microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2Vtzqx7tLnC

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqwzYS9e

Реклама

ООО "АЛИФАКС"

ИНН 7718314415

ID 2VtzqvtsLHv

Реклама

Использование секвенирования для определения источника передачи SARS-CoV-2
Использование секвенирования для определения источника передачи SARS-CoV-2

Автор/авторы:
share
58
backnext

Медицинские работники (МР) находятся на переднем крае пандемии КОВИД-19; их взаимодействие с пациентами и обществом подвергает их риску инфицирования. Определение источника инфекции у МР имеет решающее значение для оценки эффективности больничного инфекционного контроля и средств индивидуальной защиты. Хотя часто предполагается, что SARS-CoV-2 приобретается МР в процессе лечения пациента, лишь в немногих сообщениях однозначно указывается на источник инфицирования. Судебно-медицинская геномика с использованием вирусного секвенирования может быть многообещающим подходом.

Мы сообщаем о случае инфицирования SARS-CoV-2 в Университете штата Висконсин-Мэдисон (Мэдисон, штат Вирджиния, США), МР который осуществлял непосредственный уход за 2 нетяжелыми больными пациентами с подтвержденной инфекцией (пациенты 1 и 2).

На момент проведения данного исследования распространенность SARS-CoV-2 в округе Дейн, штат Висконсин, была относительно низкой (кумулятивная распространенность "0,06% по состоянию на 17 апреля 2020 года"). За это время были приняты такие меры предосторожности, как СИЗ для персонала, маски для посетителей больниц и пациентов с симптомами. Уровень соблюдения санитарно-гигиенических требований к рукам в больницах составил 93-96%.

Ухаживая за пациентами 1 и 2, МР в данном исследовании носил защитную маску, изготовленную в соответствии со стандартами ASTM International, защитный щиток, многоразовый халат и нестерильные перчатки. Через четыре дня после оказания помощи этим пациентам МР начал испытывать головную боль, лихорадку и боль в горле. Образец носоглоточного мазка был положителен на РНК SARS-CoV-2. Для установления возможного источника инфекции мы опросили члена семьи этого МР, который перенес лихорадку за 8 дней до появления симптомов у МР, но не был протестирован своевременно из-за ограниченной доступности тестирования. Образец носоглоточного мазка, взятый у члена семьи, также был положителен.

Мы секвенировали вирусную РНК, выделенную из образцов носоглоточного мазка у пациентов 1 и 2, МР и члена его семьи. Для определения того, является ли МР наиболее вероятным источником инфекции в медицинском учреждении, мы сравнили результаты секвенирования SARS-CoV-2 у этих 4-х человек.
Все 4 образца были подготовлены к секвенированию по протоколу ARTIC и были секвенированы на устройстве Oxford Nanopore GridION (Nanopore Technologies).Результаты секвенирования были получены с использованием модифицированной версии протокола биоинформатики ARTIC, который анализирует данные после 100 000 чтений каждого образца.

Сиквенс МР был идентичен сиквенсу члена семьи МР, но отличался от сиквенса пациентов 1 и 2 . Хотя мы не можем с абсолютной уверенностью исключить возможность того, что МР был инфицирован другим бессимптомным, непроверенным госпитализированным пациентом, идентичные последовательности вируса МР и члена его семьи предоставляют серьезные доказательства цепочки передачи вируса за пределами больницы.

Таким образом, в течение 2 дней после положительного результата теста SARS-CoV-2 у МР, секвенирование вируса идентифицировало вероятный источник инфекции как передачу инфекции по месту жительства. Этот результат дает уверенность ухаживающим за пациентами с КОВИД-19 медицинским работникам в том, что соответствующие средства индивидуальной защиты могут защитить их от приобретенной в больнице инфекции. И наоборот, если бы секвенирование показало нозокомиальную передачу, это послужило бы стимулом для пересмотра стратегий борьбы с инфекцией. На основании этих результатов секвенирование SARS-CoV-2 у МР и их контактов внутри и вне больничных учреждений должно стать существенным компонентом комплексной стратегии защиты здоровья МР и других лиц, находящихся на переднем крае борьбы с инфекцией.


Источник:EID Journal, Volume 26, Number 11—November 2020
Комментариев: 0
Вам также может быть интересно
Узнайте о новостях и событиях микробиологии
Первыми получайте новости и информацию о событиях
up