Метагеномное секвенирование следующего поколения может стать надежным диагностическим средством для анализа причин высококонтагиозного менингита или энцефалита в клинических условиях.
«Секвенируя все ДНК и РНК в клинических образцах, мы в принципе можем диагностировать любую инфекцию», - подчеркнул Чарльз Чиу, профессор лабораторной медицины отделения инфекционных заболеваний Калифорнийского университета в Сан-Франциско, во время вебинара, организованного Американской академией неврологии. Чиу и коллеги попытались проанализировать эффективность метагеномного анализа следующего поколения (mNGS) спинномозговой жидкости для диагностики причин высококонтагиозного менингита и/или энцефалита в течение 7 лет в реальных клинических условиях по сравнению с анализами спинномозговой жидкости (ЦСЖ) или ПЦР широкого диапазона.
Исследователи проанализировали электронные медицинские карты за период с 2016 по 2023 год, выявив 4 849 результатов тестирования mNGS на образцах ЦСЖ. Дополнительный обзор карт был проведен для получения подгруппы из 968 госпитализированных пациентов (средний возраст 46,4 года) для оценки демографических данных, инфекционных/неинфекционных диагнозов, профиля ЦСЖ, включая количество клеток и дифференциальный анализ, глюкозу, белок, а также других соответствующих результатов лабораторных исследований и визуализации.
Из первоначальной выборки у 1231 пациента был положительный результат mNGS с обнаружением хотя бы одного микроорганизма, а у остальных - отрицательный. Среди обнаруженных организмов были бактерии (44%), ДНК-вирусы (26%), РНК-вирусы (16%), грибы (11%) и 3% инфекции паразитарного происхождения. Согласно полученным результатам, mNGS выявила значительно больше организмов, чем культура ЦСЖ и универсальная ПЦР вместе взятые. В целом, mNGS обнаружил хотя бы один патоген в ЦСЖ в 25% случаев, при этом было выявлено 192 различных вида. Кроме того, чувствительность mNGS составила 63%, специфичность - 99%, а точность - 90%.
«Мы пришли к выводу, что эти результаты оправдывают включение анализа спинномозговой жидкости с помощью метагеномного секвенирования нового поколения в рутинную диагностику госпитализированных пациентов с потенциальной инфекцией центральной нервной системы», - заявил Чиу.
