Микробиом имеет важное значение для здоровья хозяина, а нарушения, вызванные применением антибиотиков, могут привести к дисбактериозу и заболеваниям. Диета может быть мощным модулятором состава и функции микробиома, способным смягчить негативные последствия применения антибиотиков. Таким образом, необходимо изучить влияние взаимодействия диеты и лекарственных препаратов на микробиом кишечника.
Кофе - широко употребляемый напиток, содержащий множество соединений, способных влиять на микробиом, включая кофеин, полифенолы и клетчатку. Мы давали мышам кофе с кофеином и кофе без кофеина в сочетании с амоксициллином и использовали ампликонное секвенирование образцов фекалий 16S рРНК для изучения изменений в разнообразии и составе микробиома фекалий мышей. Мы обнаружили, что антибиотики, независимо от добавления кофе, вызвали значительное нарушение микробиома фекалий мышей, обогатив его Proteobacteria, Verrucomicrobia и Bacteroidetes, но сократив Firmicutes. Хотя мы обнаружили, что кофе сам по себе не оказывает существенного влияния на состав фекального микробиома, но добавление кофе значительно повлияло на показатели относительной численности бактерий микробиома у мышей, получавших амоксициллин.
После добавки кофе с кофеином у мышей, получавших амоксициллин, наблюдалось уменьшение количества Proteobacteria, в частности, семейства Burkholderiaceae. Соответственно, мы обнаружили, что in vitro Burkholderia cepacia была очень устойчива к амоксициллину, и что она подавлялась концентрацией кофеина и кофеинизированного кофе, сравнимой с уровнем кофеина в слепой кишке мышей.
В целом, эта работа показывает, что кофе, и, возможно кофеин, может влиять как на микробиом, так и на членов микробиома во время воздействия антибиотиков.
