В 2015 году ВОЗ приняла Глобальный план действий по борьбе с антимикробной резистентностью (AMR), который включал в себя задачи в таких областях, как повышение осведомленности о AMR, снижение заболеваемости за счет мер санитарии, гигиены и инфекционного контроля, оптимизация использования противомикробных препаратов и разработка моделей устойчивого инвестирования в новые антибиотики, диагностику, вакцины и другие мероприятия.
Одной из ключевых задач было укрепление знаний и доказательной базы по AMR путем расширения исследований и эпиднадзора. В результате в мире наблюдается значительный импульс в развитии эпиднадзора за AMR на основе бактериальных изолятов, включая разработку национальных планов действий и представление глобальных данных в Глобальную систему эпиднадзора за противомикробными препаратами ВОЗ (GLASS), запущенную в 2018 году.
Несмотря на то, что в рамках GLASS уже рассматривалась актуальность геномики для надзора за AMR, пандемия COVID-19 с тех пор изменила глобальный ландшафт надзора за заболеваниями, особенно в отношении геномного надзора. В период с марта 2020 года по декабрь 2022 года было получено около 14 миллионов геномов SARS-CoV-2 из 215 стран, что помогло обосновать глобальные ответные меры общественного здравоохранения. Понятие «вызывающий озабоченность вариант» вошло в общественный лексикон, а лица, ответственные за разработку политики в области здравоохранения, все больше ценят потенциал геномного эпиднадзора для получения достоверной картины о динамике передачи и эволюции микробных патогенов, наносящих значительный ущерб здоровью населения.
Расширение геномного потенциала в сочетании с доказательствами полезности геномного эпиднадзора за AMR за последние два десятилетия демонстрируют целесообразность и своевременность внедрения этой технологии в качестве важной части программ рутинного эпиднадзора. Поэтому настало время использовать политическое и общественное понимание и готовность инвестировать в потенциал эпиднадзора для борьбы с глобальным AMR. Соответственно, Консорциум по эпиднадзору и эпидемиологии лекарственно-устойчивых инфекций SEDRIC (Surveillance and Epidemiology of Drug Resistance Infection Consortium) созвал рабочую группу для изучения доказательной базы преимуществ и проблем использования геномики для эпиднадзора за AMR и выработки рекомендаций, которые могли бы привести к эффективному внедрению.
Рабочая группа, представленная почти 100 экспертами публикует пять работ в одном выпуске журнала The Lancet Microbe, подчеркивая широту обзора и анализа, проведенного группой.
Серия статей охватывает множество областей применения геномного надзора за AMR, в том числе в больничных условиях для выявления вспышек и информирования о профилактике и контроле инфекций, а также для информирования о принятии клинических решений на уровне пациента. Также рассказывается о применении на уровне общественного здравоохранения для выявления возникающих угроз, разработки и оценки подходящих мер, таких как вакцинация. Группа также рассмотрела будущие инновации в области геномного эпиднадзора за AMR, изучив, как следующий этап развития геномных технологий и методов анализа может еще больше изменить ландшафт эпиднадзора.
«Когда мир охватила пандемия COVID-19, мы показали, насколько мощным инструментом в борьбе с ней может стать геномное наблюдение. Эта работа выросла благодаря тому, что ее все чаще стали применять для решения реальных проблем, таких как обнаружение вспышек в больницах и в обществе - в том числе вспышек пищевых инфекций. Теперь нам нужно взять то, чему мы научились во время пандемии, включая смелое и широкомасштабное использование, и вновь применить это к сложной проблеме AMR", - сказала член группы профессор Шэрон Пикок из Кембриджского университета.
Потенциал улучшения эпиднадзора за AMR-патогенами может быть даже выше, чем у SARS-CoV-2, поскольку геномные данные позволяют обнаруживать и отслеживать вспышки, прогнозировать эффективность антибиотикотерапии, выявлять механизмы устойчивости, включая мутации и приобретение новых генов резистентности, а также помогают понять перемещение механизмов резистентности между бактериями. Хотя наблюдение за бактериями AMR уже используется в некоторых ситуациях, растущее число доказательств его потенциала в целом не перешло в рутинное использование. Рабочая группа изложила способы применения геномного надзора для решения проблемы AMR в более широком масштабе, включая барьеры, которые необходимо преодолеть, и представила ряд рекомендаций, в том числе по наращиванию потенциала, обучению существующих и новых сотрудников, стандартизации методов надзора для выявления AMR, а также согласованию справедливого обмена данными и управления.
Однако сначала необходимо преодолеть ряд препятствий. К ним относятся нехватка ресурсов и политической воли, а также необходимость повышения квалификации, особенно в области биоинформатики (анализ геномных данных). Существуют и практические барьеры, в том числе во многих странах слабая инфраструктура эпидемиологического надзора и микробиологии, неразвитые цепочки поставок и структуры ценообразования, а также проблемы эффективного сотрудничества и обмена данными. "Мы находимся на пороге реализации всего потенциала геномики в борьбе с AMR, но нам еще предстоит проделать большую работу. Нам нужно, чтобы научное, медицинское и политическое сообщества работали вместе, чтобы это произошло. AMR - это насущная проблема. Это не то, что произойдет в ближайшие годы - это происходит уже сейчас», - отметила Пикок.
«Мы будем находиться в постоянной гонке вооружений с бактериальными патогенами неопределенно долгое время. Геномный надзор открывает реальные перспективы для того, чтобы помочь нам в борьбе, предоставляя бесценную информацию для ограничения распространения и воздействия AMR. После пандемии стало ясно, что секвенирование - это жизненно важный инструмент, который необходим в каждой стране мира. AMR - это глобальная проблема, и нам снова нужно убедиться, что страны по всему миру в состоянии внести свой вклад и воспользоваться данными геномного мониторинга», - добавила она.
Джанет Мидега, член совета директоров SEDRIC, сказала: "Геномные исследования и эпиднадзор имеют ключевое значение для выявления патогенов и понимания передачи и тенденций лекарственной резистентности в условиях как высокого, так и низкого уровня доходов. Чтобы эффективно реагировать на эти данные, нам необходимо обеспечить доступность разрабатываемых методов и возможность их использования органами здравоохранения по всему миру".
