Эволюция клинически значимых бактерий и грибов с множественной лекарственной резистентностью (аннотация)Эволюция клинически значимых бактерий и грибов с множественной лекарственной резистентностью
Из-за быстрого распространения резистентности и медленной разработки новых лекарственных препаратов бактерии и грибы с множественной лекарственной резистентностью (MDR) остаются актуальной проблемой медицинской науки уже более 60 лет.
До сих пор остается много вопросов без ответа об эволюции клинически важных бактерий и грибов с MDR. Мониторинг эпидемиологии клинически важных бактерий полезен, так как позволяет быстро предупредить об изменении или эволюции микроорганизмов. Последние достижения, полученные в разных странах и регионах в области эволюции MDR у клинически значимых бактерий и грибов в клинике или ветеринарии, являются предметом нескольких недавних научных статей.
Staphylococcus aureus является важным возбудителем внутрибольничных и социально-ассоциированных инфекций во всем мире. ST59 представляет собой наиболее распространенный тип сиквенса, выделенный в Восточной Азии (Jin et al., 2021). McClure et al. отметили, что происхождение ST59 является спорным, и провели подробный генетический анализ линии изолятов ST59 Staphylococcus aureus от пациентов из Канады и материкового Китая, чтобы выявить, что структура мобильных элементов (MES) является основным различием между двумя континентальными линиями. Анализ показал одновременную, но раздельную эволюцию североамериканской и восточноазиатской линий. Более древняя MES-отрицательная сублиния ST59 из Северной Америки указывает на возможность происхождения линии в Восточной Азии из Северной Америки с приобретением MES и последующей диверсификацией.
MDR грамотрицательных бактерий имеет большое значение из-за передаваемых генов резистентности, особенно генов карбапенемазы. Sedrakyan et al. исследовали распространенность резистентности к противомикробным препаратам (AMR), особенно к β-лактамазам расширенного спектра (ESBL), среди 291 клинического нетифоидного штамма Salmonella от пациентов из Армении и Грузии. Наиболее распространенным серотипом с MDR был ST328 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium), большинство из которых являются blaCTX-M-5-положительными ESBL-продуцентами с высоким уровнем резистентности к β-лактамам. Исследование также столкнулось с несоответствием между геномом (аминокислотные замены в PBP3, aac(6′)-Iaa-харборинг, AmpC) и фенотипом (чувствительность к β-лактамам или аминогликозидам). Большинство исследований (Card et al., 2013; Agyekum et al., 2016) были посвящены прогностической ценности генома для фенотипа лекарственной резистентности, и лишь в нескольких статьях сообщалось о несоответствии между геномом и фенотипом, что заслуживает внимания.
С развитием технологии секвенирования исследования генов резистентности к карбапенемам достигли большого прогресса. Распространенные генотипы патогенов и общие гены резистентности в различных регионах по всему миру были хорошо изучены. Zhao и др. изучили изменения в изолятах Klebsiella pneumoniae (CR-KP), устойчивых к карбапенемам, от пациентов в Гуандуне (Китай) в 2016-2020 годах. Исследование показало, что уровень инфицирования CR-KP увеличился, а основными очагами инфекции стали отделения интенсивной терапии и неонатальные палаты. Тип ST 11, несущий сериновый фермент, вызванный blaKPC, является наиболее распространенным среди CR-KP. Были обнаружены полигенные штаммы и новые ST11 ropB-мутации и infB-мутации, что указывает на трудности клинического лечения.
Singh et al. провели мета-анализ ассоциации между выделением ESBL из клинических и неклинических образцов человека в субрегионе Большого Меконга, чтобы рассмотреть клиническую и молекулярную эпидемиологию в нозокомиальных и общественных условиях, методы диагностики и факторы риска. Годовая распространенность ESBL-Escherichia coli (ESBL-Ec) увеличилась во всех клинических образцах, особенно в клинических образцах крови. Исследование также показало, что ESBL значительно связана с недавним приемом антибиотиков широкого спектра действия, наличием сопутствующих заболеваний и хронической болезнью почек. Фенотипические ESBL были обнаружены с помощью двухдискового синергетического теста, Е-тестов и VITEK-2, тогда как карбапенемаза была обнаружена с помощью модифицированного теста Ходжа или метода mCIM. ПЦР был наиболее распространенным методом геномной детекции, за ним следовали полногеномное секвенирование и комбинация обоих методов.
Тема MDR освещается не только клинике, но и ветеринарии. Elbediwi et al. описали передовой подход, геномную характеристику и статистический анализ при рутинном мониторинге новых AMR Salmonella enterica, циркулирующих в инкубаторах для разведения цыплят в провинции Хэнань. Результаты исследования также позволили предположить, что одним из потенциальных путей распространения сероваров MDR Salmonella enterica может быть торговля суточными цыплятами.
Внезапное появление новых MDR Candida auris, способных быстро передаваться, находится под пристальным вниманием. Hu et al. провели ретроспективный анализ случаев инфекции Candida auris до 31 декабря 2020 года в базах данных PubMed и Web of Science для определения факторов риска летальности пациентов. Исследование выявило среди пациентов более высокую долю мужчин, недоношенных детей и пожилых людей. Высока была доля пациентов с диабетом, заболеваниями почек, травмами или заболеваниями органов слуха. Более половины пациентов имели в анамнезе использование центральных венозных катетеров и применение антибиотиков широкого спектра действия. Исследование показало, что только заболевания почек были важным фактором риска смертности у пациентов, инфицированных Candida auris.
В заключение следует отметить, что MDR патогенов - это постоянно меняющаяся проблема, которая требует систематических исследований и долгосрочного мониторинга для ограничения дальнейшего распространения резистентных бактерий. В настоящее время передовые биоинформационные технологии, включая полногеномное секвенирование, анализ филогенетических сетей и кластерный анализ, способствовали исследованиям эволюции патогенов с MDR. Разработка более совершенных методов обнаружения и типирования требует дальнейшего изучения.
