microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Новости

Международные новости
Аннотация
Обнаружение антимикробных пептидов в глобальном микробиоме с помощью машинного обучения (аннотация)
#новые антимикробные препараты #машинное обучение #глобальный микробиом #антимикробные пептиды
Недавно были разработаны вычислительные подходы для ускорения поиска новых антибиотиков, включая антимикробные пептиды (АМП).    Помимо этого были даже разработаны методы анализа протеома для выявления антимикробных агентов в вымерших организмах в попытке расширить репертуар известных антимикробных средств. АМП, встречающиеся во всех областях жизни, представляют собой короткие последовательности (операционально определяемые здесь как 10-100 аминокислотных остатков), способные нарушать рост микроорганизмов. Чаще всего АМП нарушают целостность клеточной стенки и вызывают лизис клеток. Природные АМП могут возникать путем протеолиза, путем нерибосомального синтеза, или, как мы рассматриваем в настоящем исследовании, они могут быть закодированы в геноме.    В естественной среде обитания бактерии живут в сложном балансе антагонизма и мутуализма. АМП играют важную роль в регулировании таких микробных взаимодействий и могут вытеснять штаммы-конкуренты. Например, такие патогены, как Shigella spp., Staphylococcus spp., Vibrio cholerae, и Listeria spp. производят АМП, которые устраняют конкурентов (иногда одного с ними вида), занимая их нишу.    АМП перспективны как потенциальные терапевтические средства и уже используются в клинических целях в качестве противовирусных препаратов (например, энфувиртид и телапревир). АМП, проявляющие иммуномодулирующие свойства, в настоящее время проходят клинические испытания, как и пептиды, которые могут быть использованы для борьбы с дрожжевыми и бактериальными инфекциями (например, пексиганан, LL-37 и PAC-113). Хотя большинство АМП проявляют активность широкого спектра действия, некоторые из них активны только против близкородственных представителей одного вида или рода. Такие АМП являются более целевыми агентами, чем обычные антибиотики широкого спектра действия. Кроме того, в отличие от обычных антибиотиков, эволюция резистентности ко многим АМП происходит с низкой скоростью и не связана с перекрестной резистентностью к другим классам широко используемых антибиотиков.    Применение метагеномных методов анализа для изучения АМП не было широко применимо из-за технических ограничений, в первую очередь связанных с необходимостью отличать настоящие белок-кодирующие последовательности от ложноположительных. Поэтому значение малых открытых рамок считывания (smORFs) исторически не учитывалось в (мета)геномных анализах. В последние годы был достигнут значительный прогресс в метагеномном анализе smORFs, связанных с человеком. Эти достижения включают методы машинного обучения (MО) для идентификации smORFs, кодирующих белки, принадлежащие к определенным функциональным категориям. Примечательно, что в недавнем исследовании предсказанные smORFs были использованы для обнаружения около 2000 АМП из метагеномных образцов микробиомов кишечника человека. Тем не менее, важно отметить, что кишечник человека представляет собой лишь часть общего микробного разнообразия, что предполагает огромный потенциал для обнаружения АМП из прокариот в различных средах обитания по всему миру.    В этом исследовании мы использовали MО для предсказания и каталогизации АМП из глобального микробиома, представленного в настоящее время в публичных базах данных. Изучив с помощью компьютерных вычислений 63 410 общедоступных метагеномов и 87 920 высококачественных микробных геномов , мы обнаружили огромное разнообразие АМП. Это привело к созданию AMPSphere - коллекции из 863 498 нередуцированных пептидных последовательностей, включающих кандидатные АМП (c_AMPs), полученные из (мета)геномных данных. Примечательно, что большинство из этих последовательностей c_AMP не были описаны ранее. Наш анализ показал, что эти c_AMPs были специфичны для определенных мест обитания и преимущественно не являлись основными генами пангенома.    Более того, мы синтезировали 100 c_AMP из AMPSphere и обнаружили, что 79 из них активны, причем 63 проявляют антимикробную активность in vitro против клинически значимых патогенов ESKAPEE, которые признаны проблемой общественного здравоохранения. Эти пептиды далее сравнивались с закодированными пептидами, которые был найдены вычислительным путем, и продемонстрировали их способность воздействовать на бактериальные мембраны. Примечательно, что ведущие кандидаты продемонстрировали многообещающую антиинфекционную активность в доклинической модели на животных.     В целом наша работа демонстрирует способность подходов MО идентифицировать функциональные АМП из глобального микробиома. Наш подход позволил выявить около миллиона прокариотических AMП-последовательностей и является ценным ресурсом для поиска антибиотиков.
Борьба с пищевыми патогенами с помощью природных антимикробных средств
#бактериоцины #эфирные масла #природные антимикробные вещества #пищевые патогены #микроорганизмы порчи
Ежегодно примерно каждый десятый человек становится жертвой заболеваний пищевого происхождения в результате употребления пищи, зараженной вредными микроорганизмами или химическими веществами.     Заражение может происходить на разных этапах приготовления пищи - при обработке, хранении, распределении и/или транспортировке - и является серьезной угрозой для здоровья населения и экономики. Поэтому сохранение продуктов питания важно для обеспечения их безопасности и сокращения потерь.    В настоящее время пищевая промышленность начала изучать природные альтернативы для сохранения продуктов питания, чтобы снизить зависимость от химических консервантов, некоторые из которых связаны с ожирением и метаболическим синдромом. В частности, природные антимикробные вещества, вырабатываемые растениями и микроорганизмами, такими как бактерии и грибки, могут уничтожать патогенные микроорганизмы, передающиеся с пищей, такие как Salmonella Typhimurium, Escherichia coli, Listeria monocytogenes и Clostridium botulinum. Они также могут воздействовать на бактерии, вызывающие порчу пищевых продуктов, включая Brochothrix thermosphacta, Lactobacillus spp., Bacillus spp. и Weissella spp. и другие. Патогенные микроорганизмы и микробы, вызывающие порчу пищевых продуктов, представляют серьезную угрозу для здоровья потребителей и ухудшают внешний вид, текстуру и сенсорные характеристики продуктов питания, что негативно сказывается как на пищевой промышленности, так и на потребителях.    Такие травы, как орегано, тимьян и розмарин, являются не только отличными ароматизаторами, но и обладают огромным антимикробным потенциалом в отношении патогенных микроорганизмов. Растения производят ароматические и летучие жидкости, называемые эфирными маслами, которые обладают широким спектром антимикробной активности в отношении как грамположительных, так и грамотрицательных патогенов. Эфирные масла - важный арсенал защиты растений от болезнетворных бактерий, грибков и насекомых, и пищевая промышленность использует эти преимущества для борьбы с патогенами, передающимися через продукты питания.    Антимикробные свойства эфирных масел в основном объясняются наличием в них фенольных соединений, таких как карвакрол, тимол и эвгенол. Механизм действия этих антимикробных соединений до конца не изучен, но есть основания полагать, что они могут делать мембрану бактериальной клетки проницаемой, высвобождать внутриклеточное содержимое или нарушать функции мембраны, взаимодействуя с белками бактериальной мембраны.    Эфирные масла различных трав и специй, включая орегано, тимьян, гвоздику, розмарин и куркуму, не только обладают антимикробной активностью, но и безопасны для употребления человеком. Их антимикробная активность в отношении патогенных микроорганизмов или бактерий, вызывающих порчу пищевых продуктов, зависит от ряда факторов, включая концентрацию и способ извлечения, а также рН и температуру пищи. В исследовании 2019 года ученые показали, что низкая доза эфирного масла древесного чая (1,5% по весу) ингибирует рост L. monocytogenes в говяжьем фарше. Другое исследование того же года показало, что эфирное масло чеснока подавляет рост грибков Aspergillus niger и Aspergillus flavus в плодах сливы.    Подобно тому как эфирные масла помогают растениям бороться с патогенами, некоторые бактерии производят малые пептиды с антимикробными свойствами против близкородственных бактерий, что становится выгодным при конкуренции за ресурсы в общей среде обитания. Эти пептиды называются бактериоцинами и помогают бактериям занять свою нишу в экосистеме. Бактериоцины считаются безопасными для человека, поскольку они легко разлагаются ферментами в желудочно-кишечном тракте человека. Многие из них вырабатываются бактериями, относящимися к группе молочнокислых бактерий (LAB). Они могут быть использованы для сохранения пищевых продуктов различными способами - например, в виде очищенных веществ или путем добавления бактерий, продуцирующих бактериоцины, непосредственно в пищу.    Одним из наиболее хорошо изученных бактериоцинов является низин - антимикробный пептид, вырабатываемый видами Lactococcus и Streptococcus. Низин подавляет рост бактерий, образуя поры в клеточных мембранах и блокируя синтез клеточной стенки. Он используется во многих продуктах питания, включая молочные, мясные продукты и соки, как самостоятельно, так и в сочетании с другими биоконсервантами. Например, низин используется в сыроделии для контроля роста Clostridium spp. и в мясной промышленности для снижения уровня L. monocytogenes. Однако для получения разрешения регулирующих органов необходимо провести дополнительные исследования и клинические испытания на иммуногенность и токсичность других бактериоцинов.    Хотя идея использования эфирных масел, добываемых из трав и специй, и бактериоцинов из LAB в теории звучит прекрасно, несколько факторов ограничивают ее практическое применение. Например, интенсивный запах (и вкус) эфирных масел в продуктах питания может понравиться не всем. Кроме того, как эфирные масла, так и бактериоцины отличаются плохой растворимостью и стабильностью, что снижает их эффективность.    В настоящее время изучаются технологии, позволяющие преодолеть эти ограничения. Одна из возможностей заключается в доставке этих антимикробных источников путем их инкапсуляции в наночастицы, которые позволяют им оставаться стабильными в пищевых продуктах при различных pH и температурах. Такая система обеспечивает медленное и постепенное высвобождение антимикробных веществ, что позволяет сохранять продукты питания в течение длительного времени. Это особенно полезно для контролируемого применения эфирных масел, которые в противном случае могут изменить сенсорные свойства пищи.    Ученые исследуют несколько биополимеров (например, хитозан, декстран, крахмал и альгинат), которые нетоксичны и экологичны, чтобы инкапсулировать эфирные масла и бактериоцины, и получают многообещающие результаты. Например, наноэмульсии эфирного масла гвоздики в хитозане продемонстрировали улучшенную противогрибковую активность против A. niger, а инкапсулирование низина в альгинат/устойчивый крахмал повысило его эффективность в борьбе с ростом Clostridium в сыре чеддер по сравнению с обработкой только низином.    Если вы когда-нибудь собирали фрукты в саду, то легко заметите разницу между фруктами, растущими на деревьях, и теми, что продаются в продуктовом магазине. Часто последние обрабатываются пищевым воском или съедобными пленками, которые придают фруктам глянцевый вид. В состав воска могут входить химические вещества или натуральные источники, которые защищают продукты от влаги и порчи.    Включение активных ингредиентов, таких как антимикробные препараты, в упаковку продуктов питания позволяет достичь двух целей одним разом - подавить рост микробов, вызывающих порчу, и продлить срок хранения свежих продуктов. Например, эфирные масла орегано и/или тимьяна в пленке из изолята соевого белка снижают популяции Pseudomonas spp. и колиформных в свежих говяжьих котлетах, а покрытие из хитозана в сочетании с низином и синтетическим поверхностно-активным средством лауриновым аргинатом снижает рост L. monocytogenes в нарезанном деликатесном мясе индейки.    В июне 2022 года ученые разработали недорогую и высокопроизводительную систему упаковки продуктов питания, которая обматывает их антимикробными волокнами, как паутиной. В качестве основы волокна в системе используется пуллулан - полисахарид природного происхождения, который смешивается с натуральными противомикробными препаратами, такими как низин, лимонная кислота и масло тимьяна. Используя эту систему, ученые показали, что авокадо, обернутые антимикробными волокнами пуллулана, имеют более длительный срок хранения, лучше удерживают влагу и содержат меньше естественной микрофлоры, по сравнению с авокадо без покрытия. Обертка является биоразлагаемой и легко смывается, что делает ее перспективным методом упаковки скоропортящихся продуктов.    При внедрении любого противомикробного препарата необходимо решать вопросы, связанные с появлением резистентных патогенов. Нам мало что известно о развитии резистентности к противомикробным препаратам у патогенных микроорганизмов пищевого происхождения или микробов, вызывающих порчу, при использовании эфирных масел и бактериоцинов в качестве пищевых консервантов.    Однако есть несколько лабораторных исследований, которые показывают, почему некоторые бактерии становятся резистентными к определенным типам бактериоцинов или эфирных масел. Например, вспышка эпидемии S. enterica в 2007 году в США была связана со свежими листьями базилика. Листья базилика богаты фенольными соединениями, обладающими антимикробной активностью, поэтому это стало неожиданностью. Исследования в лаборатории показали, что S. enterica смогла выработать устойчивость к активному ингредиенту линалоолу, содержащемуся в базилике. Другие исследования показали, что некоторые штаммы бактерий B. subtilis и L. monocytogenes, устойчивые к низину, имеют более высокий уровень АВС-транспортеров, которые изгоняют низин из мембраны и делают бактерии невосприимчивыми.    Очень важно понять механизм резистентности, чтобы свести к минимуму появление резистентности в долгосрочной перспективе. Изучение этих механизмов может открыть возможные пути химического синтеза производных природных противомикробных препаратов и/или использования комбинации противомикробных препаратов для преодоления резистентности.    По мере роста спроса на свежие продукты среди потребителей, заботящихся о своем здоровье, растет и потребность в предотвращении их порчи патогенными микробами. Природные антимикробные препараты являются более безопасной альтернативой химическим консервантам для сохранения продуктов питания. Однако необходимо решить некоторые проблемы.    Одна из главных проблем - определение концентрации природных антимикробных средств в продуктах питания. Многие исследования, посвященные влиянию эфирных масел и бактериоцинов на патогенные микробы, проводятся in vitro на отдельных видах бактерий. Однако они плохо воспроизводятся при добавлении этих противомикробных препаратов в пищевые продукты, предположительно из-за сложных взаимодействий между противомикробными препаратами, химической структурой пищи и окружающей средой. Часто в пищевых продуктах требуется более высокая концентрация противомикробного препарата по сравнению с исследованиями in vitro, и регулирующим органам необходимо обеспечить, чтобы эти концентрации оставались безопасными для здоровья человека.    Методы применения и доставки противомикробных препаратов также должны быть оптимизированы для различных продуктов питания и различных видов патогенов, не нарушая при этом сенсорных характеристик продуктов. Некоторые потенциальные решения - это доставка натуральных антимикробных препаратов в нанокапсулах и экологически чистых покрытиях, а также тестирование синергетической эффективности комбинации антимикробных препаратов.    Самое главное, что пищевая промышленность и регулирующие органы несут моральную ответственность за активное и прозрачное вовлечение потребителей в этот процесс. Необходимы дополнительные исследования, чтобы убедиться, что эти системы сохраняют химические, биологические и сенсорные свойства продуктов питания, не вызывая при этом вредных побочных эффектов для здоровья потребителей.
Картинка 1
Гигантские вирусы, обнаруженные на ледяном щите Гренландии, могут уменьшить таяние льда
#ледниковый лед #ледниковые среды #гигантские вирусы
Картинка 1
Амикацин безопасен и улучшает респираторные симптомы при легочных заболеваниях, вызванных M. avium complex
#микобактериозы #антимикробная терапия #амикацин #mycobacterium avium complex
Картинка 1
Новый пероральный нуклеозидный препарат эффективен против SARS-CoV-2 и других эндемических, эпидемических и энзоотичных коронавирусов
#противовирусная терапия #пандемия #комбинированная противовирусная терапия #вирусы с пандемическим потенциалом
Картинка 1
Аннотация
Защитная роль комменсальных микробов кишечника и их метаболитов против бактериальных патогенов (аннотация)
#трансплантация фекальной микробиоты #микробные метаболиты #антимикробные метаболиты #mdr #новые антимикробные препараты #кишечный микробиом #антимикробные пептиды #антибиотикорезистентность #eskape патогены
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up