Метагеномное секвенирование следующего поколения для микробиологической диагностики пациентов с абдоминальным сепсисом (аннотация)Метагеномное секвенирование следующего поколения для микробиологической диагностики пациентов с абдоминальным сепсисом
Брюшная полость является вторым по частоте источником сепсиса и ассоциируется с повышенной заболеваемостью и смертностью, поэтому в клинических условиях необходима быстрая диагностика и первоначальная терапия.
Однако первоначальная эмпирическая антибиотикотерапия часто неспецифична, что может привести к ненужному воздействию антибиотиков широкого спектра действия, и ее необходимо как можно скорее скорректировать в соответствии с профилем микроорганизмов. Кроме того, для пациентов с сепсисом с отрицательными культурами быстрая и точная идентификация патогенов остается сложной задачей. При интраабдоминальной инфекции (ИАИ) культивирование жидкости перитонеального дренажа (ПД) является распространенным методом идентификации возбудителя. Процент положительных культур ПД в клинических условиях варьирует от 19,5 до 63,7%, (Waele et al., 2014; Sim et al., 2020; Xiong and Rao, 2020) в то время как микробиологические профили (результаты культивирования и восприимчивости) часто требуют более 72 ч. Поэтому необходим новый метод, не зависящий от культуры.
С 2010-х годов технология метагеномного секвенирования следующего поколения (mNGS), основанная на секвенировании нуклеиновых кислот и обладающая такими преимуществами, как высокая пропускная способность и беспристрастное выявление патогенов, применяется и валидируется как метод диагностики инфекционных заболеваний. Однако для пациентов с ИАИ соответствующие клинические исследования, изучающие эффективность mNGS, ограничены. Поэтому данное исследование было проведено для сравнения микробиологической диагностической способности mNGS с традиционным культивированием перитонеального дренажа у пациентов с сепсисом в условиях реанимации и для изучения того, может ли этот многообещающий и неинвазивный инструмент для диагностики инфекционных заболеваний улучшить уход за больными ИАИ.
Методы: С января 2018 года по декабрь 2020 года в одной из больниц Китая было проведено проспективное обсервационное исследование и собраны данные о 109 пациентах с абдоминальным сепсисом. Сравнивалась эффективность выявления патогенов методом mNGS плазмы и методом культивирования ПД.
Измерения и результаты: Девяносто два положительных случая были выявлены методом культивирования ПД, в то время как mNGS плазмы выявил 61 положительный случай. Сорок пять пациентов (44,0%) имели хотя бы одну совпадающую пару результатов mNGS плазмы и культуры ПД. По сравнению с культурой ПД, mNGS плазмы был более быстрым (27,1 ± 4,0 против 68,9 ± 22,3 ч, p < 0,05). У пациентов, получавших начальную антибиотикотерапию в соответствии с результатами определения mNGS, наблюдался лучший клинический исход.
Выводы: В целом, это одноцентровое исследование продемонстрировало, что у пациентов с абдоминальным сепсисом mNGS плазмы может обеспечить раннюю, неинвазивную и быструю диагностику путем выявления циркулирующей ДНК патогенов. По сравнению с традиционными методами культивирования ПД, mNGS плазмы был более быстрым и имел тенденцию к обнаружению грамотрицательных бактерий по сравнению с грамположительными бактериями и грибами. Сочетание mNGS плазмы с традиционными методами может улучшить этиологическую диагностику.
Наше обсервационное исследование показало улучшение клинических исходов у пациентов, получавших начальную антибиотикотерапию в сочетании с обнаружением mNGS. Для оценки значимости обнаружения mNGS в плазме для улучшения лечения абдоминального сепсиса необходимы будущие исследования с большей когортой.
