У большинства человеческих популяций в кишечнике обитает схожий набор видов микроорганизмов, но наблюдается разнообразие между штаммами.
Вопрос заключается в том, является ли такая специфичность результатом общей эволюционной истории (кодиверсификации) между людьми и их микробами. Известно, что некоторые микробные линии видоизменялись вместе с гоминидами, но мы не знаем, относится ли это к современным людям. Чтобы проверить возможность кодиверсификации хозяина и микробиоты, в исследовании, опубликованном 15 сентября в журнале Science, были проанализированы парные метагеномы кишечника и геномы человека 1225 человек из Европы, Азии и Африки, включая матерей и их детей.
Как между странами, так и внутри стран была очевидна параллельная эволюционная история для людей и их микроорганизмов кишечника. Парные филогении людей и их соответствующих микробиомов из Габона, Вьетнама и Германии показали, что 59 бактериальных штаммов и один архейный штамм имеют эволюционную историю параллельно с филогениями человека, что указывает на кодиверсификацию. Эти организмы, по-видимому, приобрели такие черты, как непереносимость кислорода и уменьшенные геномы, что указывает на зависимость от хозяина.
"Микробиом является терапевтической мишенью для персонализированной медицины, и наши результаты подчеркивают важность подхода к терапии на основе микробиома с учетом особенностей популяции", - отмечают авторы. Так например, осознание различий в штаммах микроорганизмов кишечника у разных групп населения уже привело к мысли о том, что терапевтические пробиотики должны быть местного происхождения. Эти результаты указывают на важность понимания потенциальной роли популяционно-специфических штаммов микроорганизмов в фенотипах заболеваний, опосредованных микробиомом.
