Исследования патогенеза SARS-CoV-2 и COVID-19 были сосредоточены на системном ответе хозяина, особенно на реакции, возникающей у тяжелобольных пациентов, и лишь немногие исследования изучали влияние острого SARS-CoV-2 во входных воротах инфекции. Мы показали, что назальный микробиом SARS-CoV-2 положительных пациентов (CoV+, n=68) на момент постановки диагноза был уникальным по сравнению с CoV-отрицательными медицинскими работниками (n=45) и CoV- отрицательными амбулаторными пациентами (n=21). Этот сдвиг был отмечен повышенным содержанием бактериальных патогенов, включая Pseudomonas aeruginosa, количество которых также было положительно ассоциировано с нагрузкой вирусной РНК.
Кроме того, мы наблюдали сильный транскрипционный ответ хозяина в носовом эпителии пациентов CoV+, свидетельствующий о противовирусном усилении врожденного иммунитета и повреждении нейронов. Эти данные позволяют предположить, что воспалительный ответ, вызванный инфекцией SARS-CoV-2, связан с увеличением количества бактериальных патогенов в носовой полости, что может способствовать увеличению частоты вторичных бактериальных инфекций.
