microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Быстрое обнаружение инфекционных патогенов в жидкостях организма путем метагеномного секвенирования следующего поколения
Быстрое обнаружение инфекционных патогенов в жидкостях организма путем метагеномного секвенирования следующего поколения

Автор/авторы:
share
93
backnext

Исследователи из UC San Francisco разработали клинический лабораторный тест, способный анализировать патогены, вызывающие серьезные инфекции. Экспресс-тест проводится менее 6 часов и применим для исследования образцов большинства жидкостей организма для идентификации широкого спектра возбудителей инфекционных заболеваний. 

   Экспресс анализ даст возможность оперативного лечения тяжелобольных пациентов. Исследование опубликовано в журнале Nature Medicine.

   "Преимущество заключается в том, что мы можем обнаружить любую инфекцию из любой жидкости тела, без специальной пробоподготовки", - сказал автор исследования Чарльз Чью, профессор кафедры лабораторной медицины UCSF и директор UCSF-Abbott Viral Diagnostics and Discovery Center.

   В протоколе используется мощная технология секвенирования следующего поколения для определения всей ДНК в образце, любого происхождения - человеческого, бактериального, вирусного, паразитарного или грибкового. Идентификация основана на специально разработанном аналитическом программном обеспечении для сравнения последовательностей ДНК в образце с массивными геномными базами данных, охватывающими все известные патогенные микроорганизмы.   Используя две высокотехнологичные платформы метагеномного ДНК секвенирования следующего поколения (mNGS), исследователи сравнили их производительность в диагностике бактериальных или грибковых инфекций с лабораторными культуральными тестами и стандартными ДНК-тестами на основе ПЦР. Было исследовано 180 образцов жидкостей тела от 160 пациентов с острыми инфекционными заболеваниями.

   При использовании секвенирования Illumina чувствительность и специфичность метода составила 79 и 91% для бактерий и 91 и 89% для грибов, соответственно; и 75 и 81% для бактерий и 91 и 100% для грибов, соответственно, при нанопорном секвенировании. У 12 пациентов с культуральными/ПЦР-отрицательными тестами, но у которых в конечном итоге был установлен диагноз инфекционного заболевания, 7 (58%) имели положительный результат по mNGS. Вычислительный анализ в реальном времени позволил идентифицировать патоген нанопорным секвенированием во временном интервале от 50 минут до 6-часов. 

Быстрое mNGS-тестирование является перспективным инструментом для диагностики неизвестных инфекций в жидкостях организма.

Оригинальная статья: https://www.nature.com/article...

Источник:Labcompare, November 12, 2020
Комментариев: 0
Вам также может быть интересно
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up