Новый вариант штамма SARS-CoV-2, содержащий серию мутаций, был описан в Великобритании и получил широкое распространение в Лондоне и юго-восточной Англии.
На основе этих мутаций было предсказано, что этот вариант штамма потенциально может передаваться быстрее, чем другие циркулирующие штаммы SARS-CoV-2 и это уже частично подтверждается фактами. Последние сообщения показывают, что около 6 из 10 случаев, зарегистрированных в Лондоне, вызваны новым вариантом. Несмотря на то, что вариант может преобладать в данном географическом районе, сам по себе этот факт не означает, что он более заразен. Ученые работают над тем, чтобы больше узнать об этом варианте, чтобы лучше понять, насколько легко он может передаваться и защитят ли от него людей полученные в настоящее время вакцины. В настоящее время нет никаких доказательств того, что этот вариант вызывает более тяжелое заболевание или повышает риск смерти. Быстро появляется информация о вирусологических, эпидемиологических и клинических характеристиках этого варианта. CDC в сотрудничестве с другими учреждениями общественного здравоохранения внимательно следит за ситуацией и будет передавать новую информацию по мере ее поступления.
Имя этого варианта "SARS-CoV-2 VOC 202012/01" (т.е. первый вариант декабря 2020 года), или "B.1.1.7".
С ноября 2020 года на юго-востоке Англии стал преобладать вариант штамма SARS-CoV-2, на который, по сообщениям, приходится 60% недавних случаев инфицирования в Лондоне. Этот вариант имеет мутацию в домене связывания рецепторов (RBD) белка шипа в позиции 501, где аспарагин (N) заменен тирозином (Y). Сокращением для этой мутации является N501Y и иногда обозначается как S:N501Y, чтобы указать, что она находится в белке-спайке. Этот вариант несет множество других мутаций, в том числе двойную делецию (позиции 69 и 70).
Почему этот вариант появился в Великобритании не известно. Только по воле случая вирусные варианты часто появляются или исчезают, и это может произойти где угодно. Или же он может появиться, потому что лучше всего подходит для инфицирования людей. Такой быстрый переход от редкого штамма к распространенному привел к тому, что ученые в Великобритании в срочном порядке оценивают характеристики штамма-варианта и заболевания, которое он вызывает. Вариант VOC 202012/01 не был идентифицирован с помощью секвенирования в США, хотя вирусы были секвенированы только примерно в 51 000 из 17 миллионов случаев в США.
Что мы уже знаем о вариантах, содержащих N501Y? Предварительные данные о вариантах с N501Y предполагают, что они могут более плотно связываться с рецептором человеческого ангиотензин-преобразующего фермента 2 (ACE2). Неизвестно, приводит ли это более плотное связывание к каким-либо значительным эпидемиологическим или клиническим различиям. В одном лабораторном исследовании передачи вируса между хорьками эта мутация спонтанно возникла у животных во время эксперимента. Значение этого наблюдения еще предстоит выяснить. Пока что VOC 202012/01 не имеет известной связи с животными или контактами с ними.
Другие мутации в этом варианте SARS-CoV-2.
SARS-CoV-2 мутирует регулярно, приобретая около одной новой мутации в своем геноме каждые две недели. Многие мутации молчат (т.е. не вызывают никаких изменений в структуре кодируемых ими белков), потому что они производят трехбуквенный кодон, который переводится на ту же аминокислоту (т.е. они являются "синонимами"). Другие мутации могут изменять кодон таким образом, что это приводит к изменению аминокислот (т.е. они являются "не синонимичными"), но это замещение аминокислот не влияет на функцию белка.
VOC 202012/01 имеет 14 не синонимичных (изменяющих аминокислоту [АА]) мутаций, 6 синонимичных (изменяющих не АА) и 3 делеции, в частности, включающих 69/70 делецию: эта двойная делеция происходила спонтанно много раз и, вероятно, приводит к изменению формы (т.е. конформационному изменению) белка шипа.
P681H: вблизи участка расщепления фурина S1/S2, участка с высокой изменчивостью в коронавирусах. Эта мутация также проявлялась спонтанно многократно.
Кодон-стоп ORF8 (Q27stop): Эта мутация происходит не в белке шипа, а в другом гене, функция которого неизвестна. Подобные мутации происходили и в прошлом. В Сингапуре появился и исчез один штамм с таким типом мутации.
Какие последствия может иметь появление новых вариантов?
Среди потенциальных последствий этих мутаций можно назвать следующие:
- Способность быстрее распространяться среди людей. Уже есть свидетельства того, что одна мутация, D614G, обладает этим свойством для более быстрого распространения. В лаборатории варианты G614 быстрее распространяются в эпителиальных клетках дыхательных путей человека, не конкурируя с вирусами D614. Имеются также доказательства того, что вариант G614 распространяется быстрее, чем вирусы без мутации
- Способность вызывать у человека либо более легкие, либо более тяжелые заболевания. Нет доказательств того, что VOC 202012/01 вызывает более тяжелое заболевание, чем другие варианты SARS-CoV-2
- Способность уклоняться от выявления с помощью специальных диагностических тестов. Большинство коммерческих тестов на полимеразную цепную реакцию (ПЦР) имеют несколько целей для обнаружения вируса, так что даже если мутация воздействует на одну из целей, другие цели ПЦР все равно будут работать
- Уменьшение восприимчивости к таким терапевтическим агентам, как моноклональные антитела
- Способность уклоняться от вакцинного иммунитета. Вирус, вероятно, должен будет аккумулировать многочисленные мутации в белке шипа, чтобы избежать иммунитета, вызванного вакцинами или естественной инфекцией.
Среди этих возможностей, способность уклоняться от иммунитета, вызванного вакциной будет, вероятно, вызывать наибольшую озабоченность, поскольку после вакцинации у значительной части населения возникнет иммунное давление, которое может способствовать и ускорить появление таких вариантов путем выбора "беглецов-мутантов". Нет никаких доказательств того, что это происходит и большинство экспертов считают маловероятным появление беглых мутантов в силу природы вируса.
В ноябре 2020 года CDC официально запустил Национальную программу по наблюдению за штаммами SARS-CoV-2 (NS3) с целью увеличения количества и репрезентативности вирусов, подвергающихся описанию. После полной реализации в январе 2021 года, каждое государство будет направлять в CDC не менее 10 образцов раз в две недели для секвенирования и дальнейшей характеристики. Кроме того, в ответ на КОВИД-19 CDC активно ищет образцы, представляющие интерес, например, образцы, связанные с инфекцией животных, а в будущем - образцы инфекций, на которые не подействовала вакцинация. Данные, полученные в результате этих усилий, постоянно анализируются в CDC, а геномные данные быстро загружаются в общедоступные базы данных для использования исследователями, учреждениями общественного здравоохранения и промышленностью. Для координации усилий по секвенированию CDC с начала пандемии возглавил национальную коалицию лабораторий по секвенированию атипичной пневмонии (SARS-CoV-2) (SPHERES). В коалицию SPHERES входят более 160 учреждений, включая академические центры, промышленность, неправительственные организации и учреждения общественного здравоохранения. Из приблизительно 275 000 полногеномных секвенирований, имеющихся в настоящее время в публичных базах данных, 51 000 - из США. (В настоящее время наибольшее число секвенирований имеется в Соединенном Королевстве - 125 000).
Оригинальные статьи: https://www.cdc.gov/coronaviru...
