microbius
РОССИЙСКИЙ МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЙ ПОРТАЛ
Поиск
rss

Точная идентификация видов энтеробактерий, возбудителей инфекций кровотока полногеномным секвенированием, Китай (аннотация)

Автор/авторы:
share
37
backnext

Клиническое значение Enterobacter spp. остается неясным, поскольку фенотипическая идентификация видов энтеробактерий ненадежна. 

   Мы провели геномное исследование 48 случаев инфекций кровотока, вызванных энтеробактериями с использованием in silico ДНК-ДНК гибридизации для точной идентификации.

   Штаммы принадлежали к 12 видам; Enterobacter xiangfangensis (n = 21) и неназванный вид (таксоны 1, n = 8) были доминирующими. Большинство (63,5%) штаммов энтеробактерий (n = 349) с геномами из GenBank из человеческой крови были E. xiangfangensis; следующим по распространенности был таксон 1 (19,8%). 

   E. xiangfangensis и таксон 1 ассоциировались с повышенной смертностью (20,7% против 15,8%), более длительной госпитализацией (медиана 31 d против 19,5 d) и более высокой устойчивостью к азтреонаму, цефепиму, цефтриаксону, пиперациллин-тазобакату и тобрамицину. Штаммы принадлежали к 37 сиквенс-типам (STs); наиболее распространенным был ST171 (E. xiangfangensis) (n = 6). Четыре штамма ST171 принадлежали к определённому клону. 

   Точная идентификация видов имеет большее значение для эпидемиологии и инфекционного контроля, чем лечение.

Tабл. 1

Штаммы Enterobacter в геномном исследовании инфекций кровотока, вызванных Enterobacter, Китай

StrainDateSpecies, by isDDHST†CarbapenemaseBSI typesHospitalization, dDeath
PSCLAHABefore BSIAfter BSI
090034201706Enterobacter asburiaeN12+027
090058201805E. asburiae879+++2218
090031201711E. bugandensisN10+10+
090283201610E. bugandensisN16++76
090210201607E. bugandensis499+116
090029201709E. bugandensis718NDM-5++7116+
090028201708E. chuandaensisN9+111
090005201706E. cloacae1NDM-1+++2911
090016201703E. cloacae519++1724
090014201712E. cloacae922++010
090027201704E. hormaechei528++2438
090003201705E. hormaechei696++015
045002201609E. huaxiensisN1+07
090008201709E. huaxiensisN1++323
090017201702E. ludwigii12++68
045158201607E. roggenkampiiN2++37
090037201608E. roggenkampii984+++148
090032201712E. sichuanensisN11+++616+
090004201706E. xiangfangensisN3++613
090006201707E. xiangfangensisN4++128
090007201707E. xiangfangensisN5++2419
090012201711E. xiangfangensisN6+03
090018201705E. xiangfangensisN7+++1214+
090020201712E. xiangfangensisN8+++460
090057201804E. xiangfangensisN15NDM-1+++3643
090015201712E. xiangfangensis50+02
090026201704E. xiangfangensis50++1152
090035201712E. xiangfangensis127++1320
045001201801E. xiangfangensis171NDM-1+++833
090011201710E. xiangfangensis171NDM-5++714+
090022201802E. xiangfangensis171NDM-5++4020
090023201802E. xiangfangensis171NDM-5+++2619
090055201806E. xiangfangensis171NDM-5++1414
090059201805E. xiangfangensis171NDM-5+++1731
090043201612E. xiangfangensis337++114+
090013201711E. xiangfangensis418NDM-5+++2810+
090038201609E. xiangfangensis418++333
090060201806E. xiangfangensis550+++208+
090042201611E. xiangfangensis828++53
090036201605Taxon 1N13+++1322
090019201706Taxon 178++1662
090030201709Taxon 178+++015
090039201610Taxon 178++128+
090021201801Taxon 197+++528
090009201709Taxon 1104++566
090033201704Taxon 1316++103
090056201803Taxon 1568++117
090040201611Taxon 2N14+++208370

*BSI -инфекции кровотока; CLA - катетер-ассоциированные; HA - внутрибольничные; isDDH - in silico ДНК–ДНК гибридизация; P - первичная; S - вторичная; ST - сиквенс-тип

Оригинальная статья: https://wwwnc.cdc.gov/eid/arti...

Источник:CDC EID Journal, Volume 27, Number 1—January 2021
Вам также может быть интересно
Комментариев: 0
up