Антибиотики являются широко используемыми лекарственными препаратами у новорожденных, вызывая нарушения в развивающейся микробиоте кишечника с возможными пагубными долгосрочными последствиями, такими как хронические воспалительные заболевания.
Основное внимание уделяется бактериям, но исследования показывают, что грибки также могут играть важную роль. Существует лишь несколько исследований грибковой микробиоты кишечника новорожденных - микобиоты - в связи с лечением антибиотиками. Антибиотики могут оказывать пагубное влияние как на бактериальную, так и на грибковую микробиоту кишечника, что приводит к таким последствиям, как антибиотико-ассоциированная диарея и рецидивирующая инфекция Clostridioides difficile. Частое использование антибиотиков у новорожденных и множество потенциальных долгосрочных последствий подчеркивают важность изучения влияния антибиотиков на микробиоту кишечника новорожденных.
Целью данного исследования было изучить влияние антибиотиков на микобиоту кишечника новорожденных, а также ассоциации между бактериями и грибами. В исследование было включено 37 пациентов, страдающих респираторно-синцитиальным вирусом (RSV), из которых 21 получал от одного до четырех курсов антибиотиков из-за осложнений, а 16 не получали антибиотики на протяжении всего исследования. Образцы кала собирались до, во время и после лечения антибиотиками с периодом наблюдения до 9,5 месяцев. Микобиота кишечника была изучена с помощью секвенирования Illumina MiSeq региона ITS1.
Здоровая бактериальная микробиота кишечника новорожденных характеризуется доминированием факультативно-анаэробных бактерий, таких как стрептококки, энтерококки и энтеробактерии. Исследований микобиоты кишечника младенцев немного и хотя ее состав варьирует в разных исследованиях, сообщается, что Saccharomyces, Malassezia, Candida и Debaromyces составляют основную микобиоту кишечника младенцев в этих исследованиях.
Это совпадает с нашими результатами, за исключением Debaromyces, который не был одним из наиболее распространенных родов. В нашем исследовании мы наблюдали грибки в 75% образцов. Это дает дополнительные аргументы гипотезе, что это настоящие колонизаторы кишечника новрожденных. Следует также отметить, что младенцы в данном исследовании не были здоровыми, поскольку и пациенты, получавшие антибиотики, и контрольная группа имели активную инфекцию RSV, и поэтому их нельзя полностью сравнивать со здоровыми младенцами в других исследованиях. Вирусная инфекция может влиять на грибковую микробиоту кишечника неизвестным образом, поскольку у младенцев, страдающих от RSV-инфекции, был установлен сдвиг в бактериальной микробиоте кишечника.
После начала лечения антибиотиками относительная численность Candida была значительно выше у новорожденных, получавших антибиотики, по сравнению с контролем, в то время как Saccharomyces была более многочисленной в контроле. Такая же тенденция наблюдалась во всех случаях. Мы также обнаружили, что грибковый филум Basidiomycota был относительно более многочисленным в группе, получавшей антибиотики. Кроме того, мы обнаружили, что Basidiomycota были более многочисленными у новорожденных, получавших макролиды, по сравнению с контрольной группой через 6 недель после начала лечения, в то время как Malassezia была более многочисленной как у младенцев, получавших амоксициллин, так и макролиды.
Ранее было отмечено, что базидиомикота более многочисленна при воспалительных заболеваниях кишечника, что говорит о сохраняющемся грибковом дисбиозе более чем через 6 недель после приема антибиотиков у этих пациентов. В бактериальной микробиоте кишечника мы обнаружили, что макролиды более разрушительны, чем амоксициллин, и вместе с грибковой микробиотой кишечника эти и более ранние результаты указывают на то, что макролиды могут оказывать более стойкое воздействие на микробиоту кишечника по сравнению с амоксициллином.
Хотя Candida является частью микробиоты здорового кишечника, ее количество повышается при воспалительных заболеваниях, а также увеличивается у мышей, получавших антибиотики. Поскольку антибиотики не оказывают прямого воздействия на грибы, наблюдаемые изменения в микобиоте кишечника, вероятно, опосредованы изменением бактериального состава.
Наши результаты убедительно свидетельствуют о том, что комменсальные бактерии кишечника регулируют грибки, удерживая их под контролем. Когда бактерии погибают под воздействием антибиотиков, грибки, особенно Candida, получают возможность расти и препятствует восстановлению Lactobacillus spp.. Было показано, что грибки кишечника, особенно C. albicans, индуцируют Th17 клетки, регуляция которых играет важную роль в развитии хронических воспалительных заболеваний кишечника. Однако вопрос о том, является ли Candida фактором воспаления, или же она просто выигрывает от воспаления, остается открытым.
Таким образом, только один курс антибиотиков во время развития микобиоты кишечника у новорожденных вызвало сдвиг в составе грибковой микобиоты кишечника, характеризующийся более высоким относительным обилием Candida, а также более высоким разнообразием и насыщенностью. Это может указывать на то, что аберрантный состав микобиоты кишечника после лечения антибиотиками может, наряду с бактериальной микробиотой, быть причиной долгосрочных эффектов, которые антибиотики оказывают на здоровье человека.
