microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Разнородности в эпитопе N-концевого домена белка спайка SARS-CoV-2 нейтрализующего антитела (аннотация)
Разнородности в эпитопе N-концевого домена белка спайка SARS-CoV-2 нейтрализующего антитела (аннотация)

Автор/авторы:
share
72
backnext
Спайковый белок

Цели

SARS-CoV-2 быстро эволюционировал в несколько генетических кластеров. Однако данных о мутациях в ходе инфекции мало. Целью данного исследования является определение разнообразия вирусного генома в серийных образцах больных КОВИД-19.

Методы

Целенаправленное глубокое секвенирование гена спайка проводилось в серийных образцах дыхательных путей больных КОВИД-19 с использованием нанопорного и Illumina секвенирования. Затем выполнялось секвенирование спайка для подтверждения полиморфизма одиночных нуклеотидов.

Результаты

В общей сложности 28 серийных образцов дыхательных путей от 12 пациентов были успешно секвенированы с использованием нанопорного и Illumina секвенирования. У 75-летнего пациента с тяжелым заболеванием во втором образце была мутация G22017T. Частота G22017T увеличилась с ≤5% (нанопор: 3,8%; Illumina: 5%) от первого образца дыхательных путей (мокрота) до ≥60% (нанопор: 67,7%; Illumina: 60,4%) во втором образце (слюна; собранная через 2 дня после 1-го образца). Разница в частоте G22017T также была подтверждена секвенированием Sanger. G22017T соответствует мутации аминокислот W152L в белке шипа, которая была обнаружена только в <0.03% последовательностей, депонированных в общедоступную базу данных. Остаток спайковой аминокислоты 152 находится в N-концевом домене, который опосредует связывание нейтрализующего антитела.

Выводы

Мутация аминокислоты шипа W152L, расположенная в нейтрализующем эпитопе, появилась у пациента естественным образом. Наше исследование показало, что мониторинг серийных образцов важен для выявления очагов мутаций, особенно тех, которые происходят при нейтрализации эпитопов, что может повлиять на терапевтическую эффективность моноклональных антител.

Оригинальная статья: https://www.clinicalmicrobiolo...

Источник:Clin Microbiol Infect., October 31, 2020
Комментариев: 0
Вам также может быть интересно
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up