Клиническое значение Enterobacter spp. остается неясным, поскольку фенотипическая идентификация видов энтеробактерий ненадежна.
Мы провели геномное исследование 48 случаев инфекций кровотока, вызванных энтеробактериями с использованием in silico ДНК-ДНК гибридизации для точной идентификации.
Штаммы принадлежали к 12 видам; Enterobacter xiangfangensis (n = 21) и неназванный вид (таксоны 1, n = 8) были доминирующими. Большинство (63,5%) штаммов энтеробактерий (n = 349) с геномами из GenBank из человеческой крови были E. xiangfangensis; следующим по распространенности был таксон 1 (19,8%).
E. xiangfangensis и таксон 1 ассоциировались с повышенной смертностью (20,7% против 15,8%), более длительной госпитализацией (медиана 31 d против 19,5 d) и более высокой устойчивостью к азтреонаму, цефепиму, цефтриаксону, пиперациллин-тазобакату и тобрамицину. Штаммы принадлежали к 37 сиквенс-типам (STs); наиболее распространенным был ST171 (E. xiangfangensis) (n = 6). Четыре штамма ST171 принадлежали к определённому клону.
Точная идентификация видов имеет большее значение для эпидемиологии и инфекционного контроля, чем лечение.
Tабл. 1
Штаммы Enterobacter в геномном исследовании инфекций кровотока, вызванных Enterobacter, Китай
| Strain | Date | Species, by isDDH | ST† | Carbapenemase | BSI types | Hospitalization, d | Death | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| P | S | CLA | HA | Before BSI | After BSI | |||||||
| 090034 | 201706 | Enterobacter asburiae | N12 | + | 0 | 27 | ||||||
| 090058 | 201805 | E. asburiae | 879 | + | + | + | 22 | 18 | ||||
| 090031 | 201711 | E. bugandensis | N10 | + | 1 | 0 | + | |||||
| 090283 | 201610 | E. bugandensis | N16 | + | + | 7 | 6 | |||||
| 090210 | 201607 | E. bugandensis | 499 | + | 1 | 16 | ||||||
| 090029 | 201709 | E. bugandensis | 718 | NDM-5 | + | + | 71 | 16 | + | |||
| 090028 | 201708 | E. chuandaensis | N9 | + | 1 | 11 | ||||||
| 090005 | 201706 | E. cloacae | 1 | NDM-1 | + | + | + | 29 | 11 | |||
| 090016 | 201703 | E. cloacae | 519 | + | + | 17 | 24 | |||||
| 090014 | 201712 | E. cloacae | 922 | + | + | 0 | 10 | |||||
| 090027 | 201704 | E. hormaechei | 528 | + | + | 24 | 38 | |||||
| 090003 | 201705 | E. hormaechei | 696 | + | + | 0 | 15 | |||||
| 045002 | 201609 | E. huaxiensis | N1 | + | 0 | 7 | ||||||
| 090008 | 201709 | E. huaxiensis | N1 | + | + | 3 | 23 | |||||
| 090017 | 201702 | E. ludwigii | 12 | + | + | 6 | 8 | |||||
| 045158 | 201607 | E. roggenkampii | N2 | + | + | 3 | 7 | |||||
| 090037 | 201608 | E. roggenkampii | 984 | + | + | + | 14 | 8 | ||||
| 090032 | 201712 | E. sichuanensis | N11 | + | + | + | 6 | 16 | + | |||
| 090004 | 201706 | E. xiangfangensis | N3 | + | + | 6 | 13 | |||||
| 090006 | 201707 | E. xiangfangensis | N4 | + | + | 12 | 8 | |||||
| 090007 | 201707 | E. xiangfangensis | N5 | + | + | 24 | 19 | |||||
| 090012 | 201711 | E. xiangfangensis | N6 | + | 0 | 3 | ||||||
| 090018 | 201705 | E. xiangfangensis | N7 | + | + | + | 12 | 14 | + | |||
| 090020 | 201712 | E. xiangfangensis | N8 | + | + | + | 4 | 60 | ||||
| 090057 | 201804 | E. xiangfangensis | N15 | NDM-1 | + | + | + | 36 | 43 | |||
| 090015 | 201712 | E. xiangfangensis | 50 | + | 0 | 2 | ||||||
| 090026 | 201704 | E. xiangfangensis | 50 | + | + | 11 | 52 | |||||
| 090035 | 201712 | E. xiangfangensis | 127 | + | + | 13 | 20 | |||||
| 045001 | 201801 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-1 | + | + | + | 8 | 33 | |||
| 090011 | 201710 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-5 | + | + | 7 | 14 | + | |||
| 090022 | 201802 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-5 | + | + | 40 | 20 | ||||
| 090023 | 201802 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-5 | + | + | + | 26 | 19 | |||
| 090055 | 201806 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-5 | + | + | 14 | 14 | ||||
| 090059 | 201805 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-5 | + | + | + | 17 | 31 | |||
| 090043 | 201612 | E. xiangfangensis | 337 | + | + | 11 | 4 | + | ||||
| 090013 | 201711 | E. xiangfangensis | 418 | NDM-5 | + | + | + | 28 | 10 | + | ||
| 090038 | 201609 | E. xiangfangensis | 418 | + | + | 3 | 33 | |||||
| 090060 | 201806 | E. xiangfangensis | 550 | + | + | + | 20 | 8 | + | |||
| 090042 | 201611 | E. xiangfangensis | 828 | + | + | 5 | 3 | |||||
| 090036 | 201605 | Taxon 1 | N13 | + | + | + | 13 | 22 | ||||
| 090019 | 201706 | Taxon 1 | 78 | + | + | 16 | 62 | |||||
| 090030 | 201709 | Taxon 1 | 78 | + | + | + | 0 | 15 | ||||
| 090039 | 201610 | Taxon 1 | 78 | + | + | 12 | 8 | + | ||||
| 090021 | 201801 | Taxon 1 | 97 | + | + | + | 5 | 28 | ||||
| 090009 | 201709 | Taxon 1 | 104 | + | + | 5 | 66 | |||||
| 090033 | 201704 | Taxon 1 | 316 | + | + | 10 | 3 | |||||
| 090056 | 201803 | Taxon 1 | 568 | + | + | 11 | 7 | |||||
| 090040 | 201611 | Taxon 2 | N14 | + | + | + | 208 | 370 | ||||
*BSI -инфекции кровотока; CLA - катетер-ассоциированные; HA - внутрибольничные; isDDH - in silico ДНК–ДНК гибридизация; P - первичная; S - вторичная; ST - сиквенс-тип
Оригинальная статья: https://wwwnc.cdc.gov/eid/arti...
