (вирус папилломы человека). 
CDC рекомендует всем взрослым в возрасте 18 лет и старше проходить скрининг на HCV хотя бы раз в жизни, а всем женщинам проходить скрининг во время беременности - рекомендации, которые не действуют в условиях, когда распространенность HCV-инфекций ниже 0,1%. Новые рекомендации соответствуют последним рекомендациям Консультативного комитета по практике иммунизации в отношении вакцинации против HPV, который повысил верхний возраст для вакцинации мужчин до 26 лет, что совпадает с рекомендациями для женщин, и сказал, что невакцинированные пациенты в возрасте от 27 до 45 лет должны поговорить со своими врачами о необходимости вакцинации.

   Как и ожидалось, руководство теперь рекомендует 100 мг перорального доксициклина в качестве первой линии лечения хламидиоза любой локализации, основываясь на исследованиях, демонстрирующих его преимущества перед азитромицином. В руководстве обновлены рекомендации по другим инфекциям, включая трихомониаз и воспалительные заболевания органов малого таза, а также по неосложненной гонорейной инфекции у новорожденных, детей и в других клинических ситуациях, включая проктит, эпидидимит и случаи сексуального насилия.

   Ворковски заявила, что, поскольку ежегодно регистрируется 26 миллионов новых случаев ИППП, что в общей сложности составляет почти 16 миллиардов долларов США медицинских расходов, 

"рекомендации по профилактике, диагностике и лечению, основанные на фактических данных, имеют решающее значение для остановки продолжающегося роста".


Прорыв в обнаружении разновидностей SARS-CoV-2 в сточных водах

Исследователи разработали инновационный метод обнаружения и количественного определения варианта B.1.1.7 (Альфа), на основе эпидемиологического исследования сточных вод.

   Исследователи из Междисциплинарной исследовательской группы по резистентности к противомикробным препаратам (AMR) Альянса Сингапур-МИТ по исследованиям и технологиям (SMART), совместно с сотрудниками из Biobot Analytics, Наньянского технологического университета (NTU) и Массачусетского технологического института (MIT) успешно разработали инновационный молекулярный метод, который способен обнаружить и количественно определить вариант B.1.1.7 (Альфа) вируса SARS-CoV-2. Это открытие открывает путь к быстрому и недорогому мониторингу других вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах.

   В то время как мир продолжает бороться с COVID-19 и сдерживать его распространение, недавнее выявление вариантов SARS-CoV-2 с более высокой трансмиссивностью и повышенной тяжестью заболевания сделало необходимым разработку удобных методов отслеживания вариантов. Эпиднадзор за сточными водами стал важнейшим инструментом общественного здравоохранения для безопасного и эффективного отслеживания эпидемии SARS-CoV-2 неинтрузивным способом, предоставляя дополнительную информацию, которая позволяет органам здравоохранения получать действенную информацию на уровне отдельных сообществ. Совсем недавно фрагменты вируса SARS-CoV-2 были обнаружены в жилых кварталах Сингапура в рамках проактивной программы наблюдения за сточными водами. Эта информация, а также результаты контрольного тестирования позволили Министерству здравоохранения Сингапура оперативно отреагировать, изолировать население и провести анализы мазков в рамках профилактических мер.

   Тем не менее выявление вариантов с помощью мониторинга сточных вод менее распространено из-за проблем, связанных с существующими технологиями. Секвенирование нового поколения (NGS) для мониторинга сточных вод требует много времени и больших затрат. Кроме того, эти методы не обладают достаточной чувствительностью для выявления низкого количества вируса в разбавленных и перемешанных образцах сточных вод из-за непоследовательного и/или низкого охвата секвенированием.

   Метод, разработанный исследователями, является уникальным для решения этих проблем и расширяет возможности эпиднадзора за сточными водами, не ограничиваясь тестированием на SARS-CoV-2, но также отслеживая распространение вызывающих опасения вариантов SARS-CoV-2. Вей Лин Ли, научный сотрудник SMART AMR и первый автор статьи, заявил в интервью Science Daily: "Это особенно важно для стран, где идет борьба с вариантами SARS-CoV-2. Наблюдение за сточными водами поможет выяснить истинную долю и распространение вариантов в местных сообществах. Наш метод достаточно чувствителен для выявления вариантов при сильно разбавленных концентрациях SARS-CoV-2, которые обычно наблюдаются в образцах сточных вод, и дает надежные результаты даже для образцов, содержащих несколько вариантов SARS-CoV-2".

   Исследование было опубликовано в журнале Environmental Science & Technology Letters. В статье описывается инновационный метод молекулярной детекции на основе аллель-специфической RT-qPCR, который позволяет обнаружить и количественно определить вариант B.1.1.7 (Альфа). Разработанный метод, протестированный и проверенный на образцах сточных вод в 19 населенных пунктах США, способен надежно обнаруживать и количественно определять низкие уровни варианта B.1.1.7 с низкой перекрестной реактивностью и при доли варианта до 1% в смеси вариантов SARS-CoV-2.

   Метод, направленный на мутации белка шипа, которые являются высокопрогнозируемыми для варианта B.1.1.7 (Альфа), может быть реализован с использованием коммерчески доступных протоколов RT-qPCR. В отличие от других коммерческих продуктов, использующих запатентованные праймеры и зонды для эпиднадзора за сточными водами, в статье подробно описывается метод и его разработка, который может свободно использоваться другими организациями и исследовательскими институтами для работы по эпиднадзору за сточными водами на предмет SARS-CoV-2 и его вариантов.

   Исследователи SMART AMR также в настоящее время разрабатывает специальные тесты, которые смогут обнаруживать и количественно определять вариант B.1.617.2 (Delta), который недавно был определен Всемирной организацией здравоохранения как вариант, вызывающий беспокойство.

"Этот метод может быть быстро адаптирован для обнаружения новых проблемных вариантов, отличных от B.1.1.7", 

- сказал соавтор исследования профессор Эрик Альм из Массачусетского технологического института и главный исследователь SMART AMR. "Это позволит перевести наши исследования в реальный мир за пределы Сингапура и помочь в обнаружении COVID-19 и его вариантов, в качестве системы раннего предупреждения и руководством для политиков при отслеживании вспышек инфекции и принятия соответствующих мер в области общественного здравоохранения".

Wei Lin Lee et al. Количественное отслеживание альфа-варианта B.1.1.7 SARS-CoV-2 в сточных водах с помощью аллель-специфичной RT-qPCR (аннотация).

   Критическая потребность в наблюдении за вызывающими беспокойство вариантами SARS-CoV-2 побудила разработать методы, позволяющие отслеживать варианты в сточных водах. В данном исследовании мы разработали и представили метод на основе аллель-специфической RT-qPCR (AS RT-qPCR), который обнаруживает и количественно определяет вариант B.1.1.7, нацеливаясь на мутации белка шипа в трех независимых геномных локусах, которые высоко прогнозируют B.1.1.7 (HV69/70del, Y144del и A570D). Наши методы анализа позволяют надежно обнаруживать и количественно определять низкие уровни B.1.1.7 с низкой перекрестной реактивностью и при доле варианта до 1% на фоне смешанного SARS-CoV-2.

   Применив наш метод к образцам сточных вод из США, мы проследили появление B.1.1.7 с течением времени в 19 населенных пунктах. Результаты AS RT-qPCR совпадают с клиническими тенденциями, а суммарное количество последовательностей B.1.1.7 и дикого типа, определенных с помощью нашего анализа, соответствует уровням SARS-CoV-2, указанным в анализах N1 и N2 CDC США. Данная работа прокладывает путь для AS RT-qPCR как метода быстрого и недорогого наблюдения за вариантами SARS-CoV-2 в сточных водах.

Новости
Как ослабление ограничений против COVID-19 может проложить путь к резистентности к вакцинам
#пандемия #мутации #ковид-19 #варианты sars-cov-2 #вакцинация
По мнению исследователей из Университета Восточной Англии и Эрлхэмского института, ослабление ковидных ограничений может открыть путь для новых мутаций вируса, устойчивых к вакцинам.    Статья предостерегает от преждевременного ослабления ограничений. В ней описывается, что мы находимся в "гонке вооружений" с этим вирусом, и что рост числа случаев заболевания может дать ему возможность эволюционировать в еще более трансмиссивные варианты. Исследователи опасаются, что любые новые варианты могут быть более вирулентными, более устойчивыми к вакцинам и более опасными для детей и уязвимых групп, например, пациентов, перенесших трансплантацию.   Ведущий автор и главный редактор журнала Virulence, профессор Кевин Тайлер из Норвичской медицинской школы UEA, сказал в интервью Science daily:    "Хотя вакцины ослабили связь между инфекцией и смертностью, их не следует использовать в качестве аргумента для оправдания масштабных изменений в политике стран, переживающих экспоненциальный рост числа инфекций. Это связано с тем, что большая часть населения мира все еще невакцинирована, и даже в странах с эффективными программами вакцинации значительная часть общества, особенно дети, остаются незащищенными. Ослабление ограничений усиливает распространение и позволяет популяции вируса расширяться, что повышает его адаптивный эволюционный потенциал и увеличивает риск появления вакциноустойчивых штаммов в результате процесса, известного как антигенный дрейф".   "Проще говоря, ограничение распространения Covid-19 в максимально возможной степени ограничивает количество будущих смертей, ограничивая скорость появления новых вариантов. Замедление темпов появления новых вариантов требует от нас быстрых и решительных действий, сокращения числа инфицированных людей, включая детей, с помощью вакцин и в сочетании с другими мерами общественного здравоохранения. В большинстве случаев детей не вакцинируют против Covid-19, поскольку риск того, что они серьезно заболеют, очень низок. Но могут появиться новые штаммы с более высокой трансмиссивностью у детей, и вакцинация детей может стать необходимой для контроля появления новых вариантов. Другими словами, политика ослабления ограничений, пока дети не привиты, рискует непреднамеренно выбрать вирулентные варианты, которые лучше способны инфицировать детей, а также более проблематичны для уязвимых групп населения". "Дети могут быть особенно подвержены риску, потому что они - единственная группа, которая остается невакцинированной. Но нет никакой гарантии, что вирус не разовьет способность инфицировать и детей, и данные показывают, что новые варианты относительно чаще встречаются в младших возрастных группах".    Когда мы взвешиваем преимущества и риски вакцинации молодых людей, мы должны учитывать и влияние на общество в целом. Нынешний подход к защите молодых людей, похоже, заключается в том, чтобы позволить им достичь коллективного иммунитета через инфицирование. Каждый день, когда такой подход сохраняется, мы даем вирусу преимущество и продлеваем пандемию, увеличивая нагрузку на системы здравоохранения и экономику".     "Только когда большая часть населения мира будет вакцинирована или приобретет иммунитет против инфекции, мы сможем ослабить социальные меры. Маловероятно, что мы вырвемся вперед в этой гонке вооружений, если не сможем значительно сократить численность популяции вируса. Но учитывая, что уровень инфицирования сейчас примерно такой же, как и во время первой волны, мы практически "в расчете" с этим вирусом".   "Как во многих других коэволюционных гонках вооружений, здесь нет победителей. Именно это имеют в виду эволюционные биологи, когда говорят, что коэволюция - это "игра с нулевой суммой". Но чего нельзя делать, так это внезапно терять бдительность в середине гонки вооружений. Это даст вашему противнику - вирусу - реальное преимущество. Поэтому мы должны продолжать делать то, что делали последние 18 месяцев, особенно в странах, где число инфицированных растет. Возложение мер по охране общественного здоровья на личную ответственность - это подход невмешательства, которого придерживаются сейчас многие правительства в отношении управления Covid-19. Во время экспоненциальной передачи вируса нам необходима постоянная, обязательная политика общественного здравоохранения, включающая социальное дистанцирование и обязательное ношение защитных масок в людных закрытых помещениях, таких как магазины и общественный транспорт".    
ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора предложили новый способ отслеживания мутаций COVID-19
#таргетное секвенирование #полногеномное секвенирование #мутации #коронавирусная инфекция #covid-19
Специалисты предложили новый подход к отслеживанию мутации коронавируса.     Речь идет о расшифровке не всего его генома, а только той части, мутации в которой оказывают влияние на важные эпидемиологические свойства. Об этом РИА «Новости» сообщил руководитель научной группы разработки новых методов диагностики заболеваний человека ЦНИИ эпидемиологии Камиль Хафизов.    «Метод целевого секвенирования отдельных фрагментов гена S-белка позволяет сократить расходы на пробоподготовку и секвенирование примерно в десять раз, если сравнить с полногеномным секвенированием коронавирусной инфекции. Также вдвое увеличивается скорость исследований, в том числе за счет намного меньшей «выбраковки» биологического материала в таргетном секвенировании. То есть больший процент проб проходит все стадии исследования и доходит до получения непосредственно самой геномной последовательности», – пояснил Камиль Хафизов.    Он также отметил, что полное секвенирование генома остается наиболее надежным и точным методом, но оно требует как больших финансовых, так и временных затрат.По его словам, мутации вируса происходят постоянно, но к изменению свойств приводят не все. Значимые мутации коронавируса сосредоточены преимущественно в одном участке генома, их и предлагается расшифровывать, пояснил Хафизов.    В «Векторе» ранее заявили об эффективности «ЭпиВакКороны» против мутаций COVID-19.  
События
Каталог
Библиотека
up