Задачи
Основной целью данного исследования было точное выявление резистентности к азолам у видов комплекса Aspergillus fumigatus с помощью MALDI-TOF MS.
Методы
Идентификация изолятов (n=868) проводилась с помощью MALDI-TOF MS с использованием коммерческих и собственных библиотек. Для определения чувствительности к азолам применялся метод EUCAST E.Def. 9.3.2 в качестве золотого стандарта. Идентификация резистентных изолятов была подтверждена анализом сиквенса ДНК. Белковые спектры, полученные с помощью MALDI-TOF MS, анализировались для дифференциации видов в комплексе A. fumigatus и выявления резистентных к азолам изолятов A. fumigatus sensu stricto.
Результаты
Корректная дискриминация A. fumigatus sensu stricto от криптических видов была достигнута в 100% случаев при использовании анализа главных компонент (PCA) для спектров белков, полученных с помощью MALDI-TOF MS. Более того, было обнаружено, что специфический пик (4 586 м/ц) присутствует только у криптических видов. Применение частичного дискриминантного анализа методом наименьших квадратов (Partial Least Squares Discriminant Analysis) позволило на 98,43% (±0,038) различить восприимчивые и резистентные к азолам изоляты A. fumigatus sensu stricto. Наконец, на основе PLS и SVM изоляты A. fumigatus sensu stricto с различными мутациями гена cyp51A были правильно кластеризованы в 91,5% случаев.
Выводы
MALDI-TOF MS в сочетании с анализом пиков является новым инструментом, позволяющим дифференцировать A. fumigatus sensu stricto от других видов в составе комплекса A. fumigatus, а также выявлять резистентный к азолам A. fumigatus sensu stricto.
Хотя дальнейшие исследования все еще необходимы, представленные здесь результаты показывают большой потенциал MALDI-TOF и машинного обучения для быстрого выявления азолоустойчивых изолятов Aspergillus fumigatus клинического происхождения.
