УДК 579.8.06
Новый метод высокоразрешающего геномного ПЦР-фингерпринтинга
энтеробактерий
А.С. Исаева, Е.Е. Куликов, К.К. Тарасян, А.В. Летаров*
Институт микробиологии им. С.Н. Виноградского РАН, 117312, Москва,
просп. 60-летия Октября, 7, корп. 2
*E-mail: letarov@gmail.com
Рефера т Нами разработана оригинальная система геномного ПЦР-фингерпринтинга для дифференциации
штаммов энтеробактерий, использующая единственный олигонуклеотид, специфичный к инвертированным тер-
минальным повторам инсерционного элемента IS1 (IS1-профилинг). Эта система обладает большей разрешающей
способностью, чем широко применяемый метод BOX-ПЦР; она позволяет дифференцировать близкородствен-
ные штаммы, идентичные по профилям BOX-ПЦР и риботипам, но различающиеся по чувствительности к фагам.
По сравнению с аналогами наша система значительно менее чувствительна к качеству используемого оборудова-
ния и материалов. В то же время система BOX-ПЦР является более универсальной и пригодна для группировки
штаммов и установления их ближних филогенетических отношений. Таким образом, предложенная нами система
IS1-фингерпринтинга энтеробактерий является существенным дополнением к существующему инструментарию
молекулярной дифференциации энтеробактерий, позволяющим решать задачи, связанные с детализированным
исследованием высокогетерогенных и быстро эволюционирующих естественных популяций этих бактерий, в т.ч.
в ходе работ по экологии колифагов.
Однако некоторые штаммы не могут быть надежно дифференцированы с помощью IS1-профилинга из-за малого
количества полос в паттернах, генерируемых на матрицах их ДНК. Для улучшения технических характеристик
системы нами предложена модификация системы с использованием дополнительного праймера TR8834, специфичного
к нуклеотидной последовательности гена транспозазы, распространенного в геномах колиформных
бактерий.
