microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Ученые, отслеживающие варианты коронавируса, борются с глобальными "слепыми пятнами"
Ученые, отслеживающие варианты коронавируса, борются с глобальными "слепыми пятнами"

Автор/авторы:
share
51
backnext

   В прошлом месяце Гитис Дудас отслеживал новый вариант коронавируса, который вызвал вспышку COVID-19 в его родной Литве и спорадически появлялся в других странах Европы и в США. Изучая международную базу данных геномов коронавирусов, Дудас нашел важнейший ключ к разгадке: один образец нового варианта был получен от человека, который недавно прилетел во Францию из Камеруна. Его соавтор, Ги Баэле из Университета Лёвена, вскоре идентифицировал еще шесть сиквенсов от людей в Европе, которые путешествовали в Камерун. Но затем их поиски происхождения этого варианта уперлись в стену: Камерун загрузил в глобальное хранилище последовательностей, называемое GISAID, всего 48 геномов. Ни один из них не включал этот вариант.

   Благодаря упорной работе Баэле и Дудас (эволюционный биолог из Гетеборгского глобального центра биоразнообразия) узнали, что другая исследовательская группа собрала еще не опубликованные сиквенсы из вспышки COVID-19 в исследовательском центре человекообразных обезьян в Центральноафриканской Республике, недалеко от границы с Камеруном. Там шесть человек были носителями нового варианта. Баэле, Дудас и их коллеги реконструировали эволюционное дерево и географическое распространение этого варианта и пришли к выводу, что новый вариант, скорее всего, возник в Камеруне, о чем они сообщили в препринте 8 мая. Они отмечают, что этот вариант несет в себе набор мутаций, наблюдаемых в других "вариантах, вызывающих беспокойство", которые являются более контагиозными или опасными.

   "Это выглядело как вещь, которая должна вызвать тревогу", - говорит Себастьен Кальвиньяк-Спенсер, эволюционный биолог из Института Роберта Коха, чья команда провела секвенирование образцов со станции обезьян. Но Камерун и соседние страны, где, по предположениям специалистов, этот вариант уже мог быть распространен, не обратили на него внимания.

   Исследователи говорят, что история этого варианта, обозначаемого B.1.620, является предупреждением для всего мира: "Усилия по секвенированию в Камеруне и других африканских странах недостаточны", - говорит соавтор исследования Ахиджо Аюба, биолог из французского Национального исследовательского института устойчивого развития при университете Монпелье. В следующем месяце он отправляется в родной Камерун, чтобы установить там первый в стране секвенатор нового поколения. Появление новых вариантов с вредоносными мутациями в странах, где нет регулярного секвенирования, "может стать тревожной нормой", - предупреждают исследователи в своей статье.

   Это касается не только Африки. Из 152 стран, данные по которым были доступны по состоянию на 10 мая, 100 стран загрузили в GISAID данные о последовательностях менее чем для 1% зарегистрированных случаев (см. карту ниже). 

Среди них 51 страна, включая такие крупные государства, как Индия, Индонезия, Россия и Бразилия, загрузили последовательности менее чем для 0,1% случаев. На десять богатейших стран приходится 82% от более чем 1,4 млн. последовательностей в базе данных GISAID. "Мы работаем над тем, чтобы изменить ситуацию, - говорит Франк Конингс, руководитель рабочей группы по эволюции вирусов ВОЗ.

   Большинство стран с дефицитом секвенирования также в настоящее время практически не имеют доступа к вакцинам, а в некоторых из них наблюдаются серьезные вспышки заболевания. Поскольку вирус размножается бесконтрольно, эти регионы могут стать рассадниками новых мутантов, которые затем могут распространиться по всему миру. Индия, например, с трудом справляется со всплеском заболеваемости, превышающим мировой уровень. 11 мая ВОЗ назвала новый вариант B.1.617, который возник в Индии и распространился на десятки стран, вариантом, вызывающим беспокойство.

   "Там, где пандемия в настоящее время не контролируется, мы можем ожидать роста числа вариантов", - говорит Дудас. "Было бы гораздо важнее определить сиквенсы последних 1000 случаев в Центральноафриканской Республике, чем следующих 100 000 случаев в Германии".


Секвенирование коронавируса в большинстве стран мира минимально, поэтому ученые часто имеют слабое представление о появляющихся новых вариантах.

   В глобальном масштабе препятствия на пути к систематическому эпиднадзору огромны. Современные секвенаторы стоят 335 000 долларов, и местные специалисты должны быть обучены работе с ними. Во многих районах нет дорог и холодильников, необходимых для быстрой транспортировки образцов. В Индии "проблема заключается в отборе образцов: кто-то должен собрать и переправить образцы и предоставить клинические данные. Это занимает некоторое время", - говорит Анураг Агравал, директор Института геномики и интегративной биологии Совета научных и промышленных исследований в Нью-Дели. Кроме того, необходимо постоянно импортировать дорогостоящие реагенты для секвенирования".

   "Мы заказали ... реагенты [у американской компании] в ноябре [2020 года]. Они прибыли сейчас!" - говорит Сенджути Саха, микробиолог из Фонда исследований детского здоровья в Дакке, Бангладеш. "Это не исключение, а скорее правило". Тем не менее, Саха доволен усилиями нескольких лабораторий, которые позволили стране расширить масштабы секвенирования до 0,2% из 777 000 выявленных случаев. "Я не думаю, что [эта цифра] велика", - говорит она. "Но раньше это был ноль. И мы никогда не делали этого раньше".

   Усилия уже приносят свои плоды, последний случай произошел 8 мая, когда у двух пациентов из Бангладеш, недавно вернувшихся из Индии, был обнаружен B.1.617. Два дня спустя, после длительного совещания с учеными, официальные лица Бангладеш ужесточили карантин на границе.

   Другие страны сталкиваются с географическими проблемами. В декабре 2020 года бразильские ученые выявили P.1, который теперь является вариантом, вызывающим озабоченность во всем мире, во время массовой вспышки в Манаусе, столице штата Амазонас. Но в таких местах, как соседний штат Акре с тропическими лесами и на северо-востоке Бразилии, охват секвенирования невелик, говорит Ана Васконселос, биолог-вычислитель из Национальной лаборатории научных вычислений в Петрополисе, Бразилия. По ее словам, из Акко было загружено всего 25 геномов. Она попросила коллег предоставить 100 образцов, но потом обнаружила, что у них нет сухого льда, необходимого для транспортировки. Вчера она наконец получила образцы с помощью французской неправительственной организации, Фонда Mérieux.

   Некоторые эксперты предлагают странам стремиться к секвенированию вируса в 5% от всех случаев, но другие говорят, что такие требования ошибочны. "Мир становится слишком одержим цифрами", - говорит Тулио де Оливейра, биолог-вычислитель и директор KRISP, Платформы секвенирования для исследований и инноваций в Квазулу-Натале при Университете Квазулу-Натала в Дурбане. Например, он и южноафриканские коллеги выявили проблемный вариант, возникший в Южной Африке, вскоре после его появления, путем стратегического отбора проб в регионах, борющихся со вспышками, а не путем равномерного увеличения выборки по всей стране.

   Де Оливейра и большая группа других африканских ученых теперь превратили скудные данные о последовательностях в Африке в полную картину того, как вирус развивался на континенте. В опубликованном 13 мая препринте, на основе почти 9000 сиквенсов, собранных в 33 африканских странах, они обнаружили, что SARS-CoV-2, вероятно, прибыл во многие африканские страны с путешественниками, в основном из Европы. Ограничения на поездки сначала сдерживали количество случаев заболевания. Но затем вирус эволюционировал в несколько вариантов. "Хотя результаты исследования искажены из-за низкого числа выборок и "слепых зон", - пишут авторы, - они подчеркивают, что Африка не должна оставаться в стороне от глобальных мер по борьбе с пандемией, иначе она может стать питательной средой для новых вариантов".

   Это касается всего мира, говорит Кальвиньяк-Спенсер. " Нельзя продолжать быть такими эгоистичными в отношении геномного контроля", - говорит он. "Это не соответствует нашим собственным интересам".

Источник:

Science, 14 May 2021

Комментариев: 0
Вам также может быть интересно
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up