microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Непревзойденная инвентаризация экосистемы кишечника человека
Непревзойденная инвентаризация экосистемы кишечника человека

Автор/авторы:
share
175
backnext

Международная группа ученых собрала все известные геномы бактерий из микробиома кишечника человека в единую большую базу данных. Их работа, опубликованная в журнале Nature Biotechnology, позволит исследователям исследовать связи между генами бактерий и белками, а также их влияние на здоровье человека.

Этот проект осуществлялся под руководством Европейского института биоинформатики EMBL (EMBL-EBI) и включал в себя сотрудников Института Веллкома Сэнгера, Университета Тренто, Института Глэдстоуна и Объединенного института генома Министерства энергетики США.

Больше микробов, чем человеческих клеток

Бактерии покрывают человеческое тело, внутри и снаружи. Они вырабатывают белки, которые влияют на наше пищеварение, наше здоровье и нашу восприимчивость к болезням. Они настолько распространены, что организм, по оценкам, содержит в своем микробиоме больше клеток - бактерий, грибов и других микробов, чем человеческие клетки.

Чтобы понять роль, которую виды бактерий играют в биологии человека, ученые обычно изолируют и культивируют их в лаборатории перед тем, как исследовать их ДНК. Однако многие бактерии процветают в условиях, которые еще не воспроизводимы в лабораторных условиях.

Чтобы получить информацию о таких видах, ученые применяют другой подход: они собирают один образец из окружающей среды - в данном случае из кишечника человека - и исследуют ДНК из всего образца. Затем они используют вычислительные методы для реконструкции отдельных геномов тысяч видов из этой одиночной пробы. Этот метод, называемый метагеномикой, предлагает мощную альтернативу выделению и секвенированию ДНК отдельных видов.

Биоразнообразие в человеческом кишечнике

"В прошлом году три независимые группы, включая нашу, реконструировали тысячи геномов микробиомов кишечника. Большие вопросы заключались в том, были ли у этих команд сопоставимые результаты, и можем ли мы объединить их в комплексную инвентаризацию", - говорит Роб Финн, руководитель команды EMBL-EBI.

В настоящее время ученые собрали 200 000 геномов и 170 миллионов белковых последовательностей из более чем 4 600 видов бактерий в кишечнике человека. Их новые базы данных - Объединенный желудочно-кишечный геном человека и Объединенный каталог белков желудочно-кишечного тракта - раскрывают невероятное разнообразие микробиома кишечника и прокладывают путь для дальнейших исследований микробиомов.

"Этот огромный каталог является вехой в исследованиях микробиомов и станет бесценным ресурсом для ученых, которые начнут изучать и, будем надеяться, понимать роль каждого вида бактерий в экосистеме кишечника человека", - объясняет Никола Сегата, главный исследователь Университета Тренто.

В ходе проекта выяснилось, что более 70% обнаруженных видов бактерий никогда не культивировались в лаборатории - их активность в организме остается неизвестной. Самой большой группой бактерий, попадающей в эту категорию, являются Comantemales, группа кишечных бактерий, впервые описанных в 2019 году в исследовании, проведенном Bork Group в EMBL Heidelberg.

"Это был настоящий сюрприз видеть, насколько распространены Comantemales. Это подчеркивает, как мало мы знаем о бактериях в нашем кишечнике", объясняет Александр Алмейда, EMBL-EBI / Сангер Постдоктор из группы финских специалистов. "Мы надеемся, что наш каталог поможет биоинформаторам и микробиологам преодолеть этот пробел в знаниях в ближайшие годы".

Свободно доступный информационный ресурс


Все данные, собранные в Единой коллекции желудочно-кишечного генома человека и Едином каталоге белков желудочно-кишечного тракта человека, находятся в свободном доступе в MGnify, онлайн-ресурсе EMBL-EBI, который позволяет ученым анализировать их микробные геномные данные и проводить сравнения с существующими наборами данных.

Проект уже имеет ряд пользователей в научном сообществе. По мере появления новых наборов данных от исследовательских групп по всему миру каталог может расширяться и включать в себя микробиомы других частей тела, таких как кожа или ротовая полость.

"Этот каталог предоставляет очень богатый источник информации для микробиологов и клиницистов". Тем не менее, мы, вероятно, откроем гораздо больше новых видов бактерий в недопредставленных географических регионах, таких как Южная Америка, Азия и Африка. Мы до сих пор мало что знаем о разнообразии бактерий в различных человеческих популяциях", - объясняет Алмейда.

Источник:ScienceDaily, July 27, 2020
Вам также может быть интересно
Комментариев: 0
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up