Геномные и клинические характеристики эмерджентной линии SARS-CoV-2 B.1.1.7 в Лондоне, Великобритания: полногеномное секвенирование и исследование больничной когорты (аннотация)Геномные и клинические характеристики эмерджентной линии SARS-CoV-2 B.1.1.7 в Лондоне, Великобритания: полногеномное секвенирование и исследование больничной когорты (аннотация)
Появление вариантов со специфическими мутациями в ключевых эпитопах в белке-спайка SARS-CoV-2 вызывает опасения, связанные с массовыми кампаниями вакцинации и использованием моноклональных антител.
В данном исследовании мы стремились описать появление варианта B.1.1.7, вызывающего обеспокоенность, включая вирусологические характеристики и клиническую тяжесть у пациентов с этим вариантом.
Методы
В этом когортном исследовании были секвенированы и проанализированы на наличие мутаций B.1.1.7 образцы положительные на SARS-CoV-2 в ПЦР, забранные у пациентов, поступивших станционар в период с 9 ноября 2020 по 20 декабря 2020 года. Мы использовали регрессионные модели Пуассона для исследования связи между вариантом B.1.1.7 и тяжелой формой заболевания и летальным исходом в течение 28 дней после положительного теста, а также провели дополнительный геномный анализ в когорте хронических пациентов и в когорте пациентов, прошедших лечение ремдезивиром. Вирусную нагрузку сравнивали, используя пороговые значения цикла ПЦР.
Результаты
Из 496 пациентов с положительными ПЦР образцами SARS-CoV-2, которые соответствовали критериям включения, 341 имел образцы, которые можно было секвенировать. У 198 (58%) из 341 имелся вариант В.1.1.7, а у 143 (42%) - не В.1.1.7 вариант. Мы не обнаружили доказательств связи между тяжелой формой заболевания, летальностью и вирусной линией (B.1.1.7 vs. не-В.1.1.7) ни в нескорректированных анализах ([PR] 0-97 [95% CI 0-72-1-31]), ни в анализах, скорректированных с учетом пола, возраста, сопутствующих заболеваний и этнической принадлежности (PR 1-02 [0-76-1-38]). Мы не обнаружили мутаций, характерных для B.1.1.7, у 123 иммунокомпрометированных пациентов или у 32 пациентов, прошедших лечение ремдесивиром. Вирусная нагрузка была выше в образцах В.1.1.7, чем в образцах не-В.1.1.7, что измерялось пороговым значением цикла (среднее 28-8 [SD 4-7] против 32-0 [4-8]; p=0-0085).
Интерпретация
Появляются новые доказательства повышенной трансмиссивности B.1.1.7 и мы обнаружили повышенную вирусную нагрузку в случае B.1.1.7. Мы не обнаружили связи этого варианта с тяжелыми формами заболеванием в изученной когорте.
