На исходе 2023 года мы хотим представить новых вирусных членов микробного мира.
Миковирусы, инфицирующие грибы, могут оказывать гиповирулентное воздействие на своих хозяев. Особенно в отношении патогенных для растений грибков, миковирусы являются перспективными кандидатами на применение в качестве биоконтроля для предотвращения распространения грибков.
В новом исследовании миковирусы были выделены из съедобных грибов из ботанического сада в Цукубе (Япония). В них были идентифицированы семь новых РНК-вирусов, три из которых были отнесены к роду Alphapartitivirus, а по одному - к родам Betapartitivirus, Orthocurvulavirus, Alphaendornavirus и Tulasvirus. Хотя экологическое воздействие вирусов на грибы не изучалось, это исследование помогло расширить знания о разнообразии вирусов в образцах грибов.
По сравнению с вирусами, поражающими грибы, знания о вирусах, инфицирующих протистов, довольно ограничены, и именно эту проблему пыталось решить другое исследование. Авторы проанализировали культуру протиста Haloplacidia и идентифицировали новый РНК-вирус под названием Haloplacidia narnavirus 1 из семейства Narnaviridae. Исследователи предположили, что хозяином вируса является протист, а не бактерия, поскольку все известные нарнавирусы имеют эукариотических хозяев.
Вирусы, заражающие хрящевых рыб, интересны в силу сложной иммунной системы рыб. Поскольку хрящевые рыбы - самая древняя группа существующих позвоночных, их взаимоотношения с вирусами могут дать глубокое представление об эволюционных механизмах вирусов и иммунных систем. Исследователи обнаружили в геномах акул и скатов новый пенящийся вирус, названный "эндогенным пенящимся вирусом хрящевых рыб". Пенящиеся вирусы относятся к подсемейству Spumaretrovirinae (семейство Retroviridae) и приводят к вакуолизации инфицированных клеток in vitro. Они представляют собой сложные непатогенные ретровирусы, присутствующие у различных позвоночных, включая наземных млекопитающих.
Основываясь на геномном и филогенетическом анализе, исследователи предположили, что пенистые вирусы несколько раз меняли своих хозяев в течение последних 250 миллионов лет. В ходе этого процесса они как приобретали, так и теряли обширные генетические последовательности, что позволяло им адаптироваться к новым хозяевам, и в итоге они поселились в наземных животных.
Из ткани селезенки конька-шипохвоста, эндемичного вида скатов в Австралии, исследователи выделили и идентифицировали полиомавирус Raja clavata. Этот небольшой неразвивающийся ДНК-вирус относится к семейству Polyomaviridae и имеет кольцевой геном, состоящий примерно из 4000-7000 нуклеотидов. Исследователи не обнаружили никаких признаков инфекции в собранных образцах, что также говорит о возможной коэволюции.
Вирусы, заражающие растения и деревья, могут привести к потере плодов и урожая, поэтому понимание фитовирусов является необходимым. В Китае тутовое дерево культивируется на протяжении многих веков в основном ради его плодов, которые употребляются в пищу непосредственно или в виде варенья, сока или десертов. Уже известно несколько вирусов, вызывающих симптомы мозаики у тутовых деревьев, однако в ходе исследования был выделен еще один вирус из листьев тутового дерева.
Вирусы тутовника, заражающие листья тутовника. Из работы Wei et al. (2023).
Секвенирование транскриптома позволило исследователям идентифицировать вирус из семейства рибовирусов. Вирус состоит из генома длиной 9 000 нуклеотидов, пяти открытых рамок считывания и икосаэдрических частиц. Исследователи заразили листья шелковицы и Nicotiana benthamiana рекомбинантной Agrobacterium tumefaciens, содержащей вирусный генетический материал, в результате чего частицы вириона были видны только в цитоплазме тутовника, что свидетельствует о специфичности хозяина.
