Геномный надзор с использованием качественного полногеномного секвенирования (WGS) вместе с эпидемиологическими данными и данными об антимикробной резистентности (AMR) необходим для характеристики циркулирующих линий Neisseria gonorrhoeae и их связи с группами пациентов (определяемыми демографическими и эпидемиологическими факторами).
В 2013 году европейская популяция гонококков была впервые геномно охарактеризована. Мы описали европейскую гонококковую популяцию в 2018 году и выявили появляющиеся или исчезающие линии, связанные с AMR и эпидемиологическими характеристиками пациентов, чтобы прояснить последние изменения в AMR и эпидемиологии гонореи в Европе.
Методы
Мы провели WGS 2375 гонококковых изолятов 2018 года (в основном с 1 сентября по 30 ноября) в 26 странах ЕС и ЕЭЗ. Молекулярное типирование и детерминанты AMR были извлечены из геномных данных, прошедших проверку качества. Ассоциативный анализ выявил связи между геномными линиями, AMR и эпидемиологическими данными.
Результаты
Число резистентных к азитромицину N gonorrhoeae (8-0% [191/2375] в 2018 году) растет в Европе благодаря внедрению или появлению и последующему распространению новой геногруппы N gonorrhoeae с мультиантигенным типированием последовательностей (NG-MAST), G12302 (132 [5-6%] из 2375; N gonorrhoeae sequence typing for antimicrobial resistance [NG-STAR] клональный комплекс [CC]168/63), несущей мозаичный промотор mtrR и последовательность mtrD и обнаруженной в 24 странах в 2018 году. CC63 был связан с фарингеальными инфекциями у мужчин, имеющих секс с мужчинами. Чувствительность к цефтриаксону и цефиксиму повышается, поскольку резистентная линия, ассоциированная с NG-MAST G1407 (51 [2-1%] из 2375), постепенно исчезает с 2009-10 гг.
Интерпретация
Усиленный надзор за гонококковой AMR необходим во всем мире. WGS, связанная с эпидемиологическими и AMR данными, необходима для выяснения динамики эпидемиологии гонореи и популяций гонококков, а также для прогнозирования AMR. Когда это возможно, WGS должна дополнять национальные и международные программы эпиднадзора за AMR для выяснения изменений AMR во времени. В странах ЕС и ЕЭЗ рост резистентности к азитромицину на низком уровне может поставить под угрозу рекомендованную двойную терапию цефтриаксон-азитромицин, поэтому необходимо установить научно обоснованный клинический порог резистентности к азитромицину. Тем не менее, рост чувствительности к цефтриаксону, снижение резистентности к цефиксиму и отсутствие известных мутаций резистентности для новых методов лечения (золифлодацин, гепотидацин) являются многообещающими.
