Изучение генетического разнообразия штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных в многопрофильном медицинском центре г. Москвы, с помощью секвенирования нового поколения
Цель. Изучить генетическое разнообразие штаммов K. pneumoniae, выделенных в Национальном медико-
хирургическом центре им. Н.И. Пирогова г. Москвы, с помощью секвенирования нового поколения.
Материалы и методы. В анализ включено 19 штаммов K. pneumoniae (18 из различного биологического
материала и 1 с объектов внутрибольничной среды), выделенных в медико-хирургическом центре
в период с 30 января по 9 октября 2017 г., фенотипически проявляющих множественную резистентность
к антимикробным препаратам. Секвенирование ДНК штаммов проводилось на приборе
Illumina HiSeq1500 с использованием наборов Illumina HiSeq PE Rapid Cluster Kit v2 и Illumina HiSeq
Rapid SBS Kit v2.
Результаты. Все исследованные штаммы относились к 9 различным сиквенс-типам. Один из штаммов
имел новый аллельный профиль. Обнаружен штамм с геном карбапенемазы, который относится к филогенетической
линии, отличающейся повышенной патогенностью для человека. Во всех штаммах выявлены
гены бета-лактамаз SHV-типа. Доля штаммов с генами бета-лактамаз CTX-M-типа составила
63,2%, OXA-типа – 68,4%, TEM-типа – 57,9%; в двух штаммах обнаружены гены металло-бета-лактамазы
NDM-1. Практически во всех штаммах присутствовали гены нескольких типов бета-лактамаз
одновременно. У всех 19 штаммов выявлены плазмид-ассоциированные детерминанты резистентности
к фторхинолонам и ген fosA, обеспечивающий резистентность к фосфомицину.
Выводы. Проведенное исследование показало высокую гетерогенность штаммов K. pneumoniae.
Преобладания какого-либо одного сиквенс-типа не обнаружено. Выявлены гипервирулентные
штаммы сиквенс-типа ST23 и штаммы сиквенс-типов «высокого риска» (ST11 и ST147). В двух
штаммах, относящихся к ST23, обнаружены бета-лактамазы blaSHV-1, blaCTX-M-55, blaOXA-1 и
blaSHV-1, blaOXA-48 соответственно. Основным механизмом множественной устойчивости к антимикробным
препаратам являлась продукция бета-лактамаз. Колистин был единственным препаратом,
к которому сохраняли чувствительность все выделенные в центре штаммы K. pneumoniae.
