Точная идентификация видов энтеробактерий, возбудителей инфекций кровотока полногеномным секвенированием, Китай (аннотация)Точная идентификация видов энтеробактерий, возбудителей инфекций кровотока полногеномным секвенированием, Китай (аннотация)
Клиническое значение Enterobacter spp. остается неясным, поскольку фенотипическая идентификация видов энтеробактерий ненадежна.
Мы провели геномное исследование 48 случаев инфекций кровотока, вызванных энтеробактериями с использованием in silico ДНК-ДНК гибридизации для точной идентификации.
Штаммы принадлежали к 12 видам; Enterobacter xiangfangensis (n = 21) и неназванный вид (таксоны 1, n = 8) были доминирующими. Большинство (63,5%) штаммов энтеробактерий (n = 349) с геномами из GenBank из человеческой крови были E. xiangfangensis; следующим по распространенности был таксон 1 (19,8%).
E. xiangfangensis и таксон 1 ассоциировались с повышенной смертностью (20,7% против 15,8%), более длительной госпитализацией (медиана 31 d против 19,5 d) и более высокой устойчивостью к азтреонаму, цефепиму, цефтриаксону, пиперациллин-тазобакату и тобрамицину. Штаммы принадлежали к 37 сиквенс-типам (STs); наиболее распространенным был ST171 (E. xiangfangensis) (n = 6). Четыре штамма ST171 принадлежали к определённому клону.
Точная идентификация видов имеет большее значение для эпидемиологии и инфекционного контроля, чем лечение.
Tабл. 1
Штаммы Enterobacter в геномном исследовании инфекций кровотока, вызванных Enterobacter, Китай
| Strain | Date | Species, by isDDH | ST† | Carbapenemase | BSI types | Hospitalization, d | Death | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| P | S | CLA | HA | Before BSI | After BSI | |||||||
| 090034 | 201706 | Enterobacter asburiae | N12 | + | 0 | 27 | ||||||
| 090058 | 201805 | E. asburiae | 879 | + | + | + | 22 | 18 | ||||
| 090031 | 201711 | E. bugandensis | N10 | + | 1 | 0 | + | |||||
| 090283 | 201610 | E. bugandensis | N16 | + | + | 7 | 6 | |||||
| 090210 | 201607 | E. bugandensis | 499 | + | 1 | 16 | ||||||
| 090029 | 201709 | E. bugandensis | 718 | NDM-5 | + | + | 71 | 16 | + | |||
| 090028 | 201708 | E. chuandaensis | N9 | + | 1 | 11 | ||||||
| 090005 | 201706 | E. cloacae | 1 | NDM-1 | + | + | + | 29 | 11 | |||
| 090016 | 201703 | E. cloacae | 519 | + | + | 17 | 24 | |||||
| 090014 | 201712 | E. cloacae | 922 | + | + | 0 | 10 | |||||
| 090027 | 201704 | E. hormaechei | 528 | + | + | 24 | 38 | |||||
| 090003 | 201705 | E. hormaechei | 696 | + | + | 0 | 15 | |||||
| 045002 | 201609 | E. huaxiensis | N1 | + | 0 | 7 | ||||||
| 090008 | 201709 | E. huaxiensis | N1 | + | + | 3 | 23 | |||||
| 090017 | 201702 | E. ludwigii | 12 | + | + | 6 | 8 | |||||
| 045158 | 201607 | E. roggenkampii | N2 | + | + | 3 | 7 | |||||
| 090037 | 201608 | E. roggenkampii | 984 | + | + | + | 14 | 8 | ||||
| 090032 | 201712 | E. sichuanensis | N11 | + | + | + | 6 | 16 | + | |||
| 090004 | 201706 | E. xiangfangensis | N3 | + | + | 6 | 13 | |||||
| 090006 | 201707 | E. xiangfangensis | N4 | + | + | 12 | 8 | |||||
| 090007 | 201707 | E. xiangfangensis | N5 | + | + | 24 | 19 | |||||
| 090012 | 201711 | E. xiangfangensis | N6 | + | 0 | 3 | ||||||
| 090018 | 201705 | E. xiangfangensis | N7 | + | + | + | 12 | 14 | + | |||
| 090020 | 201712 | E. xiangfangensis | N8 | + | + | + | 4 | 60 | ||||
| 090057 | 201804 | E. xiangfangensis | N15 | NDM-1 | + | + | + | 36 | 43 | |||
| 090015 | 201712 | E. xiangfangensis | 50 | + | 0 | 2 | ||||||
| 090026 | 201704 | E. xiangfangensis | 50 | + | + | 11 | 52 | |||||
| 090035 | 201712 | E. xiangfangensis | 127 | + | + | 13 | 20 | |||||
| 045001 | 201801 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-1 | + | + | + | 8 | 33 | |||
| 090011 | 201710 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-5 | + | + | 7 | 14 | + | |||
| 090022 | 201802 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-5 | + | + | 40 | 20 | ||||
| 090023 | 201802 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-5 | + | + | + | 26 | 19 | |||
| 090055 | 201806 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-5 | + | + | 14 | 14 | ||||
| 090059 | 201805 | E. xiangfangensis | 171 | NDM-5 | + | + | + | 17 | 31 | |||
| 090043 | 201612 | E. xiangfangensis | 337 | + | + | 11 | 4 | + | ||||
| 090013 | 201711 | E. xiangfangensis | 418 | NDM-5 | + | + | + | 28 | 10 | + | ||
| 090038 | 201609 | E. xiangfangensis | 418 | + | + | 3 | 33 | |||||
| 090060 | 201806 | E. xiangfangensis | 550 | + | + | + | 20 | 8 | + | |||
| 090042 | 201611 | E. xiangfangensis | 828 | + | + | 5 | 3 | |||||
| 090036 | 201605 | Taxon 1 | N13 | + | + | + | 13 | 22 | ||||
| 090019 | 201706 | Taxon 1 | 78 | + | + | 16 | 62 | |||||
| 090030 | 201709 | Taxon 1 | 78 | + | + | + | 0 | 15 | ||||
| 090039 | 201610 | Taxon 1 | 78 | + | + | 12 | 8 | + | ||||
| 090021 | 201801 | Taxon 1 | 97 | + | + | + | 5 | 28 | ||||
| 090009 | 201709 | Taxon 1 | 104 | + | + | 5 | 66 | |||||
| 090033 | 201704 | Taxon 1 | 316 | + | + | 10 | 3 | |||||
| 090056 | 201803 | Taxon 1 | 568 | + | + | 11 | 7 | |||||
| 090040 | 201611 | Taxon 2 | N14 | + | + | + | 208 | 370 | ||||
*BSI -инфекции кровотока; CLA - катетер-ассоциированные; HA - внутрибольничные; isDDH - in silico ДНК–ДНК гибридизация; P - первичная; S - вторичная; ST - сиквенс-тип
Оригинальная статья: https://wwwnc.cdc.gov/eid/arti...
