L. Ricardo Castellanos et al.
Аннотация
Salmonella enterica серовар Paratyphi B вариант Java последовательность типа 28 обнаруживается в мясе птицы. Мы исследовали эволюционную связь между штаммами последовательности типа 28 из Европы и Латинской Америки, используя филогенетический анализ и анализ основных компонентов. Мы провели исследования штаммов из Гватемалы, Колумбии, Коста-Рики и Нидерландов и дополнили их общедоступными геномами из Европы, Африки и Ближнего Востока. Филогенетические деревья и эффективные размеры популяции (Ne) показали отдельную кластеризацию штаммов из Латинской Америки и Европы. По оценкам, это разделение произошло в 1980-х годах. Разделение штаммов резко возросло в Европе примерно в 1995 году и в Латинской Америке примерно в 2005 году.
Анализ основных компонентов неядерных генов показал четкое различие между штаммами из Европы и Латинской Америки, в то время как содержание генов плазмид было аналогичным. Независимо от эволюционного разделения, схожие черты устойчивости к β-лактамам и хинолонам/фторхинолонам указывали на параллельную эволюцию антимикробной устойчивости в обоих регионах.
