Цели
SARS-CoV-2 быстро эволюционировал в несколько генетических кластеров. Однако данных о мутациях в ходе инфекции мало. Целью данного исследования является определение разнообразия вирусного генома в серийных образцах больных КОВИД-19.
Методы
Целенаправленное глубокое секвенирование гена спайка проводилось в серийных образцах дыхательных путей больных КОВИД-19 с использованием нанопорного и Illumina секвенирования. Затем выполнялось секвенирование спайка для подтверждения полиморфизма одиночных нуклеотидов.
Результаты
В общей сложности 28 серийных образцов дыхательных путей от 12 пациентов были успешно секвенированы с использованием нанопорного и Illumina секвенирования. У 75-летнего пациента с тяжелым заболеванием во втором образце была мутация G22017T. Частота G22017T увеличилась с ≤5% (нанопор: 3,8%; Illumina: 5%) от первого образца дыхательных путей (мокрота) до ≥60% (нанопор: 67,7%; Illumina: 60,4%) во втором образце (слюна; собранная через 2 дня после 1-го образца). Разница в частоте G22017T также была подтверждена секвенированием Sanger. G22017T соответствует мутации аминокислот W152L в белке шипа, которая была обнаружена только в <0.03% последовательностей, депонированных в общедоступную базу данных. Остаток спайковой аминокислоты 152 находится в N-концевом домене, который опосредует связывание нейтрализующего антитела.
Выводы
Мутация аминокислоты шипа W152L, расположенная в нейтрализующем эпитопе, появилась у пациента естественным образом. Наше исследование показало, что мониторинг серийных образцов важен для выявления очагов мутаций, особенно тех, которые происходят при нейтрализации эпитопов, что может повлиять на терапевтическую эффективность моноклональных антител.
Оригинальная статья: https://www.clinicalmicrobiolo...
