Нозокомиальный патоген Acinetobacter baumannii является частой причиной внутрибольничных инфекций, особенно у тяжелобольных пациентов, и вызывает серьезную озабоченность в связи с его потенциалом приобретенной множественной лекарственной устойчивости.
Полногеномное секвенирование (WGS) все чаще используется для получения точной картины взаимоотношений между изолятами, что помогает в борьбе с внутрибольничными инфекциями. В данном исследовании мы провели ретроспективное исследование для выявления эпидемических ситуаций и оценки процента передачи инфекции в отделениях интенсивной терапии. A. baumannii с множественной лекарственной устойчивостью (MDR-AB) постоянно выделялись из нижних дыхательных путей различных пациентов. Мы провели WGS, импульсный гель-электрофорез (PFGE) и анализ мультилокусного последовательного типирования (MLST) для выяснения родства бактерий и сравнения эффективности традиционных методов с WGS для типирования MDR-AB.
С июня 2017 года по август 2018 года штаммы комплекса A. baumannii были обнаружены у 124 из 796 пациентов во время пребывания в отделении интенсивной терапии, 103 из которых были MDR-AB. Затем мы подвергли 70 имеющихся штаммов MDR-AB типированию с помощью WGS, PFGE и MLST. Среди 70 изолятов A. baumannii 38 (54,29%) были выделены при поступлении, а 32 (45,71%) - при внутрибольничном инфицировании. MLST выявил 12 уникальных типов сиквенсов, PFGE выявил 16 различных пульсотипов. В итоге, 38 генотипов и 23 трансмиссии были идентифицированы с помощью WGS. Внутрибольничная передача была основным способом инфицирования MDR-AB в нашем отделении интенсивной терапии.
Более высокая частота передачи инфекции в нашем отделении интенсивной терапии могла быть обусловлена несколькими факторами. Во-первых, основным диагнозом при поступлении в отделение интенсивной терапии была пневмония (44/70, 62,86%). У 27 из этих пациентов были выделены MDR-AB. Во-вторых, собранные образцы также отличались от образцов предыдущих исследований, поскольку диагностика инфекций нижних дыхательных путей была основной целью нашего исследования. В-третьих, хотя количество коек в нашем отделении интенсивной терапии и продолжительность исследования были одинаковыми, продолжительность пребывания в нашем отделении интенсивной терапии была значительно больше, чем в других исследованиях.
Acinetobacter baumannii может выживать в окружающей среде в течение длительного времени и является потенциально трансмиссивным (Marchaim et al., 2007). Контаминированная окружающая среда и оборудование могут служить резервуаром для MDR-AB (Chapartegui-Gonzalez et al., 2018). В нашем исследовании штаммы, принадлежащие к одному генотипу, выделенные от разных пациентов (например, генотип 1 и 5), сохранялись в течение длительного периода времени, причем пациенты не находились в отделении интенсивной терапии в одно и то же время. Это указывает на то, что некоторые случаи передачи инфекции могли произойти косвенно через контаминированную окружающую среду или медицинских работников. Эти данные согласуются с результатами предыдущего исследования, проведенного в нашем отделении интенсивной терапии (Ye et al., 2015).
Классификация патогенов для выяснения эпидемиологии патогенных бактерий и больничных вспышек зависит от методов типирования с более высокой дискриминационной способностью. Используя обычные эпидемиологические данные, наше исследование выявило 32 потенциальных внутрибольничных инфицирования, которые включали 29 клонов из более чем двух изолятов, идентифицированных с помощью PFGE. При включении данных WGS мы сократили число случаев передачи до 23. Наши данные показали, что преимущество WGS заключается в том, что он позволяет устранить различия между близкородственными изолятами (Zarrilli et al., 2013). Поэтому WGS больше подходит для типирования и выявления передачи инфекции между пациентами.
Наши результаты показали, что WGS является дискриминационным методом для эпидемиологических исследований инфекций в здравоохранении. В ближайшем будущем этот метод должен принести большую пользу в выявлении эпидемических ситуаций и контроле случаев передачи.
