Быстрое обнаружение инфекционных патогенов в жидкостях организма путем метагеномного секвенирования следующего поколенияБыстрое обнаружение инфекционных патогенов в жидкостях организма путем метагеномного секвенирования следующего поколения
Исследователи из UC San Francisco разработали клинический лабораторный тест, способный анализировать патогены, вызывающие серьезные инфекции. Экспресс-тест проводится менее 6 часов и применим для исследования образцов большинства жидкостей организма для идентификации широкого спектра возбудителей инфекционных заболеваний.
Экспресс анализ даст возможность оперативного лечения тяжелобольных пациентов. Исследование опубликовано в журнале Nature Medicine.
"Преимущество заключается в том, что мы можем обнаружить любую инфекцию из любой жидкости тела, без специальной пробоподготовки", - сказал автор исследования Чарльз Чью, профессор кафедры лабораторной медицины UCSF и директор UCSF-Abbott Viral Diagnostics and Discovery Center.
В протоколе используется мощная технология секвенирования следующего поколения для определения всей ДНК в образце, любого происхождения - человеческого, бактериального, вирусного, паразитарного или грибкового. Идентификация основана на специально разработанном аналитическом программном обеспечении для сравнения последовательностей ДНК в образце с массивными геномными базами данных, охватывающими все известные патогенные микроорганизмы. Используя две высокотехнологичные платформы метагеномного ДНК секвенирования следующего поколения (mNGS), исследователи сравнили их производительность в диагностике бактериальных или грибковых инфекций с лабораторными культуральными тестами и стандартными ДНК-тестами на основе ПЦР. Было исследовано 180 образцов жидкостей тела от 160 пациентов с острыми инфекционными заболеваниями.
При использовании секвенирования Illumina чувствительность и специфичность метода составила 79 и 91% для бактерий и 91 и 89% для грибов, соответственно; и 75 и 81% для бактерий и 91 и 100% для грибов, соответственно, при нанопорном секвенировании. У 12 пациентов с культуральными/ПЦР-отрицательными тестами, но у которых в конечном итоге был установлен диагноз инфекционного заболевания, 7 (58%) имели положительный результат по mNGS. Вычислительный анализ в реальном времени позволил идентифицировать патоген нанопорным секвенированием во временном интервале от 50 минут до 6-часов.
Быстрое mNGS-тестирование является перспективным инструментом для диагностики неизвестных инфекций в жидкостях организма.
Оригинальная статья: https://www.nature.com/article...
