Применение MALDI-TOF масс-спектрометрии для изучения микробиоты кишечника новорожденных
Цель настоящего исследования – сравнительный анализ эффективности видовой идентификации ми-
кроорганизмов при исследованиях микробиоты кишечника новорожденных с помощью двух различных
методов: времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF-MS) и секвенирования участков гена 16S рРНК.
Материал и методы. Исследования микробиоты кишечника проводили на группе новорожденных из
различных отделений ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России в 2019 г. Состав микро-
биоты кишечника новорожденных изучали c использованием расширенного спектра селективных и не-
селективных питательных сред и инкубированием в аэробных, микроаэрофильных и анаэробных ус-
ловиях. Для исследования брали все выделенные в ходе работы чистые культуры микроорганизмов.
Микроорганизмы идентифицировали с помощью двух различных методов: MALDI-TOF-MS и секвениро-
вания участков гена 16S рРНК.
Результаты. Для исследования отобрано 84 чистые культуры микроорганизмов, выделенных из фе-
калий новорожденных. Для каждого выделенного изолята проведено MALDI-TOF-MS исследование. Для
большей части изолятов (82%) получены значения показателя SCORE в диапазоне от 1,68 до 2,40, что дало
возможность отнести каждый изолят к тому или иному предполагаемому виду. Для 15 (18%) изолятов
микроорганизмов видовую идентификацию корректно провести не удалось. Результаты видовой иденти-
фикации исследуемых изолятов микроорганизмов, полученные обоими методами, полностью совпали для
58 из 69 изолятов (84%). В ряде случаев определение вида микроорганизмов с помощью MALDI-TOF-MS
прошло некорректно. Применение секвенирования видоспецифических участков гена 16S рРНК позволило
получить правильный результат.
Заключение. Результаты, полученные путем секвенирования видоспецифических участков гена
16S рРНК, хорошо коррелируют с результатами, полученными с помощью времяпролетного MALDI-TOF масс-
спектрометра. Показано, что MALDI-TOF-MS можно эффективно использовать при проведении исследо-
ваний по изучению состава микробиоты кишечника новорожденных.
