Вирусолог Тулио де Оливейра, который возглавляет одну из самых сильных в мире программ геномного мониторинга SARS-CoV-2 в Центре эпидемического реагирования и инноваций Стелленбошского университета в ЮАР рассказывает о двух новых представителях растущего семейства Омикрона коронавирусов SARS-CoV-2.
Названные BA.4 и BA.5, эти субварианты становятся все более распространенными в Южной Африке.
Эти варианты привлекли внимание ВОЗ, поскольку, согласно лабораторным исследованиям, их мутации могут позволить им уклоняться от иммунитета, полученного от вакцин COVID-19 или предыдущих инфекций, сильнее, чем существующие версии Омикрона. Де Оливейра, однако, ясно дает понять, что он не паникует по поводу BA.4 и BA.5. Хотя эти субварианты быстро распространились в Южной Африке за последний месяц, показатели заболеваемости и госпитализации COVID-19 в стране стабильны. Он также спокоен, потому что уже проходил через это - его команда уже делала подобные открытия во время пандемии и знает, как действовать. Сейчас, говорит он, "нужно просто работать осторожно и старательно, но спокойно".
Сейчас ученые изучают эти субварианты, обнаруженные пока в девяти странах, чтобы определить, является ли их влияние достаточно серьезным, чтобы потребовать вмешательства. SARS-CoV-2 будет продолжать мутировать по мере своего развития, но не каждый вариант будет заслуживать внимания. Чтобы определить, что заслуживает внимания, Венди Барклай, вирусолог из Имперского колледжа Лондона, говорит, что исследователи обращают внимание на два фактора:
"Нас волнует разница в тяжести заболевания, и нас волнует вариант, который избегает вакцин - потому что даже если у нас одинаковая тяжесть заболевания, увеличение числа случаев все равно сильно влияет на жизнь".
В то же время исследователи ломают голову над тем, как открыто сообщить о своих опасениях и неопределенности относительно вариантов, не провоцируя при этом излишнюю реакцию властей и беспокойство. В конце прошлого года, когда команда де Оливейры обнаружила оригинальный вариант Омикрона, страны, включая США и Великобританию, ввели запрет на поездки в Южную Африку. Запреты не смогли предотвратить распространение этого варианта, но нанесли серьезный ущерб и без того испытывающей трудности экономике Южной Африки. Если подобное повторится, говорит де Оливейра, "я прекращу делиться данными в режиме реального времени со всем миром, но продолжу делиться с моим правительством, чтобы направлять наши собственные ответные действия".
Новые варианты
1 апреля Эдуан Уилкинсон, биоинформатик из команды де Оливейры в Стелленбоше, увидел, что исследователи из лаборатории центра и Национального института инфекционных заболеваний в Йоханнесбурге отметили несколько аномальных последовательностей генома SARS-CoV-2 в последней партии данных. Эти сиквенсы имели несколько заметных мутаций в области SARS-CoV-2, которая кодирует его белок спайка. Поскольку белок спайка является ключевым для вторжения вируса в клетки, Уилкинсон осознал настоятельную необходимость поиска этих мутаций во всех геномах, секвенированных в стране за последние несколько месяцев, чтобы проверить, не остались ли они незамеченными.
Работая в выходные дни, он и его коллеги обнаружили, что это так. Месяцем ранее - в первую неделю марта - последовательности BA.4 и BA.5 составляли около 5% от примерно 500 геномов, секвенированных в Южной Африке. К первой неделе апреля эта доля возросла до 50%. На той же неделе международная группа по классификации вирусов определила, что BA.4 и BA.5 действительно являются отдельными линиями на семейном древе Омикрона, и дала им свои имена.
Помимо накапливающихся сиквенсов из Южной Африки, за последние две недели на платформу данных GISAID было загружено относительно небольшое количество сиквенсов BA.4 из Ботсваны, Бельгии, Дании и Великобритании, а BA.5 - из Китая, Франции, Германии и Португалии.
Вирусологи выделяют BA.4 и BA.5 благодаря общей аминокислотной мутации F486V. Она расположена на белке шипа вирусов вблизи места, где белок присоединяется к рецептору ACE2 на клетках - взаимодействие, которое открывает дверь для инфекции. Ключевые антитела, выработанные в ответ на вакцины COVID-19 и предыдущие инфекции SARS-CoV-2, нейтрализуют вирус, цепляясь за это место.
С прошлого года вирусологи начали замечать уязвимость этого места в лабораторных экспериментах. Например, вирусолог Бенхур Ли из Медицинской школы Икан при Маунт-Синай в Нью-Йорке и его коллеги помогали проверить перспективное лечение моноклональными антителами, подвергая их воздействию искусственного вируса, несущего множество версий белка-шипа SARS-CoV-2. Только одна версия белка-шипа уклонилась от их антител. Он имел мутацию, почти идентичную F486V.
В то время Ли с облегчением отметил, что в реальной жизни эта мутация встречается крайне редко, что позволяет предположить, что она каким-то образом препятствует развитию вируса. Только около 50 из почти 10 миллионов последовательностей SARS-CoV-2 в GISAID содержали эту мутацию, поэтому Ли был уверен, что лечение антителами все еще будет достаточно эффективным. Но с быстрым ростом BA.4 и BA.5 в Южной Африке, похоже, что коронавирус эволюционировал так, что мутация больше не сдерживает его, объясняет Ли.
Лоренцо Субисси, вирусолог ВОЗ, говорит, что агентство отслеживает эти две суб-линии. Но прежде чем делать выводы о том, представляют ли они дополнительную угрозу по сравнению с другими вариантами Омикрона, необходимо получить больше информации в ходе эпидемиологических исследований людей. Иммунологи также изучают вопрос об иммунной защите, подвергая образцы BA.4 и BA.5 воздействию образцов крови, взятой у людей, ранее инфицированных SARS-CoV-2, и людей, прошедших вакцинацию.
"Поэтому мы сразу же передали образцы исследователям по всему миру", - говорит де Оливейра. Среди них были исследователи из Южной Африки и Великобритании, а также из Национального института здоровья США и Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний.
Сразу после выявления BA.4 и BA.5 де Оливейра также встретился с правительством Южной Африки и консорциумом из примерно 200 исследователей страны, чтобы выработать стратегию дальнейших действий. Поскольку в Южной Африке не наблюдается роста числа госпитализаций, а в день регистрируется всего около 1200 случаев, он посоветовал правительству не устанавливать более строгих ограничений, чем те, которые уже существуют в стране. Пока что правительство не изменило свои предписания.
Де Оливейра был особенно осторожен в том, как он передавал новости о вариантах чиновникам здравоохранения из других стран, прося их следить за ситуацией и не провоцировать бесполезную политику, такую как запрет на поездки, которая может принести больше вреда, чем пользы. "На нас оказывается большое давление", - говорит де Оливьера. "Когда мы сообщили об Омикроне, мне и моим коллегам угрожали расправой. Нам пришлось выставить охрану перед лабораторией".
Перед лицом такой напряженности Барклай приветствует работу ЮАР по эпиднадзору и ее прозрачность. Хотя в этом году варианты SARS-CoV-2 вызывают в среднем менее тяжелые заболевания, чем более ранние версии вируса, она говорит, что это не является признаком того, что коронавирус и дальше будет становиться слабее. Помимо приобретения обычных мутаций, SARS-CoV-2 может быстро развиваться за счет рекомбинации, вставки одного фрагмента последовательности из одного варианта в геном другого. Если вариант Омикрона рекомбинирует с другим вариантом SARS-CoV-2, это может привести к появлению вируса, который одновременно уклоняется от иммунитета и делает людей более больными, говорит Барклай.
"Было бы здорово, если бы эти новые варианты были частью тенденции, когда вирус становится более мягким, но нет никаких биологических оснований полагать, что так будет всегда".
