Появление все более резистентной к антимикробным препаратам Salmonella enterica serovar Typhi (S Typhi) угрожает подорвать эффективное лечение и контроль. Понимание того, где возникает и распространяется резистентность к антимикробным препаратам у S Typhi, имеет решающее значение для разработки эффективных стратегий борьбы.
Методы
В этом геномном эпидемиологическом исследовании мы секвенировали геномы 3489 штаммов S Typhi, выделенных в ходе проспективных исследований по надзору за энтеральной лихорадкой в Непале, Бангладеш, Пакистане и Индии (в период с 2014 по 2019 год), и объединили их с глобальной коллекцией из 4169 геномных сиквенсов S Typhi, выделенных в период с 1905 по 2018 год, чтобы изучить временные и географические закономерности появления и распространения резистентных к антимикробным препаратам S Typhi.
Мы провели непараметрический филодинамический анализ, чтобы охарактеризовать изменения в эффективном размере популяции резистентных к фторхинолонам и к широкому спектру лекарственных средств (XDR) и резистентных к азитромицину S Typhi с течением времени. Мы составили хронологические филогении для основных сублиний S Typhi и использовали методы реконструкции предковых линий для оценки частоты и времени международного и межконтинентального переноса.
Выводы
Наш анализ выявил тенденцию к снижению заболеваемости брюшным тифом с множественной лекарственной резистентностью в Южной Азии, за исключением Пакистана, где XDR S Typhi появились в 2016 году и быстро заменили менее резистентные штаммы. Мутации в области определения резистентности к хинолонам (QRDR) S Typhi независимо возникали и распространялись по меньшей мере в 94 случаях, причем почти все они происходили в Южной Азии.
Штаммы с многочисленными мутациями QRDR, включая тройные мутанты с высоким уровнем резистентности к фторхинолонам, все чаще встречаются и вытесняют штаммы с меньшим количеством мутаций. Штаммы, содержащие мутации acrB, придающие резистентность к азитромицину, появились в Бангладеш примерно в 2013 году, и эффективный размер популяции этих штаммов неуклонно растет. Мы обнаружили свидетельства частых международных (n=138) и межконтинентальных переносов (n=59) резистентных к антимикробным препаратам S Typhi, за которыми последовало локальное расширение и замещение кластеров, чувствительных к лекарственным препаратам.
Интерпретация
Независимое приобретение плазмид и гомопластических мутаций, придающих резистентность к противомикробным препаратам, неоднократно происходило во многих линиях S Typhi, преимущественно возникших в Южной Азии, а затем распространившихся в другие регионы.
