Ученые из Великобритании с помощью машинного обучения обнаружили новые связи между млекопитающими и коронавирусами.
В статье, недавно опубликованной в Nature Communications говорится о том, что в 40 раз выше оказалось число млекопитающих, которых могут заразить четыре коронавируса и более. В 30 раз больше видов млекопитающих, чем считалось ранее, способны быть хозяевами новых штаммов SARS-CoV-2.
Новые патогенные коронавирусы могут возникать в результате гомологичной рекомбинации между двумя вирусами, заразившими одну и ту же клетку. Источниками новых коронавирусов могут стать виды животных— хозяева нескольких вирусов. Ученые из Великобритании использовали машинное обучение, чтобы проанализировать отношения между 411 коронавирусами и 876 видами млекопитающих.
Их анализ показал, что существует в 11,5 раз больше ассоциаций между млекопитающими и коронавирусами, чем было выявлено эмпирически. В 40 раз выше число млекопитающих, которых могут заразить четыре и более суброда коронавирусов. Такое носительство наблюдалось только для 7 видов, тогда как исследование авторов предсказало 291. Так, малайская пальмовая куница может стать хозяином для 32 коронавирусов, а летучая мышь большой подковонос — для 68 коронавирусов. В природе же наблюдали у куницы 6 коронавирусов, а у летучей мыши — 13.
В 30 раз больше видов млекопитающих, чем считалось ранее, могут быть хозяевами новых штаммов SARS-CoV-2. Среди таких потенциальных хозяев — обыкновенный ёж и дикий кролик. Биоинформатический анализ также подтвердил, что носителем коронавируса может быть домашняя кошка. Самое большое число предсказанных ассоциаций — у домашних свиней.
Сила такого подхода – в способности предсказывать потенциальные источники рекомбинации, не делая предположений, основанных на имеющейся неполной информации о хозяевах коронавирусов. Среди слабых сторон исследования авторы отмечают то, что они анализировали только коронавирусы с известным геномом; не всегда была ясна природа взаимоотношений коронавируса и хозяина (являлось ли животное окончательным, промежуточным или случайно инфицированным хозяином); потенциал рекомбинации коронавирусов в хорошо изученных видах мог быть переоценен.
В будущем авторы планируют включить в анализ птиц, а также более глубоко изучить клинически важные ассоциации.
