В совместном обзоре Американского общества инфекционных болезней и Американского общества микробиологии говорится о потенциальной роли и проблемах секвенирования SARS-CoV-2 в клинической практике.
По словам Александра Л. Гренингера, помощника директора лаборатории клинической вирусологии Медицинского центра Университета Вашингтона, и его коллег, ни один анализ не разрешен FDA для генотипирования SARS-CoV-2, "поэтому любые тесты, разработанные для клинического использования в США, потребуют валидации в качестве лабораторного теста.
По их словам, аллель-специфический RT-qPCR "стал потенциальным решением для выявления вариантов SARS-CoV-2 с потенциальными терапевтическими последствиями" благодаря быстрому времени выполнения и возможности сосредоточиться на "горячих точках" мутаций. Кроме того, эта форма секвенирования позволяет экспертам исследовать образцы с низким содержанием вирусной РНК.
Полногеномное секвенирование позволяет врачам определить полную последовательность нуклеотидов либо для всего вирусного генома, либо для определенного региона, который содержит большинство "известных релевантных с медицинской точки зрения мутаций".
В качестве альтернативы клиницисты могут использовать тест RT-PCR для амплификации интересующего региона, а затем использовать традиционное секвенирование по методу Сэнгера, которое позволяет получить нуклеотидную последовательность для меньшего региона вирусного генома. По их словам, по сравнению с секвенированием всего генома, этот подход менее дорогостоящий и более доступный. "Хотя клиническое применение секвенирования SARS-CoV-2 в настоящее время ограничено, быстро меняющиеся технологии и возможность интерпретации вариантов практически в реальном времени позволяют предположить, что генотипирование SARS-CoV-2 будет играть все большую роль в лечении пациентов по мере появления данных об эффективности вакцин и терапии", - заявила в пресс-релизе Франческа М. Ли, доцент кафедры внутренней медицины Юго-западного медицинского центра Техасского университета и соавтор обзора.
Поскольку иммунокомпрометированные пациенты могут быть инфицированы SARS-CoV-2 в течение длительного периода времени, результаты генотипирования могут потенциально помочь в лечении с помощью терапии моноклональными антителами. Полногеномное секвенирование также может быть использовано для выявления очагов инфекции среди пациентов или медицинского персонала, пишут авторы. Составление когорты пациентов на основе вирусного генотипа может быть практичным решением для медицинских учреждений.
"Генотипирование SARS-CoV-2 имеет решающее значение для различных целей общественного здравоохранения, включая эпидемиологию, мониторинг эффективности вакцин, планирование вакцинации, выбор и разработку терапии, а также выявление полиморфизмов, вызывающих терапевтические и/или диагностические неудачи",
- пишут авторы. "Основное текущее клиническое применение генотипирования ограничивается помощью в определении того, повлияет ли наличие мутации на эффективность терапевтического моноклонального антитела".
