Возникновение и распространение линии SARS-CoV-2 AY.122 в России (аннотация)
Более 90% случаев заражения штаммом коронавируса «дельта» в России летом-осенью 2021 года пришлось на один вариант – AY.122, следовательно, подавляющая часть случаев инфицирования штаммом «Дельта» произошла из одного источника.
К такому выводу пришла группа ученых из Сколковского института науки и технологий, Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН, НИИ им. А.А. Смородинцева, НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи, ЦНИИ эпидемиологии и НИУ «Высшая школа экономики». Препринт их исследования опубликован на портале MedRxiv.
Дельта превзошла большинство ранее существовавших вариантов SARS-CoV-2, став глобально преобладающей линией к середине 2021 года. Ее последующая эволюция привела к появлению многочисленных сублиний, многие из которых значительно перемешались между странами.
Цель данной работы - изучить возникновение и распространение линии Дельта в России.
Методы. Мы использовали филогеографический подход, чтобы определить импорт сублиний Дельты в Россию, и филодинамические модели для оценки скорости их распространения.
Результаты. Мы показали, что почти вся эпидемия Дельты в России, вероятно, произошла от одного события импорта, несмотря на генетические доказательства множественного импорта Дельты. Действительно, более 90% образцов Дельты в России характеризуются парой мутаций nsp2:K81N+ORF7a:P45L, которая редко встречается за пределами России, что относит их к сублинии AY.122. Линия AY.122 была часто встречающейся в России среди образцов Дельты с самого начала, и ее частота не увеличивалась в других странах, где она наблюдалась, что позволяет предположить, что ее высокая распространенность в России, вероятно, является результатом эффекта случайного основателя.
Заключение. Разнородность генетического состава эпидемии Дельта в России делает Россию несколько необычной, хотя и не исключительной, по сравнению с другими странами.
«Более 90% случаев «дельты» в России, похоже, потомки одного-единственного вируса, завезенного сюда весной. Если вы заразились Ковидом в России этим летом или осенью, почти наверняка вы болели именно этим вариантом [штамма], так называемым AY.122. Другие варианты «дельты» завозились в Россию и немного раньше, и позже. Почему распространился именно AY.122? У нас нет оснований считать, что он чем-то отличается от другой «дельты» по своим свойствам. По-видимому, дело в эффекте основателя. <...> В марте-апреле завозы «дельты» еще были немногочисленными, и лишь одному из привезенных вариантов «повезло» сильно размножиться»,
– написал на своей странице в Facebook профессор Сколтеха Георгий Базыкин, являющийся одним из авторов исследования.
