Разработана новая технология изучения функциональности микробиоты с помощью метапротеомики.
Новый метод открывает широкие возможности для изучения микробиоты на новом, функциональном уровне. Предыдущие исследования в основном были направлены на каталогизацию состава микробиоты, но мало что известно о функциональности микробиоты кишечника человека. Белки управляют большинством функций клетки и обеспечивают сложные взаимодействия между клеткой и окружающей средой. Поэтому изучение белков может дать обширную информацию о различных функциях клеток, включая профилирование микробиома кишечника.
Исследовательская группа из Университета Турку (Финляндия) под руководством профессора Лауры Эло разработала новый метод, основанный на масс-спектрометрии, который позволяет проводить обширное изучение белков в сложных образцах микробиоты. Метапротеомика на основе масс-спектрометрии - относительно новая область исследований, позволяющая охарактеризовать функциональность микробиоты.
"До недавнего времени исследования микробиоты были сосредоточены на выявлении того, какие микроорганизмы присутствуют в образце, но анализ функциональности микробиоты был сложной задачей. Однако последние технологические достижения позволили глубже изучить функциональные особенности. Изучение уровня белков в образцах микробиоты - одна из таких развивающихся областей исследований, позволяющая нам достичь более широкого понимания функциональности и динамики микробиоты", - говорит Эло.
В недавно разработанном методе используется новейшая технология масс-спектрометрии и передовые вычислительные методы, которые позволяют значительно улучшить охват и воспроизводимость результатов по сравнению с предыдущими методами. "Новый метод, который мы разработали для анализа сложных белковых данных, дает более надежные результаты, чем предыдущие методы", - говорит Эло. "Используемые в настоящее время методы исследования обычно анализируют только наиболее распространенные белки, что приводит к разбросу результатов от одного анализа к другому. Новый метод анализирует образцы системно и дает надежные результаты без подобных флуктуаций".
Программное обеспечение технологии имеет открытый исходный код и находится в свободном доступе для исследовательского сообщества. "Для нас было чрезвычайно важно, чтобы этот недавно разработанный метод был доступен для всех исследователей в виде простого в использовании приложения. Мы также готовы участвовать в дальнейшем развитии и сопровождении этого инструмента", - отмечает Эло.
