Метагеномное секвенирование может быть полезным для диагностики инфекционных заболеванийМетагеномное секвенирование может быть полезным для диагностики инфекционных заболеваний
Метагеномное секвенирование следующего поколения может стать надежным диагностическим средством для анализа причин высококонтагиозного менингита или энцефалита в клинических условиях.
«Секвенируя все ДНК и РНК в клинических образцах, мы в принципе можем диагностировать любую инфекцию», - подчеркнул Чарльз Чиу, профессор лабораторной медицины отделения инфекционных заболеваний Калифорнийского университета в Сан-Франциско, во время вебинара, организованного Американской академией неврологии. Чиу и коллеги попытались проанализировать эффективность метагеномного анализа следующего поколения (mNGS) спинномозговой жидкости для диагностики причин высококонтагиозного менингита и/или энцефалита в течение 7 лет в реальных клинических условиях по сравнению с анализами спинномозговой жидкости (ЦСЖ) или ПЦР широкого диапазона.
Исследователи проанализировали электронные медицинские карты за период с 2016 по 2023 год, выявив 4 849 результатов тестирования mNGS на образцах ЦСЖ. Дополнительный обзор карт был проведен для получения подгруппы из 968 госпитализированных пациентов (средний возраст 46,4 года) для оценки демографических данных, инфекционных/неинфекционных диагнозов, профиля ЦСЖ, включая количество клеток и дифференциальный анализ, глюкозу, белок, а также других соответствующих результатов лабораторных исследований и визуализации.
Из первоначальной выборки у 1231 пациента был положительный результат mNGS с обнаружением хотя бы одного микроорганизма, а у остальных - отрицательный. Среди обнаруженных организмов были бактерии (44%), ДНК-вирусы (26%), РНК-вирусы (16%), грибы (11%) и 3% инфекции паразитарного происхождения. Согласно полученным результатам, mNGS выявила значительно больше организмов, чем культура ЦСЖ и универсальная ПЦР вместе взятые. В целом, mNGS обнаружил хотя бы один патоген в ЦСЖ в 25% случаев, при этом было выявлено 192 различных вида. Кроме того, чувствительность mNGS составила 63%, специфичность - 99%, а точность - 90%.
«Мы пришли к выводу, что эти результаты оправдывают включение анализа спинномозговой жидкости с помощью метагеномного секвенирования нового поколения в рутинную диагностику госпитализированных пациентов с потенциальной инфекцией центральной нервной системы», - заявил Чиу.
