Фундаментальная экология может помочь нам лучше понять основополагающие механизмы трансплантации фекальных микробиот (ТФМ) и лучше спроектировать будущие микробные терапевтические средства лечения рецидивирующих инфекций, вызванных Clostridioides difficile (rCDI) и других заболеваний, связанных с дисбактериозами. В этом исследовании образцы стула были собраны у доноров и пациентов rCDI за одну неделю до ТФМ (пре-ТФМ) и через одну неделю после ТФМ (пост-ТФМ).
Используя метагеномное секвенирование и машинное обучение, наши результаты показали, что результат ТФМ зависит не только от экологической структуры реципиентов, но и от взаимодействия между микробиомами донора и реципиента на таксономическом и функциональном уровнях.
Мы отметили, что наличие специфических бактерий у доноров (Clostridioides spp., Desulfovibrio spp., Odoribacter spp. и Oscillibacter spp.) и отсутствие грибов (Yarrowia spp.) и бактерий (Wigglesworthia spp.) у реципиентов до ТФМ может предсказать успех ТФМ. Наши результаты также указывают на ряд взаимосвязанных механизмов, обеспечивающих успех ТФМ, включая восстановление нарушенной экосистемы кишечника путем транзиторной колонизации видов-нексусов, за которой следует вторичная сукцессия метаболизаторов желчных кислот, споруляторов и производителей короткоцепочечных жирных кислот.
Оригинальная статья: https://www.nature.com/article...
