Микобактерии комплекса Mycobacterium abscessus является причиной 2,6-13,0% всех нетуберкулезных микобактериальных легочных инфекций, которые, как известно, трудно поддаются лечению из-за сложных схем лечения, лекарственной резистентности и побочных эффектов.
Поэтому бактериофаги стали рассматриваться в клинической практике как дополнительный способ лечения. В данной работе мы оценили профили чувствительности к антибиотикам и фагам клинических изолятов M. abscessus. Полногеномное секвенирование (WGS) позволило выявить филогенетические связи, доминирующие циркулирующие клоны (DCC), вероятность передачи инфекции от пациента к пациенту и наличие профагов.
Методы
Анализ на чувствительность к антибиотикам проводили с использованием брекпойнтов CLSI (n = 95), а для определения чувствительности к фагам использовали бляшковый метод (n = 88, 35 с шероховатой и 53 с гладкой морфологией колоний). WGS выполнялась на платформе Illumina, анализ проводился с помощью Snippy/snp-dists и DEPhT.
Результаты
Наиболее активными препаратами оказались амикацин и тигециклин (два штамма были резистентны к амикацину, а один штамм имел МИК тигециклина 4 мкг/мл). Большинство штаммов были резистентны ко всем остальным протестированным препаратам, причем наименьшую резистентность продемонстрировали линезолид и имипенем - 38% (36/95) и 55% (52/95) соответственно. Штаммы шероховатого морфотипа колоний были более чувствительны к фагам, чем гладкие (77% - 27/35 - против 48% - 25/53 - в бляшковом анализе, но гладкие штаммы не погибали эффективно от фагов). Мы также идентифицировали 100 резидентных профагов, некоторые из которых размножались литически. Основными клонами оказались DCC1 (20% - 18/90) и DCC4 (22% - 20/90), а с помощью WGS было выявлено шесть случаев возможной передачи вируса от пациента к пациенту.
Заключение
Многие штаммы комплекса M. abscessus внутренне резистентны к имеющимся антибиотикам, и бактериофаги представляют собой альтернативный вариант терапии, но только для штаммов с грубой морфологией. Необходимы дальнейшие исследования для выяснения роли внутрибольничной передачи M. abscessus.
