Усовершенствованные технологии позволили исследователям глубже изучить биологию Т-клеток, но традиционная схема присвоения им названий с трудом поспевает за новыми открытиями.
Как раз перед тем, как пандемия вышла на первый план в 2020 году, ученые на конференции по изучению Т-клеточной памяти собрались, чтобы обсудить менее традиционную тему: номенклатуру. Перед началом мероприятия организаторы семинара разослали участникам вопросы, касающиеся определения различных типов Т-клеток. Ответы почти 150 респондентов продемонстрировали разнообразие представлений о том, как описывать Т-клетки. Эти участники поделились своими мнениями и идеями на семинаре по номенклатуре. В конце встречи исследователи не приняли никаких конкретных решений, но многие почувствовали необходимость перемен. Когда COVID-19 стал реальностью, многие из этих исследователей продолжили свои дискуссии. В ноябре 2025 года группа Т-клеточных биологов, представляющая институты и континенты, опубликовала в журнале Nature Reviews Immunology консенсусное заявление, в котором изложены три потенциальных решения для улучшения коммуникации по этим разнообразным лимфоцитами.
Во-первых, утверждается, что первичные отчеты об исследованиях определяют экспериментальную основу, с помощью которой соответствующие субпопуляции определяются в разделе "Методы" каждого исследования.
Во-вторых, заявление содержит стандартизированные определения для существующих обозначений субпопуляций, которые широко используются, и общие экспериментальные критерии для определения каждого подмножества.
Наконец, они представляют альтернативную парадигму ‘модульной номенклатуры’. Недавно предложенная модульная номенклатура исключает представление о Т-клетках, чувствительных к антигенам, как о принадлежащих к нескольким субтипам, и вместо этого просто указывает на индивидуальные биологические свойства, присутствующие в популяции Т-клеток, с краткими описаниями.
В совокупности эти руководящие принципы призваны повысить прозрачность научной литературы, одновременно способствуя более четкому изложению результатов и концепций исследователям, студентам и клиницистам.
Вскоре после того, как ученые впервые обнаружили Т—клетки в 1960—х годах, они определили субпопуляции, основываясь на экспрессии поверхностных маркеров этих клеток. По мере развития технологий определения характеристик клеток исследователи выявляли все больше свойств Т-клеток, основываясь как на их мембранных белках, так и на цитокинах, которые они продуцируют, и в конечном итоге обозначили подтипы Т-клеток. Однако в этих подтипах часто не удается выделить такие свойства, как миграционная способность, потенциал дифференцировки, долговечность и персистентность антигенов. Кроме того, в современной номенклатуре Т-клеток каждый подтип рассматривается как однородная популяция клеток, хотя на самом деле многие характеристики не всегда регулируются совместно.
“Одним из неожиданных открытий в этом отношении стало то, что в клетках наблюдается большая гетерогенность”, - поясняет Питер Мейсман, специалист по компьютерной иммунологии из Университета Антверпена, который не участвовал в разработке консенсусного заявления и не участвовал в первоначальном совещании. Это осознание внесло дополнительные сложности в существующие аннотации к Т-клеткам. Дэвид Масопуст, биолог по Т-клеткам из Университета Миннесоты и соавтор консенсусного заявления, отмечает, что возможность подразделять Т-клетки на все более разнообразные подмножества “привела к случайному, неорганизованному распространению названий и не было предпринято никаких усилий для создания единого подхода".
В результате многие исследователи оказываются загнанными в рамки схем наименований, которые могут не совсем точно описывать клетки, которые они изучают. Также, некоторые ученые определяют подтипы по-разному. “Для меня самой большой проблемой является то, что у нас было так много разных параллельных определений одних и тех же терминов”, - говорит Кармен Герлах, специалист по Т-клеточной иммунологии из Каролинского института, которая была участником дискуссии на первоначальном семинаре по номенклатуре и соавтором заявления. В целом, эти ограничения в существующей номенклатуре Т-клеток затрудняют общение с исследователями в других областях, студентами и даже коллегами-иммунологами. “Мы находимся на пути, при котором статус-кво не улучшится. С существующей номенклатурой ситуация будет только ухудшаться”, - считает Масопуст.
Чтобы решить эту растущую проблему, Масопуст, Герлах и 62 других исследователя Т-клеток разработали согласованное заявление, которое является первым шагом в обновлении того, как ученые определяют Т-клетки. В статье изложены три возможные стратегии перемен: дается объяснения того, как должен обозначаться подтип Т-клеток во всех публикациях, в соответствие с установленным определением существующих подтипов и обозначается переход к модульному стилю именования Т-клеток.
“В результате получился согласованный документ. Он не отражает уникальное видение отдельных специалистов, потому что существовало много различных конкурирующих представлений о совершенстве”, - сказал Масопуст. Мейсман отметил, что, по его мнению, рекомендации являются в целом позитивным шагом в области биологии Т-клеток. Он ожидает, что первое руководство, включающее описание того, как исследователи определяют популяции Т—клеток в своих исследованиях, получит поддержку большинства исследователей. “Это действительно важный шаг вперед в этой области, особенно в том, что касается воспроизводимости”, - сказал он. Действительно, в ходе последующего опроса авторы обнаружили, что все респонденты согласились с тем, что включение четких определений подтипов Т-клеток в научные публикации является хорошей идеей. Почти 90% также поддержали модульную номенклатуру.
Модульная структура, которую авторы описали в своем консенсусном заявлении, включает в себя уже существующие характеристики и дает возможность указывать такие свойства, как статус миграции. Важно отметить, что исследователи могут использовать эти свойства независимо друг от друга для описания своих клеток. Масопуст объяснил, что возможность индивидуально характеризовать Т-клетки дает исследователям больше гибкости в том, как они относятся к популяциям, которые они изучают. “Это то, что определенно необходимо было решить”, - сказал Мейсман о предлагаемой модульной номенклатуре.
Однако, что касается определений, которые авторы предложили для унификации существующих категориальных названий Т-клеток, Мейсман отметил, что на эти определения в значительной степени повлияли данные, полученные на мышах, поскольку на этих моделях проводилось больше исследований. “Для меня это немного проблематично, потому что я исследователь, который в настоящее время занимается исключительно данными по людям”, - сказал он. “Сейчас мы неожиданно определили множество категорий, которые, как мы знаем, существуют у мышей, но мы даже не уверены, что они существуют у людей”.
Хотя авторы в целом рассматривают это предложение как шаг вперед в обсуждении Т-клеток, они признают, что оно также создает проблемы. Одна из них заключается в том, что они предложили несколько новых аббревиатур. Они также признают, что предлагаемая система по-прежнему не позволяет точно определить некоторые свойства Т-клеток, такие как их органную локализацию. Тем не менее, большинство авторов возлагают большие надежды. “Люди поймут, что это движение к упрощению, а не к усложнению”, - сказал Масопуст. Герлах, также соглашается: “У нас было множество таких изменений, и, действительно, вам просто нужно привыкнуть к ним. В большинстве случаев эти изменения в конечном итоге приносили пользу”.
Однако, подчеркивая разнообразие мнений в консенсусной группе, другой исследователь, Рафи Ахмед, иммунолог из Университета Эмори и соавтор статьи, заявил, что, хотя предыдущие изменения в номенклатуре касались схем наименования конкретных молекул, нынешнее предложение касается более сложной биологии. Его беспокоило то, что переход к модульной номенклатуре может привести к случайной потере некоторых из этих характеристик. Чтобы свести это к минимуму, Ахмед считает, что должно быть использование обоих описаний, при этом наиболее важным изменением является включение в свою работу подробных определений того, как исследователи изучали популяции Т-клеток. Мейсман выразил обеспокоенность тем, насколько хорошо исследователи адаптируются к новой системе. Он добавил, что, поскольку многие из авторов являются выдающимися исследователями Т-клеток, он надеется, что их использование этого метода побудит других сделать то же самое.
Еще одним препятствием на пути внедрения, по словам Мейсмана, могут стать исследователи, подобные ему самому, которые используют вычислительные конвейеры, использующие категориальную номенклатуру. “В настоящее время мы изучаем, сможем ли мы адаптировать их к новым определениям”, - сказал он. “До тех пор, пока вычислительные инструменты не будут внедрены должным образом, я думаю, что исследователям более широкого профиля, которые используют эти инструменты, будет гораздо сложнее перейти на эту методологию”.
Хотя переход к номенклатуре Т-клеток в научном сообществе может занять некоторое время и авторы признают, что, вероятно, потребуется внести изменения, они надеются, что исследователи рассмотрят новую систему. Через три года группа авторов планирует принять участие в обзоре предложенной системы именования, где они надеются учесть рекомендации ученых, которые использовали эту систему, и любые новые достижения в области биологии Т-клеток.
