microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss
Применение MALDI-TOF масс-спектрометрии для изучения микробиоты кишечника новорожденных

Применение MALDI-TOF масс-спектрометрии для изучения микробиоты кишечника новорожденных

Цель настоящего исследования – сравнительный анализ эффективности видовой идентификации ми-

кроорганизмов при исследованиях микробиоты кишечника новорожденных с помощью двух различных

методов: времяпролетной масс-спектрометрии (MALDI-TOF-MS) и секвенирования участков гена 16S рРНК.

Материал и методы. Исследования микробиоты кишечника проводили на группе новорожденных из

различных отделений ФГБУ «НМИЦ АГП им. В.И. Кулакова» Минздрава России в 2019 г. Состав микро-

биоты кишечника новорожденных изучали c использованием расширенного спектра селективных и не-

селективных питательных сред и инкубированием в аэробных, микроаэрофильных и анаэробных ус-

ловиях. Для исследования брали все выделенные в ходе работы чистые культуры микроорганизмов.

Микроорганизмы идентифицировали с помощью двух различных методов: MALDI-TOF-MS и секвениро-

вания участков гена 16S рРНК.

Результаты. Для исследования отобрано 84 чистые культуры микроорганизмов, выделенных из фе-

калий новорожденных. Для каждого выделенного изолята проведено MALDI-TOF-MS исследование. Для

большей части изолятов (82%) получены значения показателя SCORE в диапазоне от 1,68 до 2,40, что дало

возможность отнести каждый изолят к тому или иному предполагаемому виду. Для 15 (18%) изолятов

микроорганизмов видовую идентификацию корректно провести не удалось. Результаты видовой иденти-

фикации исследуемых изолятов микроорганизмов, полученные обоими методами, полностью совпали для

58 из 69 изолятов (84%). В ряде случаев определение вида микроорганизмов с помощью MALDI-TOF-MS

прошло некорректно. Применение секвенирования видоспецифических участков гена 16S рРНК позволило

получить правильный результат.

Заключение. Результаты, полученные путем секвенирования видоспецифических участков гена

16S рРНК, хорошо коррелируют с результатами, полученными с помощью времяпролетного MALDI-TOF масс-

спектрометра. Показано, что MALDI-TOF-MS можно эффективно использовать при проведении исследо-

ваний по изучению состава микробиоты кишечника новорожденных.

Применение MALDI-TOF масс-спектрометрии для изучения микробиоты кишечника новорожденных

up