Задачи
Цель заключалась в разработке и проверке генотипической оценки резистентности Pseudomonas aeruginosa, основанной на полногеномном анализе резистома, для прогнозирования фенотипов восприимчивости к противомикробным препаратам.
Методы
Для цефтазидима, цефтолозана/тазобактама, меропенема, ципрофлоксацина и тобрамицина была разработана система оценки, основанная на анализе резистентности, обусловленной мутациями в 40 хромосомных генах и горизонтально приобретенной устойчивости (Resfinder). Гены/мутации резистентности оценивались от 0 (отсутствие эффекта) до 1 (клиническая резистентность по EUCAST). Сто штаммов дикого типа, полученных из 51 больницы в ходе многоцентрового исследования 2017 года, были полностью секвенированы и проанализированы для определения каталога природных полиморфизмов в 40 хромосомных генах устойчивости. Способность генотипической оценки предсказывать фенотип восприимчивости была проверена на 204 изолятах, случайно отобранных из 51 больницы (по четыре из каждой больницы).
Результаты
Анализ 100 изолятов дикого типа позволил составить каталог из 455 природных полиморфизмов в 40 генах, вовлеченных в мутационную резистентность. Однако мутации резистентности и клоны высокого риска (такие как ST235) были также зарегистрированы среди нескольких изолятов дикого типа. В целом, способность генотипической оценки (<0,5) предсказывать фенотипическую чувствительность (S + I в случае меропенема) была очень высокой (95-100%). В отличие от этого, способность генотипической оценки предсказывать резистентность (≥1) была гораздо более вариабельной в зависимости от агента. Предсказание клинической резистентности к меропенему было особенно низким (18/39, 46,1%), тогда как клиническая резистентность к цефтолозану/тазобактаму была классифицирована в 100% (7/7) случаев.
Обсуждение
Несмотря на то, что в этом доказательном исследовании были выявлены возможности для улучшения, в целом была зафиксирована хорошая корреляция между генотипической оценкой резистентности и профилем чувствительности. Необходимо дальнейшее совершенствование системы оценки, автоматизация и тестирование в больших международных когортах.
