Новое исследование показывает, что вирус играет в "прятки" с иммунной системой.
У людей, страдающих от COVID-19, может быть несколько различных вариантов SARS-CoV-2, скрытых от иммунной системы в разных частях тела, показало новое исследование, опубликованное в журнале Nature Communications международной исследовательской группой. Авторы исследования утверждают, что это может значительно затруднить полное удаление вируса из организма инфицированного человека с помощью его собственных антител или терапевтического лечения антителами.
В новом исследовании, включающем два параллельных исследования, опубликованных в журнале Nature Communications, международная группа ученых показала, как вирус может развиваться в различных типах клеток и адаптировать свой иммунитет в одном и том же инфицированном хозяине. Исследователи стремилась изучить функцию специального кармана в белке шипа SARS-CoV-2 в инфекционном цикле вируса. Этот карман, обнаруженный учеными в ходе более раннего исследования, играет существенную роль в вирусной инфекционности.
"Непрекращающаяся череда вариантов к настоящему времени полностью вытеснила оригинальный вирус, причем Омикрон и Омикрон-2 доминируют во всем мире", - говорит руководитель исследования профессор Имре Бергер. "Мы проанализировали ранний вариант, обнаруженный в Бристоле, - BrisDelta. Он изменил свою форму по сравнению с оригинальным вирусом, но карман, который мы обнаружили, остался неизменным". Интригует то, что BrisDelta представлен в виде небольшой субпопуляции в образцах, взятых у пациентов, но, похоже, заражает определенные типы клеток лучше, чем вирус, который доминировал в первой волне инфекций.
"Наши результаты показали, что в организме человека может существовать несколько различных вариантов вируса", - объясняет Бергер. "Некоторые из этих вариантов могут использовать клетки почек или селезенки в качестве ниши для укрытия, пока организм занят защитой от доминирующего типа вируса. Это может затруднить полное избавление инфицированных пациентов от SARS-CoV-2".
Ученые применили передовые методы синтетической биологии, современную визуализацию и облачные вычисления для расшифровки действующих вирусных механизмов. Чтобы понять функцию кармана, ученые создали in vitro синтетические вирионы SARS-CoV-2, которые имитируют вирус, но имеют важное преимущество - они безопасны, поскольку не реплицируются в клетках человека.
Используя эти искусственные вирионы, они смогли изучить точный механизм работы кармана и продемонстрировали, что при связывании жирных кислот белок спайка меняет свою форму. Этот механизм изменения формы эффективно скрывает вирус от иммунной системы.
"Благодаря "пригибанию" белка спайка при связывании жирных кислот, вирус становится менее заметным для иммунной системы. Это может быть механизмом, позволяющим избежать обнаружения хозяином и сильного иммунного ответа в течение длительного периода времени и повысить общую эффективность инфекции", - объясняет Бергер.
"Похоже, что этот карман, специально созданный для распознавания жирных кислот, дает SARS-CoV-2 преимущество в организме инфицированных людей, позволяя ему так быстро размножаться. Это может объяснить, почему он присутствует во всех вариантах, включая Омикрон", - добавляет Бергер. "Интригующе, но эта же особенность также дает нам уникальную возможность победить вирус, именно потому, что она настолько консервативна - с помощью специально разработанной противовирусной молекулы, которая блокирует этот карман".
Компания Halo Therapeutics, недавно основанная авторами исследования, использует именно такой подход для разработки связывающих карман панкоронавирусных противовирусных препаратов.
