Результаты исследования, представленные на весенней конференции Американского общества эпидемиологии здравоохранения, подтвердили способность геномного эпиднадзора в режиме реального времени выявлять нозокомиальные вспышки.
В предыдущем двухлетнем исследовании эпидемиолог Питтсбургского университета Александр Дж. Сундерманн и его коллеги продемонстрировали, что сочетание наблюдения за полногеномным секвенированием и машинного обучения на основе данных электронных медицинских карт, которые используются для определения путей передачи инфекции, превзошло традиционные методы профилактики инфекций в выявлении вспышек в больницах, что позволило сэкономить сотни тысяч долларов.
"В ноябре этого года мы начали проводить полногеномное секвенирование в режиме реального времени, чтобы выявлять такие вспышки и принимать меры для прекращения передачи вируса",- рассказал Сандерманн. "Мы считаем этот подход усовершенствованной системой обнаружения передачи инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи."
Для последующего исследования они начали отбирать культуры, положительные на отдельные бактериальные патогены, у пациентов, которые находились в больнице не менее 3 дней или имели контакт с медицинским персоналом в течение последних 30 дней. Среди 413 изолятов, полученных по состоянию на 11 января, система обнаружила 18, которые были ассоциированы, по крайней мере, с одним другим изолятом. Всего было выявлено семь кластеров инфекций численностью от двух до шести пациентов, включая кластер инфекций Pseudomonas aeruginosa, возможно, связанных с общим использованием бронхоскопа, псевдо-вспышку Serratia marcescens, связанную с культурами крови при аутопсии, и кластер ванкомицин-резистентных Enterococcus faecium в отделении трансплантации.
По словам Сандерманна, исследование продемонстрировало осуществимость программы наблюдения за секвенированием в режиме реального времени, которая может выявлять вспышки на ранних стадиях, позволяя больницам быстро принимать меры.
"Мы считаем, что это существенно повысит безопасность пациентов", - сказал он. "Учреждения здравоохранения должны изучить свои методы выявления и расследования вспышек и рассмотреть возможность использования полногеномного секвенирования для обнаружения этих вспышек, которые возникают незаметно. Мы считаем, что наблюдение с помощью секвенирования в конечном итоге станет обычным делом в здравоохранении".
