Наша кожа является домом для миллионов бактерий, грибков и вирусов, которые вместе образуют дермальную микробиоту.
Эти крошечные гости, колонизирующие самый большой орган человеческого тела, играют важную роль в сдерживании патогенных микроорганизмов и переработке естественных отходов. Мы также знаем, что эта деликатная экосистема микроорганизмов нарушается при кожных патологиях, таких как дерматит и акне. По этой причине в последние годы активизировались усилия по картированию и изучению микробиома кожи человека.
Однако на пути к ответам стоит ряд технических проблем. Например, выращивание кожных бактерий в лабораторных условиях - дело непростое. Обычно эти бактерии выращивают на агаровых средах, чтобы создать колонии, которые затем можно изучать. Проблема в том, что не все виды бактерий, живущих на коже, растут одинаково в таких искусственных условиях, а более медленно растущие виды часто остаются без внимания.
Недавно исследователи обратились к передовым технологиям секвенирования для проведения исследований микробиома кожи. В этом случае загрязняющий генетический материал из клеток кожи и мертвых бактерий может исказить полученную информацию и затруднить получение четких результатов. Новое исследование выявило способ "очистки" образцов для удаления загрязняющей нецелевой ДНК, оставляя только генетический материал живых бактерий, составляющих микробиом.
Ученые из Мюнхенского технического университета разработали метод использования фермента бензоназы для очистки образцов. Бензоназа измельчает генетический материал на крошечные фрагменты. Однако геномы живых бактерий не подвергаются нарезке ферментом на кусочки благодаря их защитным внешним клеточным стенкам. Затем фрагменты могут быть механически разделены перед проведением 16S секвенирования - метода картирования генетического состава интактных бактерий.
Ведущий автор Мартин Кёберле отмечает:
"Выделение живых кожных бактерий с помощью ферментов может помочь нам найти микробные биомаркеры некоторых дерматологических заболеваний, а также выявить бактерии, оказывающие положительное влияние на течение болезни. Возможно, когда-нибудь они будут использоваться в лечении".
