microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Для контроля новых вариантов коронавируса нужно секвенировать больше геномов
Для контроля новых вариантов коронавируса нужно секвенировать больше геномов

Автор/авторы:
share
79
backnext

Правительство США и Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC) планируют увеличить объемы секвенирования геномов коронавируса. 

   Это необходимо, чтобы контролировать распространение недавно появившихся вариантов вируса, вызывающих опасения, таких как B.1.1.7.

   В США правительство и CDC обсуждают недостаточное секвенирование геномов коронавируса. Крупный центр секвенирования в Вашингтонском университете готов к этой работе, но не может ее начать, отмечает Science. Директор центра Джеффри Милбрандт говорит, что получил менее 100 образцов: «У нас все подготовлено, но желающих не так много». CDC планируют изменить ситуацию, скоординировав национальную систему наблюдения за вариантами коронавируса. Ученые и эксперты в области общественного здравоохранения приветствуют этот план, но опасаются, что заявленных объемов секвенирования будет недостаточно.

   Секвенирование новых штаммов жизненно важно, поскольку появляются новые, потенциально опасные варианты вируса. В январе Всемирная организация здравоохранения рекомендовала всем странам — членам ВОЗ нарастить лабораторные мощности для секвенирования коронавирусов.

   Вариант B.1.1.7, впервые обнаруженный в Великобритании, распространяется и в других регионах. На его присутствие может указывать ошибка ОТ-ПЦР, при которой не выявляется мишень в гене белка S при нормальном протекании реакции на других мишенях — (S gene target failure, SGTF). Группа американских ученых секвенировала 212 геномов варианта B.1.1.7 среди образцов геномов коронавируса с SGTF, причем частота встречаемости «британского варианта» стремительно растет. Авторы делают вывод, что «США находятся на той же траектории, что и другие страны, где B.1.1.7 быстро стал доминирующим вариантом SARS-CoV-2, и это требует немедленных и решительных действий для минимизации заболеваемости и смертности от COVID-19».

   Есть данные, что B.1.1.7 может повышать риск тяжелого заболевания и смерти; хотя повышение незначительно, с учетом более быстрого распространения инфекции это увеличит повысит нагрузку на здравоохранение. Существующие вакцины эффективны против B.1.1.7, однако в Великобритании уже обнаружен вариант с дополнительной мутацией, о которой известно, что она способствует убеганию от иммунного ответа. Российские специалисты также считают вероятным быстрое распространение варианта B.1.1.7 на территории РФ, но у большинства стран мира мощностей секвенирования недостаточно, чтобы это контролировать.

   США считаются сверхдержавой секвенирования, отмечает Science. Однако на сегодняшний день в Соединенных Штатах секвенируются геномы только из 0,36% SARS-CoV-2-положительных образцов, при этом в разных штатах показатель варьируется от 0,02% до 2,6%. Лидер в области мониторинга изменчивости коронавируса — Дания с населением 5,8 млн человек, где секвенируют более 50% положительных образцов и планируют поднять эту долю до 70%. По оценкам датских ученых, B.1.1.7 распространяется в полтора раза быстрее, чем предыдущие варианты. Число случаев инфекции, вызванных им, растет на фоне спада всех остальных вариантов. Чтобы он не вышел из-под контроля, может понадобиться продление или ужесточение изоляции до тех пор, пока большая часть населения не будет вакцинирована. В Великобритании, где B.1.1.7 сейчас преобладает, жесткие меры уменьшили число новых случаев. Великобритания секвенирует около 7% положительных образцов, и эта доля с падением числа случаев увеличивается.

   За эпиднадзор в США отвечают Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC), но организовать секвенирование на местах непросто, кроме того, во время президентства Дональда Трампа финансирование этого направления оставалось ограниченным. К 1 февраля 2021 года агентство заключило контракты на секвенирование коронавируса общей суммой $12,54 млн с Illumina, Helix, LabCorp и Quest Diagnostics. Они обязались анализировать 6000 вирусных геномов в неделю к середине месяца, заявила на прошлой неделе директор CDC Рошель Валенски. Добавив это количество к геномам, поступающим из академических центров и государственных лабораторий здравоохранения, Соединенные Штаты будут секвенировать «в три раза больше» образцов, чем сегодня, сказала она.

   На прошлой неделе Белый дом заявил о готовности потратить $340 млн на секвенирование 5% положительных образцов (то есть около 39000 геномов в неделю в нынешней ситуации). Девятого февраля демократы из Палаты представителей предложили потратить $1,75 млрд долларов секвенирование коронавируса и мониторинг распространения вариантов. Это часть законопроекта о борьбе с коронавирусом, который Джо Байден, возможно, подпишет в следующем месяце.

Источник:

Подготовила Елена Клещенко, pcr.news

Вам также может быть интересно
Комментариев: 0
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up