microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

Использование секвенирования для определения источника передачи SARS-CoV-2

Автор/авторы:
backnext

Медицинские работники (МР) находятся на переднем крае пандемии КОВИД-19; их взаимодействие с пациентами и обществом подвергает их риску инфицирования. Определение источника инфекции у МР имеет решающее значение для оценки эффективности больничного инфекционного контроля и средств индивидуальной защиты. Хотя часто предполагается, что SARS-CoV-2 приобретается МР в процессе лечения пациента, лишь в немногих сообщениях однозначно указывается на источник инфицирования. Судебно-медицинская геномика с использованием вирусного секвенирования может быть многообещающим подходом.

Мы сообщаем о случае инфицирования SARS-CoV-2 в Университете штата Висконсин-Мэдисон (Мэдисон, штат Вирджиния, США), МР который осуществлял непосредственный уход за 2 нетяжелыми больными пациентами с подтвержденной инфекцией (пациенты 1 и 2).

На момент проведения данного исследования распространенность SARS-CoV-2 в округе Дейн, штат Висконсин, была относительно низкой (кумулятивная распространенность "0,06% по состоянию на 17 апреля 2020 года"). За это время были приняты такие меры предосторожности, как СИЗ для персонала, маски для посетителей больниц и пациентов с симптомами. Уровень соблюдения санитарно-гигиенических требований к рукам в больницах составил 93-96%.

Ухаживая за пациентами 1 и 2, МР в данном исследовании носил защитную маску, изготовленную в соответствии со стандартами ASTM International, защитный щиток, многоразовый халат и нестерильные перчатки. Через четыре дня после оказания помощи этим пациентам МР начал испытывать головную боль, лихорадку и боль в горле. Образец носоглоточного мазка был положителен на РНК SARS-CoV-2. Для установления возможного источника инфекции мы опросили члена семьи этого МР, который перенес лихорадку за 8 дней до появления симптомов у МР, но не был протестирован своевременно из-за ограниченной доступности тестирования. Образец носоглоточного мазка, взятый у члена семьи, также был положителен.

Мы секвенировали вирусную РНК, выделенную из образцов носоглоточного мазка у пациентов 1 и 2, МР и члена его семьи. Для определения того, является ли МР наиболее вероятным источником инфекции в медицинском учреждении, мы сравнили результаты секвенирования SARS-CoV-2 у этих 4-х человек.
Все 4 образца были подготовлены к секвенированию по протоколу ARTIC и были секвенированы на устройстве Oxford Nanopore GridION (Nanopore Technologies).Результаты секвенирования были получены с использованием модифицированной версии протокола биоинформатики ARTIC, который анализирует данные после 100 000 чтений каждого образца.

Сиквенс МР был идентичен сиквенсу члена семьи МР, но отличался от сиквенса пациентов 1 и 2 . Хотя мы не можем с абсолютной уверенностью исключить возможность того, что МР был инфицирован другим бессимптомным, непроверенным госпитализированным пациентом, идентичные последовательности вируса МР и члена его семьи предоставляют серьезные доказательства цепочки передачи вируса за пределами больницы.

Таким образом, в течение 2 дней после положительного результата теста SARS-CoV-2 у МР, секвенирование вируса идентифицировало вероятный источник инфекции как передачу инфекции по месту жительства. Этот результат дает уверенность ухаживающим за пациентами с КОВИД-19 медицинским работникам в том, что соответствующие средства индивидуальной защиты могут защитить их от приобретенной в больнице инфекции. И наоборот, если бы секвенирование показало нозокомиальную передачу, это послужило бы стимулом для пересмотра стратегий борьбы с инфекцией. На основании этих результатов секвенирование SARS-CoV-2 у МР и их контактов внутри и вне больничных учреждений должно стать существенным компонентом комплексной стратегии защиты здоровья МР и других лиц, находящихся на переднем крае борьбы с инфекцией.


Источник:EID Journal, Volume 26, Number 11—November 2020
Вам также может быть интересно
Комментариев: 0
up