microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Генетика влияет на функции микробиома кишечника
Генетика влияет на функции микробиома кишечника

Автор/авторы:
share
84
backnext
Рис.: gutmicrobiotaforhealth.com

Новое исследование посвящено изучению того, как генетика человека влияет на функции микробиома кишечника, и расширяет представление о роли генетики человека в формировании микробиома.

   Триллионы отдельных организмов, составляющих микробиом кишечника человека, оказывают значительное влияние на метаболические функции, заболевания и общее состояние здоровья. Менее ясно, как и в какой степени микробиом кишечника, в свою очередь, формируется под влиянием генома его хозяина. Илана Брито и ее соавторы применили новый подход к изучению генетических взаимодействий между хозяином и микробиомом и смогли выявить немало случаев, когда генетическая конфигурация хозяина напрямую влияет на функциональные характеристики микробиома кишечника. Их работа "Коллективные эффекты геномных вариаций человека на функции микробиома" опубликована в журнале Scientific Reports.

   "Когда заболевание или фенотип вызваны одной генетической мутацией, поиск гена, ответственного за это, может быть относительно простым процессом, - говорит Брито. "Но так же часто целый комплекс генов может взаимодействовать, приводя к развитию заболевания или другого фенотипического проявления, что является гораздо более сложным механизмом". В геноме человека существует множество вариаций от человека к человеку и даже в парных хромосомах одного и того же человека.

   Когда вариация возникает в результате замены одного нуклеотида, это называется однонуклеотидным полиморфизмом (SNP). Используя уникальный подход к вычислениям и моделированию, группа Брито смогла определить SNP, которые коррелируют с микробиом-ассоциированными признаками, заболеваниями и раком. Другими словами, они смогли показать прямое влияние генома человека на функции микробиома кишечника. "Связать вариации в геноме человека с вариациями в микробиоме кишечника было непросто, - говорит Брито, - потому что варианты генома человека коррелируют друг с другом и могут иметь взаимосвязанные функции, а виды бактерий в кишечнике также не являются независимыми друг от друга".

   Новизна нынешнего исследования заключалась в использовании комплекса этих данных. Оно сфокусировано на функции микробиома кишечника, а не на генетическом составе каждого вида в скоплении организмов, образующих микробиом; оно рассматривает обширные совокупности человеческих генов и их влияние на функции микробиома, а не изучает отдельные гены; оно использует новый тип стратегии для моделирования распределения функций и видов в кишечнике человека.

   Прошлые модели не очень хорошо подходили для характеристик, присущих массивам данных метагеномного секвенирования. Для оценки совокупной роли влияния генетики человека на состав и функции микробиома кишечника авторы применили вероятностное моделирование - гибкий метод интеграции многомерных данных. Они проанализировали микробиомы кишечника и генетические варианты 250 человек. Моделирование выявило SNPs в связанных с микробиомом метаболических признаках (ИМТ, кровяное давление) и связанных с микробиомом заболеваниях (диабет 2 типа, некоторые неврологические расстройства) и некоторых видах рака. 

   Как распространенные, так и редкие микробные функции, такие как белки системы секреции или резистентность к антибиотикам, были связаны с генетикой хозяина. Анализ видового обилия микроорганизмов, выявил известные ассоциации, такие как виды бифидобактерий, а также новые ассоциации. Несмотря на небольшой размер выборки, метод позволяет выявить не только ранее известные ассоциации, но и новые.

   В целом, авторы представили новую и гибкую систему для изучения генетических взаимодействий между хозяином и микробиомом и внесли новое измерение в текущие дебаты о роли генетики человека на микробиом кишечника.

Источник:

ScienceDaily, 18 April 2022

Комментариев: 0
Вам также может быть интересно
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up