Интересные микробиологические случаи: противоречивые результаты генотипических и фенотипических тестовИнтересные микробиологические случаи: противоречивые результаты генотипических и фенотипических тестов
Случай 1.
Мужчина 51 года с диабетом, гипертонией, ишемической болезнью сердца, язвой желудка, хронической болезнью почек поступил с эпигастральной болью, тошнотой и рвотой. Его лихорадило и наблюдалась тахикардия. Компьютерная томография показала восходящий/поперечный колит и желчнокаменную болезнь. В культурах крови были обнаружены грамотрицательные палочки; панель молекулярного тестирования Biofire BCIDv2 выявила Enterobacter cloacae без генотипических маркеров резистентности.
Фенотипический анализ на чувствительность к противомикробным препаратам (AST), проведенный с помощью анализатора Microscan Walkaway, выявил резистентность к эртапенему, но чувствительность к меропенему. Кроме того, изолят был резистентен к цефалоспоринам 3-го поколения, фторхинолонам и промежуточно резистентен к тетрациклинам. Идентификация была подтверждена с помощью MALDI-TOF MS. Изолят был подвергнут тестированию с помощью диска с меропенемом для отбора на резистентность к карбапенемам для дальнейшего подтверждающего тестирования. Тест Cepheid Carba-R был проведен на мазке изолята, растущего рядом с диском с карбапенемом, в результате чего карбапенемазы обнаружены не были. Результаты Е-тестов с меропенемом и эртапенемом соответствовали первоначальному фенотипическому результату. На фото ниже представлены фенотипические результаты.
Результаты фенотипического тестирования (Е-тест) на меропенем (слева) и эртапенем (справа) изолята Enterobacter cloacae. Результаты Е-теста соответствовали первоначальным фенотипическим результатам, которые также идентифицировали изолят как чувствительный к меропенему и резистентный к эртапенему. (Фото: Gizachew Demessie, Lead Tech, George Washington Hospital).
Случай 2.
80-летняя женщина перенесла операцию на поджелудочной железе. Из раны в операционной была взята культура, в которой выросли Streptococcus anginosus и Enterobacter cloacae complex. Фенотипический AST для E. cloacae выявил чувствительность к эртапенему, но резистентность к меропенему. Изолят был панчувствителен к другим классам препаратов. Как и в случае 1, идентификация была подтверждена с помощью MALDI-TOF MS, и изолят был субкультивирован с применением селективного давления. Молекулярный тест Cepheid Carba-R не выявил карбапенемазы. Однако при повторном фенотипическом тесте и эртапенем, и меропенем оказались чувствительными. Наше исследование позволило избежать сообщения о неверном результате фенотипического AST.
Обсуждение
При тестировании чувствительности к противомикробным препаратам могут возникать расхождения между генотипом и фенотипом. Например, ген резистентности к противомикробным препаратам (AMR) может быть обнаружен в фенотипически чувствительном изоляте или ген AMR может не быть обнаружен в фенотипически резистентном изоляте. Такие противоречивые результаты должны быть проанализированы, чтобы использовать соответствующую антимикробную терапию для этих пациентов. Это приводит нас к важному вопросу: "Что могут сделать лаборатории для разрешения этих расхождений?".
Первый шаг в выявлении расхождений требует обучения и подготовки сотрудников лаборатории, чтобы они были бдительны в поиске необычных моделей чувствительности (по результатам в рамках класса препаратов, а также по общему профилю AST). Далее необходимо проверить, была ли выделена чистая культура; если нет, каждый отдельный изолят должен быть выделен, идентифицирован и повторно протестирован как генотипическими, так и фенотипическими методами.
Следует отметить, что выделение бактерий под селективным давлением антибиотиков (например, выращивание изолята на чашке с диском антибиотика) может повысить вероятность обнаружения резистентности. Альтернативные методы (например, CarbaNP, mCIM и т.д.) могут быть рассмотрены в случае поиска специфических механизмов резистентности. Настоятельно рекомендуется тщательная проверка на наличие регистрационных, расшифровочных ошибок и контаминации оборудования, особенно при наличии последовательного паттерна обнаружения конкретной молекулярной мишени. Поэтому лаборатории следует поддерживать постоянную связь с производителем тестов на случай возникновения проблем с партией или партиями реагентов.
Хотя экспрессные генотипические панели, как правило, включают наиболее распространенные механизмы AMR, существуют и другие механизмы резистентности, не включенные в панели. Для грамотрицательных бактерий обычно не включаются такие механизмы AMR, как бета-лактамазы AmpC, мутации порина, эффлюксные насосы и редкие карбапенемазы, такие как GES, IMI и SME. Кроме того, хотя ген blaCTX-M используется в качестве маркера бета-лактамаз расширенного спектра действия (ESBL), различные варианты ESBL наделяют цефалоспорины (например, 3-го и 4-го поколения) различными фенотипами. Гетерорезистентная субпопуляция, снижение или отсутствие экспрессии гена AMR также могут быть потенциальными объяснениями.
Если расхождение не устранено, рекомендуется сообщать об изоляте как о резистентном. Если сообщается о расхождении генотипических и фенотипических результатов, следует подумать о необходимости консультации инфекциониста или связаться с клиническим фармакологом. Хотя молекулярные методы AMR имеют много преимуществ, таких как более короткое время выполнения, фенотипическое тестирование чувствительности все еще может дать ценную клиническую информацию.
