Южная Африка (ЮА) столкнулась с быстрым увеличением числа случаев КОВИД-19, что связанно с появлением нового варианта SARS-CoV-2, 501Y.V21.
Предварительные исследования показывают, что этот вариант значительно более трансмиссивный, чем ранее циркулировавшие варианты, но без усиления тяжести заболевания. Этот вариант был первым новым вариантом, обнаруженным с октября 2020 года и подтвержденным с помощью полногеномного секвенирования в качестве доминирующей формы вируса в ЮА.
Новый вариант характеризуется 8 мутациями аминокислот в белке шипа (S), включая 3 мутации на ключевых участках (K417N, E484K и N501Y) в рецепторно-связывающем домене. Одной из наиболее значимых является мутация N501Y, что увеличивает сродство к человеческому рецептору АСЕ2. Другая мутация это E484K, является обычной "мутацией побега антител" (antibody escape mutation) и было показано в других исследованиях, что она может привести к 10-кратному падению титра некоторых моноклональных антител. Мутация N501Y та же самая, что и в британском варианте вируса, но две другие мутации не обнаружены в британском варианте. ЮA вариант не содержит 69-70del мутации, описанной в британском варианте. E484K также присутствует в недавнем варианте из Бразилии.
В настоящее время проводятся дальнейшие исследования ЮA варианта с целью определить и подтвердить, является ли он более трансмиссивным, вызывает ли более тяжёлые заболевания, уклоняется ли от вакцинации или иммунной реакции человека и как влияет на валидность текущих молекулярно-диагностических тестов.
Ключевое значение имеет геномное наблюдения в режиме реального времени для понимания закономерностей пандемии.
