Диагностическая ценность метагеномного секвенирования нового поколения для выявления патогенов в бронхоальвеолярном лаваже у пациентов с ИВЛ-ассоциированной пневмонией (аннотация)Диагностическая ценность метагеномного секвенирования нового поколения для выявления патогенов в бронхоальвеолярном лаваже у пациентов с ИВЛ-ассоциированной пневмонией
Вентилятор-ассоциированная пневмония (ВАП), вызванная механической вентиляцией, остается серьезным заболеванием, которое приходится лечить врачам отделений интенсивной терапии (ОРИТ).
ВАП характеризуется высокой заболеваемостью и смертностью, несмотря на достижения в области антибиотикотерапии и множество стратегий, используемых для профилактики ВАП. Сообщается, что частота возникновения ВАП в отделениях интенсивной терапии составляет 9-27%, а смертность колеблется от 30 до 70%. С ВАП ассоциировано большое количество патогенов. В большинстве случаев пациенты с ВАП подвергаются эндотрахеальной интубации, и жидкость бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ) становится более доступным клиническим образцом с более высокой диагностической ценностью, чем другие образцы. Обычные методы исследования (МИ) БАЛ, включая бактериальный и грибковый мазок и культуру, рутинно проводились для оценки микробиологической информации. Однако эти методы оценки требуют много времени и имеют низкий процент положительных результатов, что не может удовлетворить диагностические потребности критически больного пациента. Культурально-независимые МИ (серологическое тестирование и амплификация нуклеиновых кислот) оказались полезными для выявления вирусов. Однако из-за ограниченного диапазона обнаружения с помощью наборов для ПЦР необходимо сочетание нескольких диагностических методов, которые могут дополнить обнаружение вирусов.
Метагеномное секвенирование следующего поколения (mNGS) обеспечивает беспристрастный подход, который позволяет универсально выявлять патогены из клинических образцов и поэтому может рассматриваться как идеальный метод для обнаружения бактерий, грибов и вирусов. Предполагается, что mNGS можно использовать для диагностики пациентов с тяжелой пневмонией и для руководства их клиническим лечением, что может привести к снижению уровня летальности. Более того, все большее число редких патогенов было обнаружено с помощью метода mNGS, что обеспечивает быструю и эффективную стратегию диагностики некоторых сложных случаев. Однако применение mNGS у пациентов с ВАП в отделении интенсивной терапии общего профиля было изучено в меньшей степени. Более того, результаты показали большую разницу в обнаружении патогенов в разных клинических отделениях из-за различных источников инфекции. Кроме того, большинство исследований mNGS были направлены на диагностическое преимущество обнаружения конкретных патогенов. Было показано, что метод mNGS превосходит культуральные методы, используемые для идентификации Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenza и Prevotella melaninogenicus; однако в отношении обнаружения грибов не было отмечено существенной разницы между этими двумя методами (Xie et al., 2019). Напротив, сообщалось о противоречивых данных (Toma et al., 2014; Miao et al., 2018). В настоящем исследовании были обобщены данные mNGS 72 образцов БАЛ и проведено сравнение диагностической эффективности метода mNGS с традиционными МИ в отношении обнаружения бактерий и грибов соответственно. Кроме того, была проанализирована диагностическая ценность mNGS для вирусных и микст-инфекций.
Цель: Оценить диагностическую эффективность метагеномного секвенирования следующего поколения (mNGS) с использованием жидкости бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ) у пациентов с вентилятор-ассоциированной пневмонией (ВАП).
Методы: Образцы БАЛ 72 пациентов с ВАП были собраны с августа 2018 года по май 2020 года. Сравнивалась диагностическая эффективность традиционных методов исследования (МИ) и mNGS на основе бактериального и грибкового анализов. Также была проанализирована диагностическая ценность mNGS для вирусных и смешанных инфекций.
Результаты: Процент положительных образцов с помощью mNGS был значительно выше, чем при использовании традиционных МИ [отношение шансов (OR), 4,33; 95% доверительный интервал (CI), 1,78-10,53; p < 0,001]. Чувствительность и специфичность mNGS для выявления бактерий составили 97,1% (95% ДИ, 93,2-101,0%) и 42,1% (95 ДИ, 30,7-53,5%), соответственно, тогда как положительная прогностическая ценность (PPV) и отрицательная прогностическая ценность (NPV) составили 60,0% (95% ДИ, 48,7-71,3%) и 94,1% (95% ДИ, 88,7-99,6%), соответственно. В общей сложности 38 образцов были отрицательными в отношении обнаружения бактерий при определении традиционными МИ, в то время как 22 образца были положительными при определении методом mNGS.
Для трех образцов были получены противоречивые результаты между двумя методами обнаружения бактерий. Однако в отношении грибковых инфекций не было отмечено существенных различий между методами mNGS и традиционными МИ (ОР, 1,42; 95% ДИ, 0,68-2,97; p = 0,46). Чувствительность и специфичность mNGS составили 71,9% (95% CI, 61,5-82,3%) и 77,5% (95% CI, 67,9-87,1%), соответственно. mNGS продемонстрировал PPV 71,9% (95% CI, 61,5-82,3%) и NPV 77,5% (95% CI, 67,9-87,1%). В общей сложности 9 из 40 образцов были признаны положительными на грибы согласно mNGS, в то время как традиционные МИ не дали положительных результатов в этих образцах. Методы mNGS и МИ дали противоречивые результаты в отношении обнаружения грибов в двух образцах. В общей сложности 30 пациентов были вирусоположительными при использовании метода mNGS. Кроме того, 42 пациента (58,3%) были идентифицированы как больные микст-инфекцией легких.
Выводы: исследование БАЛ с помощью mNGS повысило чувствительность и специфичность идентификации бактерий у пациентов, у которых развилась ВАП. Кроме того, mNGS продемонстрировал очевидные преимущества в обнаружении вирусов и выявлении микст-инфекций. Однако интерпретация данных mNGS должна сочетаться с результатами традиционных МИ и клиническими данными из-за отсутствия единых диагностических критериев.
