Глобальная экспансия линезолид-резистентных коагулазоотрицательных стафилококков (аннотация)Глобальная экспансия линезолид-резистентных коагулазоотрицательных стафилококков
Коагулазоотрицательные стафилококки (CoNS) долгое время считались авирулентными компонентами микробиоты человека и теплокровных животных.
Однако в настоящее время S. epidermidis, S. haemolyticus и S. hominis признаны оппортунистическими патогенами. Хотя линезолид не включен в перечень препаратов для лечения инфекций CoNS, он широко используется не по назначению, что способствует возникновению резистентности. Биоинформационный анализ на основе филогении максимального правдоподобия и байесовской кластеризации геномов CoNS, полученных в ходе настоящего исследования и загруженных из открытых баз данных, выявил существование международных резистентных к линезолиду линий, каждая из которых, вероятно, имела общего предшественника.
Устойчивый к линезолиду S. epidermidis сиквенс-типа (ST) 2 из России, Франции и Германии образовал компактную группу близкородственных геномов с медианным парным различием однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) менее 53 SNP, и общий предок этой линии появился в 1998 (1986-2006) году до внедрения линезолида в практику. Другая компактная группа резистентных к линезолиду S. epidermidis была представлена изолятами ST22 из Франции и России с медианным парным различием SNP 40; общий предок этой линии появился в 2011 году (2008-2013). Линезолидорезистентные S. hominis ST2 из России, Германии и Бразилии также образовали группу с высоким уровнем идентичности генома с медианными различиями 25,5 core-SNP; появление общего родоначальника датируется 2003 годом (1996-2012).
Выделенные в России изоляты S. hominis, резистентные к линезолиду, продемонстрировали ассоциированную устойчивость к тейкопланину. Анализ филогенетического дерева группы подтвердил генетическую близость российских и немецких изолятов; бразильские изоляты были филогенетически далеки. repUS5-подобные плазмиды, несущие cfr, были обнаружены у S. hominis и S. haemolyticus.
CoNS являются частью микробиома человека и частыми контаминантами имплантатов и медицинских устройств. Значение CoNS в будущем, вероятно, будет возрастать по мере расширения использования инвазивных технологий в медицине, что потребует новых подходов к антибиотикотерапии и, возможно, более широкого применения оксазолидинонов. В настоящее время глобальная популяция резистентных к линезолиду CoNS представлена ограниченным числом однородных генетических линий и небольшим количеством неродственных изолятов.
Ведущими механизмами резистентности являются мутации в генах 23S рРНК и рибосомального белка; резистентность, обусловленная продукцией cfr, встречается относительно редко. Географическое распространение резистентности к линезолиду опосредовано как распространением резистентных клонов (LRSE ST22), так и формированием резистентности de novo в близкородственных линиях (LRSE ST2 и S. hominis ST2). Скорость дальнейшего распространения резистентности в будущем, вероятно, будет зависеть от потребления оксазолидинонов; однако практически невозможно предсказать, какой из механизмов резистентности будет доминировать. Полногеномное секвенирование должно стать основным инструментом в наблюдении за распространением устойчивых к линезолиду CoNS.
