microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Стандартные ректальные мазки как суррогатный метод для мониторинга микробиома кишечника в интенсивной терапии (аннотация)
Стандартные ректальные мазки как суррогатный метод для мониторинга микробиома кишечника в интенсивной терапии

Автор/авторы:
share
47
backnext
Рис.: serestherapeutics.com

Микробиом кишечника вызывает большой интерес, и его роль в здоровье и болезни человека хорошо описана. 

   Нарушение микробиома кишечника под воздействием антибиотиков повышает риск инфекции и эволюции бактерий с множественной лекарственной резистентностью (MDR). Бактерии с MDR являются известным следствием антимикробной терапии и распространены при инфекциях, связанных с оказанием медицинской помощи, особенно у тяжелобольных пациентов. Использование анализа микробиома кишечника для оценки действия антибиотиков и помощи в выборе антибиотиков является перспективным, но еще не получило широкого распространения.

   Одна из проблем забора образцов кала для исследования микробиома во время госпитализации заключается в том, что пациенты зачастую редко опорожняют кишечник, особенно тяжелобольные пациенты, где до 70% пациентов могут страдать запорами и, следовательно, не могут предоставить кал для анализа. Ректальные мазки могут быть альтернативным решением для исследования микробиома у таких пациентов. Однако о надежности использования ректальных образцов поступают противоречивые сообщения. Fair et al., например, описали некоторые ограничения в использовании ректальных мазков от тяжелобольных пациентов при использовании целевого секвенирования 16S рРНК, хотя ректальные мазки и образцы стула не могли быть собраны одновременно.

   Хотя для исследования микробиома кишечника были описаны мазки со специальными транспортными средами, они не получили широкого распространения и не доступны в повседневной практике, поэтому могут привнести дополнительный трудоемкий процесс или затраты в медицинскую практику. В данном исследовании оценивалось, подойдут ли стандартные сухие ватные тампоны, уже используемые в больницах для микробиологических исследований, в качестве альтернативы сбору кала для оценки влияния антибиотиков на микробиом кишечника.

   В данном исследовании одновременно были взяты образцы кала и ректальные мазки у госпитализированных пациентов для оценки влияния техники отбора проб на микробное разнообразие и наблюдения за влиянием антибиотиков на микробиом кишечника с использованием метагеномного подхода, а также для создания методологии для постоянного использования на практике. Целью исследования было выяснить, можно ли оценить влияние антибиотикотерапии на микробиом кишечника с помощью ректальных мазков, и будут ли результаты сопоставимы с результатами, полученными при отборе проб кала.

   В первую очередь исследование использовалось для наблюдения за микробным разнообразием образцов, собранных двумя методами, и за тем, влияют ли на изменения микробного разнообразия, связанные с воздействием антибиотиков или в разные временные точки у пациентов с несколькими заборами, методы отбора проб. Вторичные цели включали оценку и описание изменений относительной численности в метагеноме ключевых организмов, связанных с эффектом антибиотиков, Enterobacterales, Clostridioides difficile, Pseudomonas spp., Acinetobacter spp., Candida spp, и организмы, считающиеся анаэробными (Bacteroidales, Bifidobacteriales, Clostridiales и Fusobacteriales); а также обнаруживаемые в метагеноме кишечника гены резистентности грамотрицательных бактерий, включая гены β-лактамаз расширенного спектра (ESBL) и карбапенемаз.

   В то время как большинство других исследований оценивали полезность ректальных мазков для исследования микробиома кишечника с помощью секвенирования генов 16S рРНК или фокусировались только на составе микробного сообщества, мы использовали метагеномику с секвенированием всего генома (WGSM) не только для определения состава организмов, но и для сравнения обнаружения генов резистентности с помощью образцов кала и ректальных мазков, что позволит использовать WGSM ректальных мазков для изучения влияния антибиотиков на микробиом кишечника у пациентов отделения интенсивной терапии.

Результаты

   Не было отмечено существенной разницы в общем разнообразии между образцами кала и ректальными мазками, и не было продемонстрировано, что метод отбора проб предсказывает вариативность микробного сообщества. В мазках присутствовало больше ДНК человека, а некоторые различия наблюдались только для некоторых анаэробов и бактерий, также связанных с кожей и/или женской мочеполовой системой, что, возможно, отражает место или технику отбора проб. Антибиотики и сбор материала в разное время поступления были признаны существенными факторами, влияющими на изменение состава микробного сообщества. Обнаружение генов резистентности к антибиотикам между ректальными мазками и образцами кала в целом существенно не отличалось, хотя были выявлены некоторые различия, которые могут быть связаны с количеством считываний человеческих сиквенсов в образце.

Заключение

   Мы продемонстрировали, что сбор ректальных мазков с помощью стандартных сухих ватных тампонов может быть использован для оценки микробиома кишечника с целью наблюдения разнообразия и ключевых организмов, выбранных в нашем исследовании для мониторинга влияния антибиотиков на микробиом кишечника, если нет возможности отбора проб кала. Однако при оценке изменений между образцами, собранными в разные временные точки у одного человека, следует проявлять осторожность при интерпретации организмов с низкой численностью, а анализ должен быть направлен на таксономический уровень или использовать специфические маркерные гены, такие как гены токсинов, чтобы помочь в интерпретации изменений. Сравнение генов резистентности к антибиотикам между типами образцов должно проводиться с осторожностью, и для наблюдения за антимикробным воздействием может потребоваться количественная оценка обнаруженных генов. Демонстрация использования существующих методов отбора проб в стационарах для тестирования микробиома кишечника, как мы надеемся, подготовит почву для внедрения тестирования микробиома кишечника в практику для помощи в выборе антибиотиков.

Комментариев: 0
Вам также может быть интересно
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up