microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Вопросы тестирования Candida auris в клинических лабораториях и лабораториях общественного здравоохранения (аннотация)
Вопросы тестирования Candida auris в клинических лабораториях и лабораториях общественного здравоохранения

Автор/авторы:
share
95
backnext
C. auris. Фото: Juan Gaertner / Shutterstock

Выявление в 2009 году в Восточной Азии нового грибка Candida auris и его быстрое распространение по всему миру стало напоминанием об угрозе, которую представляют грибковые патогены с множественной лекарственной резистентностью. 

   C. auris, вероятно, долгое время оставался нераспознанным, поскольку отсутствовали точные тесты. Лабораторное сообщество ответило на вызов C. auris публикацией 35 новых или пересмотренных методов диагностики в период с 2014 по начало 2021 года. Коммерческий сектор также внес изменения в существующие диагностические устройства. Эти диагностические тесты C. auris включают традиционные дифференциальные и селективные культуральные среды, биохимические ассимиляции и быстрые белковые профили, а также независимую от культуры диагностику на основе ДНК.

   Мы представляем обзор этих разработок, особенно тестов с валидационными данными, которые впоследствии были одобрены для общего использования. Мы делимся рабочим процессом, разработанным в нашей лаборатории для обработки более 37 000 образцов C. auris, взятых для мониторинга, и 5000 изолятов C. auris, полученных во время вспышки в столичном регионе Нью-Йорка. В нашем обзоре представлены новые устройства и диагностические подходы, основанные на микрофлюидике, оптике и нанотехнологиях. Передовым лабораториям нужны быстрые, дешевые, стабильные и простые в применении тесты для улучшения диагностики C. auris, эпиднадзора, изоляции пациентов, скрининга при поступлении и контроля окружающей среды.

   Среди неотложных потребностей - иммунохромотографические тесты или аналогичное тесты для предварительной идентификации C. auris. Всем лабораториям пригодятся устройства, позволяющие быстро проводить тестирование на восприимчивость к противогрибковым препаратам, включая выявление мутаций, вызывающих лекарственную устойчивость. Надеемся, что на горизонте появятся мультиплексные панели тестов для синергии тестирования на C. auris с текущим наблюдением за другими инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи. Анализ генома C. auris имеет доказанную роль в расследовании вспышек, и диагностическим лабораториям необходим быстрый доступ к региональным и национальным сетям геномного анализа.

Candida auris, новый патоген

   Клинические лаборатории добились значительного прогресса в идентификации грибковых патогенов после внедрения секвенирования генов рибосомальной РНК и масс-спектрометрии с матричной лазерной десорбцией и ионизацией (MALDI-TOF MS). Эти подходы на основе ДНК и белков расширили возможности многих передовых лабораторий по распознаванию новых патогенов, которые ранее были уделом узкоспециализированных центров передового опыта.

   Этот сценарий прекрасно реализовался, когда Candida auris была признана новым видом грибков в работе Satoh et al. (2009). Авторы изучили один дрожжевой изолят из выделений наружного слухового прохода пожилого пациента одной из городских больниц Токио, используя биохимические тесты и последовательности генов рибосомальной РНК (ITS и D1-D2) для формального определения нового вида C. auris. Примерно в те же сроки Kim et al. (2009) сообщили о 15 изолятах нового вида Candida, который в настоящее время подтвержден как C. auris, из ушных каналов пациентов с хроническим средним отитом в Южной Корее. Эти изоляты были чувствительны к относительно высоким концентрациям амфотерицина В и флуконазола. Последующее исследование из Южной Кореи, проведенное Lee et al. (2011), установило, что C. auris является возбудителем смертельной фунгемии с собственной и приобретенной резистентностью к флуконазолу.

   Эти две группы обратили внимание на неправильную идентификацию C. auris коммерческими системами. Они также подчеркнули ценность секвенирования внутреннего транскрибированного спейсера (ITS) в качестве подтверждающего теста. Группа Теуна Бёкхоута переклассифицировала комплекс видов Candida haemulonii, выделив C. haemulonii, C. haemulonii var. vulnera, Candida pseudohaemulonii, Candida duobushaemulonii и C. auris. Примечательно, что эти исследователи сообщили, что MALDI-TOF MS не уступает ITS-секвенированию для целей идентификации (Cendejas-Bueno et al., 2012). Таким образом, за короткий промежуток времени в 4 года была охарактеризована редкая группа видов грибков с присущей им антифунгальной резистентностью с точки зрения клинического значения, а тест MALDI-TOF MS был рекомендован для быстрой лабораторной идентификации.

Алгоритм диагностики Candida auris

   Колонизация и инфицирование Candida auris среди госпитализированных пациентов и лиц, находящихся на длительном лечении, стали глобальной проблемой, локальные вспышки которой были зарегистрированы в нескольких странах. Возможны несколько лабораторных режимов работы, связанных с выделением возбудителя, быстрой идентификацией, тестированием на восприимчивость и генотипированием. На рисунке 1 представлена концептуальная иллюстрация различий в методах тестирования между слабо оснащенными лабораториями и лабораториями умеренной и высокой оснащенности. Важной задачей для специализированных диагностических микологических лабораторий является поддержка эпиднадзора за C. auris и расследования вспышек.


   Такая услуга доступна в крупных бактериологических лабораториях, но редко требуется для грибковых патогенов. Поэтому было опубликовано множество клинических рекомендаций и руководств для лабораторий, которые работают с C. auris или хотят расширить спектр своих услуг. В США в последних версиях документа CLSI M-54 и Руководства по клинической микробиологии, рекомендованных коллегами для лабораторий диагностической микробиологии, отсутствуют специфические для C. auris рекомендации по выделению и идентификации (Carroll et al., 2019; CLSI, 2021). В начале 2017 года мы разработали алгоритм, который с тех пор регулярно модифицировали, чтобы справиться с беспрецедентным объемом эпиднадзорных и клинических образцов C. auris. Альтернативные лабораторные подходы показаны пунктирными линиями. Мы делимся этой схемой в надежде, что она поможет другим лабораториям модифицировать свои рабочие процессы в соответствии с местными потребностями (рис. 2).




Горизонты диагностики Candida auris.

   Среди коммерческих продуктов, которые, вероятно, скоро появятся, T2MR (T2 магнитный резонанс) - портативная система, которая выявляет кандидемию путем измерения сигналов от ПЦР-амплифицированных кластеров наночастиц Candida в крови непосредственно в течение 3 ч (Neely et al., 2013; Mylonakis et al., 2015). В 2018 году исследователи CDC оценили панель T2Cauris (T2 Biosystems, Lexington, MA, США) с образцами мазков из подмышечной впадины/паховой области и сообщили о 89% чувствительности и 98% специфичности для выявления C. auris (Sexton et al., 2018a;).

   На сайте T2Biosystems® указано, что T2Cauris не разрешен для диагностического тестирования и доступен только для исследовательского использования (RUO). MONODOSE dtec-qPCR C. auris - коммерческий готовый к использованию набор qPCR для выявления патогена (Genetic PCR SolutionsTM, Аликанте, Испания). Производитель завершил валидационное исследование с академическими партнерами в соответствии со стандартом UNE-EN ISO/IEC 17025:2005 (Martinez-Murcia et al., 2018). Исследователи сообщили, что MONODOSE dtec-qPCR C. auris прошел валидацию в двух независимых лабораториях и готов к клинической оценке (Martinez-Murcia et al., 2018). Среди новых систем "образец-ответ" ePlex BCID-FP - это патентная панель тестов на 15 видов Candida, используемая с помощью запатентованной системы ePlex System (GenMark Diagnostics, Inc., Карлсбад, Калифорния, США).

   Мультилабораторная оценка с использованием 3 изолятов C. auris и 49 искусственных образцов крови дала 100% чувствительность и специфичность (Zhang et al., 2020). Другой подход "образец-ответ" на основе олигонуклеотидной функционализированной наносистемы для C. auris достиг 85% чувствительности и 100% специфичности в ограниченном тестировании с 22 образцами крови (Pla et al., 2021). Масс-спектрометрические системы других производителей, кроме Bruker, также доступны и используются в клинических лабораториях. Минимальная оценка с двумя изолятами C. auris показала равную эффективность систем Vitek MS и Autof MS 1000 (Yi et al., 2021).

   Можно с уверенностью сказать, что любой аппарат MALDI-TOF MS обеспечит идентификацию C. auris при условии включения в базу данных достаточно репрезентативных изолятов, охватывающих все известные клады, для обучения алгоритма принятия решения (van Belkum et al., 2017). Также публикуются ограниченные, но многообещающие результаты по обработке образцов и применению машинного обучения для платформ MALDI, что в конечном итоге принесет пользу диагностике C. auris (Muthu et al., 2018; Weis et al., 2020; De Bruyne et al., 2021).

Комментариев: 0
Вам также может быть интересно
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up